seq1 = pF1KB7416.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KB7416/gi568815582r_169272.tfa (gi568815582r:169272_375500), 206229 bp

>pF1KB7416 1401
>gi568815582r:169272_375500 (Chr16)

(complement)

1-63  (99590-99652)   100% ->
64-160  (100003-100099)   100% ->
161-211  (100168-100218)   100% ->
212-318  (100419-100525)   100% ->
319-370  (101236-101287)   100% ->
371-429  (101400-101458)   100% ->
430-506  (101665-101741)   100% ->
507-588  (101945-102026)   100% ->
589-657  (102570-102638)   100% ->
658-687  (103932-103961)   100% ->
688-749  (104041-104102)   100% ->
750-863  (104186-104299)   100% ->
864-979  (104402-104517)   100% ->
980-1067  (104670-104757)   100% ->
1068-1206  (104840-104978)   100% ->
1207-1289  (105916-105998)   100% ->
1290-1401  (106118-106229)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCGGCCCCGCGCCGCCCCCCGGCCGCCCCCGGGCGCAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99590 ATGGCCGCCGGCCCCGCGCCGCCCCCCGGCCGCCCCCGGGCGCAGATGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCATCTGAGGAAG         ATGGAGCGGGTGGTCGTGAGCATGCAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
  99640 GCATCTGAGGAAGGTG...CAGATGGAGCGGGTGGTCGTGAGCATGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCCGACCAGGGCGTGAAGATGCGGAGCCAGCGCCTGCTGGTCACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100031 ACCCCGACCAGGGCGTGAAGATGCGGAGCCAGCGCCTGCTGGTCACCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTCCCCACGCGGTGACAG         GCAGCGACGTCGTGCAGTGGTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100081 ATTCCCCACGCGGTGACAGGTG...CAGGCAGCGACGTCGTGCAGTGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCCCAGAAGTTCTGCGTCTCGGAGGAGG         AGGCCCTGCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100190 GGCCCAGAAGTTCTGCGTCTCGGAGGAGGGTG...CAGAGGCCCTGCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGGGCGCCGTCCTGGTGCAGCATGGCTACATCTACCCGCTGCGCGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100431 TGGGCGCCGTCCTGGTGCAGCATGGCTACATCTACCCGCTGCGCGACCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGTAGCCTCATGCTCCGGCCAGACGAGACGCCCTACAGGTTCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100481 CGTAGCCTCATGCTCCGGCCAGACGAGACGCCCTACAGGTTCCAGGTC..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    319     ACCCCGTACTTCTGGACAAGTACCCTGAGGCCGGCTGCAGAGCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100531 .CAGACCCCGTACTTCTGGACAAGTACCCTGAGGCCGGCTGCAGAGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACTATG         CCATCTACCTGGCCAAGAAGAACATCCGAAAACGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101282 ACTATGGTG...CAGCCATCTACCTGGCCAAGAAGAACATCCGAAAACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GGGACCCTGGTGGATTATGAGAAG         GACTGCTATGACCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101435 GGGACCCTGGTGGATTATGAGAAGGTG...CAGGACTGCTATGACCGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 ACACAAGAAGATCAACCACGCATGGGACCTGGTGCTGATGCAGGCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101682 ACACAAGAAGATCAACCACGCATGGGACCTGGTGCTGATGCAGGCGAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGCAGCTGAG         GGCAGCCAAGCAGCGCAGCAAGGGGGACAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101732 AGCAGCTGAGGTG...CAGGGCAGCCAAGCAGCGCAGCAAGGGGGACAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CTGGTCATTGCGTGCCAGGAGCAGACCTACTGGCTGGTGAACAGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101976 CTGGTCATTGCGTGCCAGGAGCAGACCTACTGGCTGGTGAACAGGCCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 G         CCCGGGGCCCCCGATGTGCTGGAGCAGGGTCCAGGGCGGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102026 GGTG...CAGCCCGGGGCCCCCGATGTGCTGGAGCAGGGTCCAGGGCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 GATCCTGCGCTGCCAGCCGTGTGCTCATG         ACCAAGAGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102610 GATCCTGCGCTGCCAGCCGTGTGCTCATGGTG...TAGACCAAGAGTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 GATTTCCATAAGCGGGAG         ATCGAGTACTTCAGGAAAGCGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103944 GATTTCCATAAGCGGGAGGTA...TAGATCGAGTACTTCAGGAAAGCGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 GGGCAGGACCCGAGTGAAGTCCTCCGTCTGCCTTGAGGC         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104064 GGGCAGGACCCGAGTGAAGTCCTCCGTCTGCCTTGAGGCGTG...CAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 ACCTGAGTTTCTGCGGCCAGCGTGGACCCCACGATCCCCTCGTGTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104188 ACCTGAGTTTCTGCGGCCAGCGTGGACCCCACGATCCCCTCGTGTCGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 TGCCTGCCCAGCAATCCCTGGATCTCAGACAATGACGCCTACTGGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104238 TGCCTGCCCAGCAATCCCTGGATCTCAGACAATGACGCCTACTGGGTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 GAATGCCCCCAC         GGTGGCTGCCCCCACGAAGCTCCGTGTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104288 GAATGCCCCCACGTG...CAGGGTGGCTGCCCCCACGAAGCTCCGTGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 AGAGATGGGGCTTCAGCTTCCGGGAGCTCCTGGAGGACCCCGTGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104431 AGAGATGGGGCTTCAGCTTCCGGGAGCTCCTGGAGGACCCCGTGGGGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 GCCCACTTCATGGACTTTCTGGGAAAGGAGTTCAGTG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104481 GCCCACTTCATGGACTTTCTGGGAAAGGAGTTCAGTGGTG...CAGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 AAACCTCAGCTTCTGGGAGGCATGTGAGGAGCTTCGATATGGAGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104674 AAACCTCAGCTTCTGGGAGGCATGTGAGGAGCTTCGATATGGAGCGCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 CCCAGGTCCCCACCCTGGTGGATGCCGTGTACGA         GCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104724 CCCAGGTCCCCACCCTGGTGGATGCCGTGTACGAGTA...TAGGCAGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 CTGGCCCCCGGAGCTGCCCACTGGGTCAACATCGACAGCCGGACCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104847 CTGGCCCCCGGAGCTGCCCACTGGGTCAACATCGACAGCCGGACCATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 GCAGACCCTGGAGGGGCTGCGCCAGCCCCACCGCTATGTCCTGGATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104897 GCAGACCCTGGAGGGGCTGCGCCAGCCCCACCGCTATGTCCTGGATGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 CCCAGCTGCACATATACATGCTCATGAAGAAG         GACTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104947 CCCAGCTGCACATATACATGCTCATGAAGAAGGTG...TAGGACTCCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 CCAAGGTTCCTGAAGTCTGACATGTACAAGGCCCTCCTGGCAGAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105925 CCAAGGTTCCTGAAGTCTGACATGTACAAGGCCCTCCTGGCAGAGGCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 GATCCCGCTGGAGATGAAGAGACG         CGTGTTCCCGTTTACGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105975 GATCCCGCTGGAGATGAAGAGACGGTG...CAGCGTGTTCCCGTTTACGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 GGAGGCCACGGCACTCGAGCCCCAGCCCTGCACTCCTTCCCACCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106135 GGAGGCCACGGCACTCGAGCCCCAGCCCTGCACTCCTTCCCACCCCTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1357 GAGCCCACAGCGGCTTGTGGCCCTGGGGGTGGAGATGGGGTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106185 GAGCCCACAGCGGCTTGTGGCCCTGGGGGTGGAGATGGGGTGGCC