seq1 = pF1KB7427.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KB7427/gi568815597f_192247313.tfa (gi568815597f:192247313_192466121), 218809 bp

>pF1KB7427 456
>gi568815597f:192247313_192466121 (Chr1)

7-88  (99996-100077)   97% ->
89-255  (104735-104901)   100% ->
256-456  (118609-118809)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 GTGAAATGCTGTTTCTACAGGTCACCAACTGCGGAAACAATGACATGGTC
        || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 GTTAGATGCTGTTTCTACAGGTCACCAACTGCGGAAACAATGACATGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 TGAAAATATGGACACGCTTTTAGCCAACCAAG         CTGGTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100046 TGAAAATATGGACACGCTTTTAGCCAACCAAGGTA...TAGCTGGTCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98 ATGCTTTTCGAATATTTCTAAAATCAGAGTTTAGTGAAGAAAATGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104744 ATGCTTTTCGAATATTTCTAAAATCAGAGTTTAGTGAAGAAAATGTTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 TTCTGGCTTGCCTGTGAAGACTTTAAGAAAACGAAAAATGCAGACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104794 TTCTGGCTTGCCTGTGAAGACTTTAAGAAAACGAAAAATGCAGACAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 TGCTTCCAAAGCCAAGATGATTTATTCTGAATTCATTGAAGCTGATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104844 TGCTTCCAAAGCCAAGATGATTTATTCTGAATTCATTGAAGCTGATGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 CTAAAGAG         ATTAACATTGACTTCGGTACCAGAGACCTCATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104894 CTAAAGAGGTG...CAGATTAACATTGACTTCGGTACCAGAGACCTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 TCAAAGAATATTGCTGAACCAACACTCAAATGCTTTGATGAGGCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118642 TCAAAGAATATTGCTGAACCAACACTCAAATGCTTTGATGAGGCTCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 ATTAATCTATTGTCTCATGGCCAAGGATTCTTTCCCTCGATTTCTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118692 ATTAATCTATTGTCTCATGGCCAAGGATTCTTTCCCTCGATTTCTGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 CAGAGATTTATAAAAAACTGGTAAATAGCCAACAGGTTCCAAATCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118742 CAGAGATTTATAAAAAACTGGTAAATAGCCAACAGGTTCCAAATCATAAA

    450     .    :    .
    439 AAATGGCTCCCTTTTTTG
        ||||||||||||||||||
 118792 AAATGGCTCCCTTTTTTG