seq1 = pF1KB7414.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KB7414/gi568815595f_40411468.tfa (gi568815595f:40411468_40616860), 205393 bp

>pF1KB7414 1266
>gi568815595f:40411468_40616860 (Chr3)

1-24  (94886-94909)   100% ->
25-151  (100003-100129)   100% ->
152-265  (100935-101048)   100% ->
266-1266  (104393-105393)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCAGACCGCTTGGCGCCAG         GAACCAGTGACCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  94886 ATGTTCCAGACCGCTTGGCGCCAGGTG...TAGGAACCAGTGACCTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGATGTGGCTGTGTACTTCACCCAGAATGAATGGGCCAGCCTGGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 GGATGTGGCTGTGTACTTCACCCAGAATGAATGGGCCAGCCTGGACTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCAGAGGGCCCTGTACAGGGAAGTGATGCTGGAGAATTATGCAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 TGCAGAGGGCCCTGTACAGGGAAGTGATGCTGGAGAATTATGCAAATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTTCCCTGG         CATTCCCATTCACCACGCCTGTTCTGGTCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 GCTTCCCTGGGTA...CAGCATTCCCATTCACCACGCCTGTTCTGGTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAGCTGGAGCAAGGGGAACTGCCATGGGGCCTCGATCCCTGGGAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100966 CCAGCTGGAGCAAGGGGAACTGCCATGGGGCCTCGATCCCTGGGAACCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGGCAGGGAGGCTCTCAGAGGTATCTGTCCAG         GGGATGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101016 TGGGCAGGGAGGCTCTCAGAGGTATCTGTCCAGGTG...TAGGGGATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCAGAACTGAGAAGGAAGGATTAACTCCAAAGGATCATGTGTCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104401 GCCAGAACTGAGAAGGAAGGATTAACTCCAAAGGATCATGTGTCCAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACAGAGTCCTTCAGACTGATGGTGGGGGGCCTGCCAGGGAATGTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104451 AACAGAGTCCTTCAGACTGATGGTGGGGGGCCTGCCAGGGAATGTTTCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCACCTTGACTTTGGGAGCAGCCTAGAGCAGCCACAAGGTCATTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104501 AGCACCTTGACTTTGGGAGCAGCCTAGAGCAGCCACAAGGTCATTGGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTAAGACAAAGTCAAAGAGGAGACATTTCACAGATACCTCAGCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104551 ATTAAGACAAAGTCAAAGAGGAGACATTTCACAGATACCTCAGCCAGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATGAGGCCTATGAGGTCAAGAATGGAGAGAAGTTTGAGAAATTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104601 CCATGAGGCCTATGAGGTCAAGAATGGAGAGAAGTTTGAGAAATTAGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAATATTAGCGTCAGCACACAACTCACTACAAATCAGACAAATCCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104651 AAAATATTAGCGTCAGCACACAACTCACTACAAATCAGACAAATCCTAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGTCAGATATCTTATGAATGTGGACAATGTGGCAGATATTTCATTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104701 GGTCAGATATCTTATGAATGTGGACAATGTGGCAGATATTTCATTCAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCAGACTTCCACCGACATGAGAAATGTCACACTGGTGAAAAGTCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104751 GGCAGACTTCCACCGACATGAGAAATGTCACACTGGTGAAAAGTCTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AATGCAAAGAATGTGGAAAATACTTCAGATATAACTCATTACTTATTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104801 AATGCAAAGAATGTGGAAAATACTTCAGATATAACTCATTACTTATTCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CATCAGATAATTCACACTGGAAAGAAACCATTTAAATGTAAAGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104851 CATCAGATAATTCACACTGGAAAGAAACCATTTAAATGTAAAGAATGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AAAAGGTTTAAGTTCAGACACAGCCTTGATTCAGCATCAGAGAATCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104901 AAAAGGTTTAAGTTCAGACACAGCCTTGATTCAGCATCAGAGAATCCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTGGAGAAAAGCCCTATGAATGTAAGGAGTGCGGCAAGGCCTTCAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104951 CTGGAGAAAAGCCCTATGAATGTAAGGAGTGCGGCAAGGCCTTCAGTAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AGCTCTGTCTTCCTCCAGCACCAGAGGTTCCACACTGGGGAGAAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105001 AGCTCTGTCTTCCTCCAGCACCAGAGGTTCCACACTGGGGAGAAGCTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGAATGTAACGAATGTTGGAAAACTTTCAGTTGCAGCTCAAGTTTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105051 TGAATGTAACGAATGTTGGAAAACTTTCAGTTGCAGCTCAAGTTTCACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCCATCAGCGAATGCACACTGGGGAGAAACCTTATGAATGTAAAGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105101 TCCATCAGCGAATGCACACTGGGGAGAAACCTTATGAATGTAAAGAGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GGAAAACGATTAAGCTCCAACACAGCCTTGACTCAGCATCAGCGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105151 GGAAAACGATTAAGCTCCAACACAGCCTTGACTCAGCATCAGCGAATTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CACTGGGGAGAAGCCCTTTGAATGTAAGGAGTGTGGGAAGGCATTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105201 CACTGGGGAGAAGCCCTTTGAATGTAAGGAGTGTGGGAAGGCATTCAATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGAAAATAACCCTGATTCAGCACCAGCGAGTTCACACTGGCGAGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105251 AGAAAATAACCCTGATTCAGCACCAGCGAGTTCACACTGGCGAGAAACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TATGAGTGTAAAGTGTGTGGTAAAACCTTCAGCTGGTGTGGAAGATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105301 TATGAGTGTAAAGTGTGTGGTAAAACCTTCAGCTGGTGTGGAAGATTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TCTGCATCAGAAACTACACACTCAGAAGACACCTGTCCAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105351 TCTGCATCAGAAACTACACACTCAGAAGACACCTGTCCAAGCA