seq1 = pF1KB7425.tfa, 1437 bp
seq2 = pF1KB7425/gi568815597r_13123335.tfa (gi568815597r:13123335_13471900), 348566 bp

>pF1KB7425 1437
>gi568815597r:13123335_13471900 (Chr1)

(complement)

1-287  (245795-246081)   98% ->
288-866  (246468-247046)   98% ->
867-1437  (247996-248566)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCTACAGGCCCCACGCAGACTCCTGGAGCTGGCAGGGCAGAGCCT
        |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245795 ATGAGCTTCCAGGCCCCACGCAGACTCCTGGAGCTGGCAGGGCAGAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGGGACCAGGCCTTGGCCATCTCCATCTTGGATGAGCTGCCCAGGG
        |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
 245845 GCTGAGGGACCAGGCCTTGGCCATCTCCGTCCTGGATGAGCTGCCCAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTCTTCCCCCCACTGTTCGTGGAGGCCTTCACTAGCAGACGCTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245895 AGCTCTTCCCCCCACTGTTCGTGGAGGCCTTCACTAGCAGACGCTGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTCTGAAGGTGATGGTGCAGGCCTGGCCCTTCCCCTGCCTCCCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245945 GTTCTGAAGGTGATGGTGCAGGCCTGGCCCTTCCCCTGCCTCCCTCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCCTGATGAAGACGCCTGATCTGGAGATCTTACATTATGTAGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245995 GTCCCTGATGAAGACGCCTGATCTGGAGATCTTACATTATGTAGTGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGATTGATTGCCTGCTTGCCCAAAAGGTTCGCCCCAG         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 246045 GGATTGATTGCCTGCTTGCCCAAAAGGTTCGCCCCAGGTG...CAGGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGAAACTTCAAGTGCTGGAATTGCGGGATGTTGATGAGAATTTTTGGAC
         |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 246472 TGGAAACTTCAAGTGCTGGAAATGCGGGATGTTGATGAGAATTTTTGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATATGGTCTGGAGCCAGGCCCCTGTCCTGCTCCCCAGAGGCCATGAGTA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 246522 CATATGGTCTGGAGCCAGGCTCCTGTCCTGCTCCCCAGAGGCCATGAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAGGCAGACAGTGGAGGACTGTCCAAGGACAGGAGAGAAGCAGCCCTTG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246572 AGAGACAGACAGTGGAGGACTGTCCAAGGACAGGAGAGAAGCAGCCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGGTGTTCATGGATGTTTGCCTCAAGGAAAAATTCATGGATGAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246622 AAGGTGTTCATGGATGTTTGCCTCAAGGAAAAATTCATGGATGAAGATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAGCTTCTTCTCTGGGTGGGTCCAGCACAGAAGAGGTTCAGTACACCTGT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 246672 GAGCTTCTTCTCTGGGTGGGTGCAGCACAGAAGAGGTTCAGTACACCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCTGTACTAAGGTGGTGAATTATTCAATGAGCATTCTAAATTTCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246722 GCTGTACTAAGGTGGTGAATTATTCAATGAGCATTCTAAATTTCAGAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATATTGGAAACAGTATACCCAGACAGTATCCAAGTGTTGGAAATTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246772 ATATTGGAAACAGTATACCCAGACAGTATCCAAGTGTTGGAAATTTGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATGTGCTGGCCGTGTATGATAGTAGAGTTTATCCGTTACCTGAGCCAGA
        ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 246822 CATGTGCTGGCTGTGTATGATAGTAGAGTTTAGCCGTTACCTGAGCCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGAGGAATCTTCGCAAACTCTTCATCTCCGATGGCTGTCGTTACCTGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 246872 TGAGGAATCTTCGCAAACTCTTCATCTCTGATGGCTGTCGTTACCTGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGCTCTGACAGCCAAGAACAGTTAGTTGCTGAATTCAGCTCTGTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246922 AGCTCTGACAGCCAAGAACAGTTAGTTGCTGAATTCAGCTCTGTGCTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAGGCTGGAGTACCTCCAGATGCTTTATGTAAGAAGGGTCTGCTTCTTCA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246972 CAGGCTGGAGAACCTCCAGATGCTTTATGTAAGAAGGGTCTGCTTCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GAGGCCACCTGGACCAGCTGATCAG         GTGCCTCAGGAGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||| 
 247022 GAGGCCACCTGGACCAGCTGATCAGGTG...CAGGTGCCTCAGGAGCCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTGGAGACATTGGCATTAACTTATGGCTTCCTAGAAAAAGTGGACTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
 248012 TTGGAGACATTGGCATTAACTTATGGCTTCCTAGAAGAAGAGGACTTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ATGTCTGCCCCGGTACCCAAGTCTCAGTCAACTGAAGCAGCTGAATCTGA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248062 ATGCCTGCCCCGGTACCCAAGTCTCAGTCAACTGAAGCAGCTGAATCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTCATGGTGCACTGCGCTTCATCCGTCTTGAGCCCCTCCGAGCTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248112 GTCATGGTGCACTGCGCTTCATCCGTCTTGAGCCCCTCCGAGCTCTGCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GAGAAAGTTGCTGCCACTCTTCAGACCCTCTTCTTAGTGGACTGTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248162 GAGAAAGTTGCTGCCACTCTTCAGACCCTCTTCTTAGTGGACTGTGGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCGGGACTCCAAACTCAGGGTCATCCTGCCTGCCCTGAGCTGCTGCTCCA
        | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 248212 TGGGTACTCCAAACTCAGGGTCATCCTGCCTGCCCTGAGCCGCTGCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACCTCACCACTTTCTGTTTTCACGGCAATGACACGTCCATGGATGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 248262 ACCTCACCACTTTCTGTTTTCACGGCAATGACACGTCCATGGATGCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAGGACCTGCTGCGCCACACAGGCAGGCTGAGCAATTTGAGCCTGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248312 AAGGACCTGCTGCGCCACACAGGCAGGCTGAGCAATTTGAGCCTGGAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 ATATCCTGCCCCTCGGGAGAGTCTTGATGACAGGGGTCGTGTCATTTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||
 248362 ATATCCTGCCCCTCGGGAGAGTCTTGACAACAGGGGTCGTGTCATTTTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGCTCCTCACCCCACTTCAGGCTGAGCTGATGCGTATACTGAGGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248412 AGCTCCTCACCCCACTTCAGGCTGAGCTGATGCGTATACTGAGGGAAGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AGGGAGCCCAAAAGGATCTTCTTTGGTCCGGTGTCCTGCCCTTGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248462 AGGGAGCCCAAAAGGATCTTCTTTGGTCCGGTGTCCTGCCCTTGCTGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CACGTCGCCCACTGAGCAACTGGAGTTCAATTTTTGCTTGTGGGGAAGGC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 248512 CACGTCGCCCACTGAGCAACTGGAGTCCAATTTTTGCTTGTGGGGAAGGC

   1450     .
   1433 CTGCC
        |||||
 248562 CTGCC