seq1 = pF1KB7431.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB7431/gi568815574f_9379968.tfa (gi568815574f:9379968_9467000), 87033 bp

>pF1KB7431 924
>gi568815574f:9379968_9467000 (ChrY)

1-486  (18500-18985)   99% ->
487-564  (19593-19670)   100% ->
565-676  (19799-19910)   99% ->
677-822  (20012-20157)   99% ->
823-904  (20264-20345)   100% ->
905-924  (21040-21059)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18500 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTTCCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18550 GGGTTTCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTGCAGGAGGGGGCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  18600 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTACAGGAGGGGGCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18650 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATGACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAGGAGGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18700 GGATGACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAGGAGGGCCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGTGCCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18750 TGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGTGCCTGGCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGGCCGTTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18800 GGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGGCCGTTCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTTTCTCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18850 GGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTTTCTCGGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCGCAGAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18900 GGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCGCAGAGGCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTT         ATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  18950 GTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTTGTA...CAGATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGATGAAGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19598 AAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGATGAAGACATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAGCTACATGGTCAGCCTGGAG         GTGGAAGAAGAGAAGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  19648 TGAGCTACATGGTCAGCCTGGAGGTG...CAGGTGGAAGAAGAGAAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTAACCCCTACTT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19817 CCTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTAACCCCTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
  19867 CCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATCACAGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677    AATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTATCCGGATTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20009 TAGAATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTATCCGGATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCCTTAACTTCTT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20059 GAAGTGGAGGCGTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCCTTAACTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAGATTGCTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
  20109 CAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAGATTGCTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823         ATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCTGCAATACTAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20159 TG...CAGATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCTGCAATACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
  20306 AAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAGGTG...TAGG

    950     .    :    .
    906 GGACTCCCAGTTGTTGAGT
        |||||||||||||||||||
  21041 GGACTCCCAGTTGTTGAGT