seq1 = pF1KB7413.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KB7413/gi568815583f_90140909.tfa (gi568815583f:90140909_90342063), 201155 bp

>pF1KB7413 1155
>gi568815583f:90140909_90342063 (Chr15)

1-1155  (100001-101155)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTTCCACATGATTCAAACGAAACTTCCTATTTGCTGCCTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTTCCACATGATTCAAACGAAACTTCCTATTTGCTGCCTCCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGAGGACTGGGGCAGGCAAACCATTCCTGACTTTGTTTATGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATGAGGACTGGGGCAGGCAAACCATTCCTGACTTTGTTTATGGGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGATCTCATGGCAGAAGGGATTCAGTGGCCAAGGAATGCACCTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGATCTCATGGCAGAAGGGATTCAGTGGCCAAGGAATGCACCTGGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGATGCTCTGCCACAATCTCCCTTTGATGCTGCACTCTGCTCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGATGCTCTGCCACAATCTCCCTTTGATGCTGCACTCTGCTCTGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGCAGCGGGTGGAGCTGGGGCTGTTTCGCTACCGTCTACGGGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGCAGCGGGTGGAGCTGGGGCTGTTTCGCTACCGTCTACGGGAGCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGACCCAAATCCTCCCTGGTGCTGTGGGTTTCGTGGCTCAGCTGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGACCCAAATCCTCCCTGGTGCTGTGGGTTTCGTGGCTCAGCTGAATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCGTGGTGTGCAGAGGAGGCCCCCGCAGACCATCAAGAGTGTGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCGTGGTGTGCAGAGGAGGCCCCCGCAGACCATCAAGAGTGTGAGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCATTTGACCCTGTACAGTTCAACTTCAACAAGATCCGGCCCGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCATTTGACCCTGTACAGTTCAACTTCAACAAGATCCGGCCCGGAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCTCTTCCGTTTGCACCGGGAGCCTGATCTCCCTGGGACTCTGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCTCTTCCGTTTGCACCGGGAGCCTGATCTCCCTGGGACTCTGCTGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAGACATCCTGGTGGTGATCAACGTCAGCCCCCTGGAGTGGGGCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAGACATCCTGGTGGTGATCAACGTCAGCCCCCTGGAGTGGGGCCACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGCTGGTGCCTGAGCCTGCCCGCCAGCTCCCCCAGCGCCTGCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGCTGGTGCCTGAGCCTGCCCGCCAGCTCCCCCAGCGCCTGCTGCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGCACTGAGGGCAGGGATTGAGGCTGTGCTGCTGAGCTTACACCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGCACTGAGGGCAGGGATTGAGGCTGTGCTGCTGAGCTTACACCCGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCCGTGTCGGCTTCAACAGCCTGGGAGGCTTGGCCTCGGTGAACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCCGTGTCGGCTTCAACAGCCTGGGAGGCTTGGCCTCGGTGAACCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCACCTGCATGGCTATTACCTGGCCCACAGACTGCCCGTGGAGCAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCACCTGCATGGCTATTACCTGGCCCACAGACTGCCCGTGGAGCAGGCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAAGCGAGCCCCTGGACCCTGGAGGCCATTTGCATCTGCTCCAGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAAGCGAGCCCCTGGACCCTGGAGGCCATTTGCATCTGCTCCAGGACCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCAGCTCCTGGCTTCCTCTTTTACACTCGTGGGCCAGGGCCTGACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCAGCTCCTGGCTTCCTCTTTTACACTCGTGGGCCAGGGCCTGACTTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTCCTTGATAAGCAGGGTATGTCGGGCCACTGATTATCTGACTGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTCCTTGATAAGCAGGGTATGTCGGGCCACTGATTATCTGACTGACCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGATTGCTCATAACTTGTTTGTCACCCGGGGAGCTCCGCCGGGAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGATTGCTCATAACTTGTTTGTCACCCGGGGAGCTCCGCCGGGAAAGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCACCTTCCTCAGCCCTCACAGGGGTCCGAGTAATTCTGTGGGCCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCACCTTCCTCAGCCCTCACAGGGGTCCGAGTAATTCTGTGGGCCCGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GTCCAGCTTTGGGATAAAGGACGGTGAAGCTTTCAATGTTGCCCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTCCAGCTTTGGGATAAAGGACGGTGAAGCTTTCAATGTTGCCCTCTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGCTGGCTGGGCACCTCCCTGTCAAAACATCCCAGGACTTCAGCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGCTGGCTGGGCACCTCCCTGTCAAAACATCCCAGGACTTCAGCAGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACAGAGGCAGCTGCTGTGGCCCTCATTCAGGACTGTCGGCTGCCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACAGAGGCAGCTGCTGTGGCCCTCATTCAGGACTGTCGGCTGCCCCCATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCAGGCAGAAGACGTACAGGCAGCACTGGTGGCCCTGATGTCCCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCAGGCAGAAGACGTACAGGCAGCACTGGTGGCCCTGATGTCCCAGGAAG

   1150     .
   1151 AGCAA
        |||||
 101151 AGCAA