seq1 = pF1KB7415.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KB7415/gi568815593r_41213620.tfa (gi568815593r:41213620_41610526), 396907 bp

>pF1KB7415 963
>gi568815593r:41213620_41610526 (Chr5)

(complement)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-812  (227993-228701)   100% ->
813-963  (296757-296907)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGTCTCAGGGGAAAAACGAGCTGAAATTAGCCGACTGGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGTCTCAGGGGAAAAACGAGCTGAAATTAGCCGACTGGATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACTCTGCCGGAGAGCATGCACAGCATCCCCCTCACCAATTTAGCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACTCTGCCGGAGAGCATGCACAGCATCCCCCTCACCAATTTAGCCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAG         GGTCTCATGATTCCTTCAGCTTCTACATTGATGAAGCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGTA...TAGGGTCTCATGATTCCTTCAGCTTCTACATTGATGAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTCCAGTAGGTCCTGAGCAGCCAGAAACTGTCCAGAATTTTGTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228031 TCTCCAGTAGGTCCTGAGCAGCCAGAAACTGTCCAGAATTTTGTCTCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTGGAACTGTGGCCAAAAAGCTCATGCGGAAATGGTTAGCCACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228081 GTTTGGAACTGTGGCCAAAAAGCTCATGCGGAAATGGTTAGCCACTCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAATGAATTTTACTGGCCAGCTAGGAGCTGGAATTCGTTATTTTGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228131 CAATGAATTTTACTGGCCAGCTAGGAGCTGGAATTCGTTATTTTGATCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGAATTTCCACCAAGCCCAGAGACCCCGACAATGAACTCTATTTTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228181 CGAATTTCCACCAAGCCCAGAGACCCCGACAATGAACTCTATTTTGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGTTTGTTCAGTGCCAAAGTCAATGAAGGCCTTGAGGAGATCAATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228231 TGGTTTGTTCAGTGCCAAAGTCAATGAAGGCCTTGAGGAGATCAATGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCTCACAGATCACCATAAGGAGGTAGTGTTCTTGGACTTCAACCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228281 TCCTCACAGATCACCATAAGGAGGTAGTGTTCTTGGACTTCAACCACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TATGGGATGCAGAAATATCACCATGAAAAACTGGTCCAAATGCTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228331 TATGGGATGCAGAAATATCACCATGAAAAACTGGTCCAAATGCTGAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCTATGGAAATAAAATGTGCCCAGCGATTTTTGCCCAGGAAGTTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228381 CATCTATGGAAATAAAATGTGCCCAGCGATTTTTGCCCAGGAAGTTAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TAAAGTACCTGTGGGAGAAGGACTATCAAGTGCTGGTCTTCTACCATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228431 TAAAGTACCTGTGGGAGAAGGACTATCAAGTGCTGGTCTTCTACCATAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCAGTGGCTCTGGAAGTGCCCTTTCTCTGGCCTGGGCAGATGATGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228481 CCAGTGGCTCTGGAAGTGCCCTTTCTCTGGCCTGGGCAGATGATGCCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACCCTGGGCCAACACCACAGACCCCGAGAAACTGATCCAGTTTCTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228531 ACCCTGGGCCAACACCACAGACCCCGAGAAACTGATCCAGTTTCTTCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CATCCATCACTGAGAGAAGAAAGAAGGGATCGTTTTTTATATCTCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228581 CATCCATCACTGAGAGAAGAAAGAAGGGATCGTTTTTTATATCTCAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTGCTGACCCCCAAAGCTAGCACTGTGGTCAAAGGGGTGGCAAGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228631 GTGCTGACCCCCAAAGCTAGCACTGTGGTCAAAGGGGTGGCAAGTGGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAGAGAAACAATCACAGAAAG         AGCTCTTCCTGCCATGATGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 228681 CAGAGAAACAATCACAGAAAGGTA...CAGAGCTCTTCCTGCCATGATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGTGGGTCCGCACGCAGAAGCCAGGAGAGAGTGGCATCAATATTGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296777 AGTGGGTCCGCACGCAGAAGCCAGGAGAGAGTGGCATCAATATTGTCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCCGATTTTGTAGAACTTGGTGACTTTATCAGCACTGTCATAAAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296827 GCCGATTTTGTAGAACTTGGTGACTTTATCAGCACTGTCATAAAGCTCAA

    950     .    :    .    :    .    :
    933 CTATGTCTTTGATGAAGGAGAAGCCAACACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 296877 CTATGTCTTTGATGAAGGAGAAGCCAACACT