seq1 = pF1KB7431.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB7431/gi568815574f_9468848.tfa (gi568815574f:9468848_9507595), 38748 bp

>pF1KB7431 924
>gi568815574f:9468848_9507595 (ChrY)

1-202  (18466-18667)   99% ->
203-486  (18685-18969)   97% ->
487-564  (19577-19654)   100% ->
565-676  (19783-19894)   99% ->
677-822  (19996-20141)   100% ->
823-904  (20248-20329)   100% ->
905-924  (21024-21043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18466 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTTCCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18516 GGGTTTCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTGCAGGAGGGGGCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  18566 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTACAGGAGGGGGCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18616 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GG         ATG ACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAG
        ||>>>...>>> ||-|  |  |||||||||||||||||||||||||||||
  18666 GGATG...GAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GAGGGCCTCGTGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18724 GAGGGCCTCGTGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GCCTGGCCCTGGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18774 GCCTGGCCCTGGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 CCGTTCAGGTGGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18824 CCGTTCAGGTGGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 TCTCGGCAGCGGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  18874 TCTCGGCAGCGGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCAGCTAGACCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 CAGAGGCGCCGTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  18924 CAGAGGCGCCGTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTTGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487      ATTGCAAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18974 ..CAGATTGCAAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 GAAGACATGCTGAGCTACATGGTCAGCCTGGAG         GTGGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  19622 GAAGACATGCTGAGCTACATGGTCAGCCTGGAGGTG...CAGGTGGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 AGAGAAGCATCGTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19791 AGAGAAGCATCCTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 ACCCCTACTTCCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19841 ACCCCTACTTCCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 ACAG         AATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19891 ACAGGTG...TAGAATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 TCCGGATTATGAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20033 TCCGGATTATGAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 TTAACTTCTTCAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20083 TTAACTTCTTCAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 ATTGCTGAG         ATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  20133 ATTGCTGAGGTG...CAGATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 GCAATACTACAAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20280 GCAATACTACAAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAG

    950     .    :    .    :    .
    905          GGGACTCCCAGTTGTTGAGT
        >>>...>>>||||||||||||||||||||
  20330 GTG...TAGGGGACTCCCAGTTGTTGAGT