seq1 = pF1KB7411.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KB7411/gi568815587f_55695556.tfa (gi568815587f:55695556_55896497), 200942 bp

>pF1KB7411 942
>gi568815587f:55695556_55896497 (Chr11)

1-942  (100001-100942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGATGGTTTTAAGGAATCTGAGCATGGAGCCCACCTTTGCCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGATGGTTTTAAGGAATCTGAGCATGGAGCCCACCTTTGCCCTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGTTTCACAGATTACCCAAAGCTTCAGATTCCTCTCTTCCTTGTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTTTCACAGATTACCCAAAGCTTCAGATTCCTCTCTTCCTTGTGTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCATGTATGTTATCACAGTGGTAGGAAACCTTGGGATGATCATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCATGTATGTTATCACAGTGGTAGGAAACCTTGGGATGATCATAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAAGATTAACCCCAAATTTCACACTCCTATGTACTTTTTCCTTAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAAGATTAACCCCAAATTTCACACTCCTATGTACTTTTTCCTTAGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTCTTTTGTTGATTTTTGTTACTCTTCCATTGTCACTCCCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTCTTTTGTTGATTTTTGTTACTCTTCCATTGTCACTCCCAAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGAGAACTTGGTAATGGCAGATAAAAGCATCTTCTACTTTAGCTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGAGAACTTGGTAATGGCAGATAAAAGCATCTTCTACTTTAGCTGCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGCAGTACTTCCTGTCCTGCACTGCTGTGGTGACAGAGTCTTTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGCAGTACTTCCTGTCCTGCACTGCTGTGGTGACAGAGTCTTTCTTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCAGTGATGGCCTATGACCGCTTTGTGGCCATCTGCAATCCTCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCAGTGATGGCCTATGACCGCTTTGTGGCCATCTGCAATCCTCTGCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATACAGTGGCCATGTCACAGAGGCTCTGTGCCCTGCTGGTGGCTGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATACAGTGGCCATGTCACAGAGGCTCTGTGCCCTGCTGGTGGCTGGGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATCTCTGGGGCATGTTTGGCCCCTTGGTACTCCTTTGTTATGCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATCTCTGGGGCATGTTTGGCCCCTTGGTACTCCTTTGTTATGCTCTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTAAACTTCTCTGGACCTAATGTAATCAACCACTTCTTTTGTGAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTTAAACTTCTCTGGACCTAATGTAATCAACCACTTCTTTTGTGAGTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGCTCTCATCTCTGTGTCTGGCTCTGATATACTCATCCCCCACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGCTCTCATCTCTGTGTCTGGCTCTGATATACTCATCCCCCACCTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTTTCAGCTTCGCCACCTTCAATGAGATGTGTACACTACTGATCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTTTCAGCTTCGCCACCTTCAATGAGATGTGTACACTACTGATCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACTTCCTATGTTTTCATTTTTGTGACTGTACTAAAAATCCGTTCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACTTCCTATGTTTTCATTTTTGTGACTGTACTAAAAATCCGTTCTGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGGGCGCCACAAAGCCTTCTCCACCTGGGCCTCCCACCTGACTTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGGGCGCCACAAAGCCTTCTCCACCTGGGCCTCCCACCTGACTTCTATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCATCTTCCATGGGACCATCCTTTTCCTTTACTGTGTACCCAACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACCATCTTCCATGGGACCATCCTTTTCCTTTACTGTGTACCCAACTCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAACTCTCGGCAAACAGTCAAAGTGGCCTCTGTATTTTACACAGTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAACTCTCGGCAAACAGTCAAAGTGGCCTCTGTATTTTACACAGTTGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCCCATGCTGAACCCTCTGATCTACAGCCTAAGGAATAAAGACGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCCCATGCTGAACCCTCTGATCTACAGCCTAAGGAATAAAGACGTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GATGCTTTCTGGAAGTTAATACATACACAAGTTCCATTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GATGCTTTCTGGAAGTTAATACATACACAAGTTCCATTTCAC