seq1 = pF1KB7410.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB7410/gi568815588f_117097489.tfa (gi568815588f:117097489_117310296), 212808 bp

>pF1KB7410 1152
>gi568815588f:117097489_117310296 (Chr10)

1-223  (100001-100223)   100% ->
224-352  (103671-103799)   100% ->
353-1152  (112009-112808)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTCTCGGGGCACCCCCAGGCCAGGAGATGCTGCCCAGAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTCTCGGGGCACCCCCAGGCCAGGAGATGCTGCCCAGAGGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAAAGCTCTTCCCTGGCCTCTGCTTCCTCTGCTTTCTGGTGACCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAAAGCTCTTCCCTGGCCTCTGCTTCCTCTGCTTTCTGGTGACCTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGGTGGGTGCTGTGGTCTTCTCTGCCATTGAGGACGGCCAGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGGTGGGTGCTGTGGTCTTCTCTGCCATTGAGGACGGCCAGGTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGCAGCAGATGATGGAGAGTTTGAGAAGTTCTTGGAGGAGCTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGCAGCAGATGATGGAGAGTTTGAGAAGTTCTTGGAGGAGCTCTGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATCTTGAACTGCAGTGAAACAG         TGGTGGAAGACAGAAAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100201 AATCTTGAACTGCAGTGAAACAGGTA...CAGTGGTGGAAGACAGAAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGATCTCCAGGGGCATCTGCAGAAGGTGAAGCCTCAGTGGTTTAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103689 AGGATCTCCAGGGGCATCTGCAGAAGGTGAAGCCTCAGTGGTTTAACAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCACACACTGGTCCTTCCTGAGCTCGCTCTTTTTCTGCTGCACGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103739 ACCACACACTGGTCCTTCCTGAGCTCGCTCTTTTTCTGCTGCACGGTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGCACCGTGG         GCTATGGCTACATCTACCCCGTCACCAGGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103789 CAGCACCGTGGGTA...CAGGCTATGGCTACATCTACCCCGTCACCAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGCAAGTACTTGTGCATGCTCTATGCTCTCTTTGGTATCCCCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112039 TTGGCAAGTACTTGTGCATGCTCTATGCTCTCTTTGGTATCCCCCTGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCCTCGTTCTCACGGACACAGGCGACATCCTGGCAACCATCTTATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112089 TTCCTCGTTCTCACGGACACAGGCGACATCCTGGCAACCATCTTATCTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATCTTATAATCGGTTCCGAAAATTCCCTTTCTTTACCCGCCCCCTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112139 ATCTTATAATCGGTTCCGAAAATTCCCTTTCTTTACCCGCCCCCTCCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCAAGTGGTGCCCCAAATCTCTCTTCAAGAAAAAACCGGACCCCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112189 CCAAGTGGTGCCCCAAATCTCTCTTCAAGAAAAAACCGGACCCCAAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCAGATGAAGCTGTCCCTCAGATCATCATCAGTGCTGAAGAGCTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112239 GCAGATGAAGCTGTCCCTCAGATCATCATCAGTGCTGAAGAGCTTCCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCCAAACTTGGCACATGTCCTTCACGCCCAAGCTGCAGCATGGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112289 CCCCAAACTTGGCACATGTCCTTCACGCCCAAGCTGCAGCATGGAGCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTGAGAGATCTCATGCGCTAGAGAAACAGAACACACTGCAACTGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112339 TTGAGAGATCTCATGCGCTAGAGAAACAGAACACACTGCAACTGCCCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAAGCCATGGAGAGGAGTAACTCGTGTCCCGAACTGGTGTTGGGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112389 CAAGCCATGGAGAGGAGTAACTCGTGTCCCGAACTGGTGTTGGGAAGACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTCATACTCCATCATCAGCAACCTGGATGAAGTTGGACAGCAGGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112439 CTCATACTCCATCATCAGCAACCTGGATGAAGTTGGACAGCAGGTGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGTTGGACATCCCCCTCCCCATCATTGCCCTTATTGTTTTTGCCTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112489 GGTTGGACATCCCCCTCCCCATCATTGCCCTTATTGTTTTTGCCTACATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCCTGTGCAGCTGCCATCCTCCCCTTCTGGGAGACACAGTTGGATTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112539 TCCTGTGCAGCTGCCATCCTCCCCTTCTGGGAGACACAGTTGGATTTCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAATGCCTTCTATTTCTGCTTTGTCACACTCACCACCATTGGGTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112589 GAATGCCTTCTATTTCTGCTTTGTCACACTCACCACCATTGGGTTTGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATACTGTTTTAGAACACCCTAACTTCTTCCTGTTCTTCTCCATTTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112639 ATACTGTTTTAGAACACCCTAACTTCTTCCTGTTCTTCTCCATTTATATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATCGTTGGAATGGAGATTGTGTTCATTGCTTTCAAGTTGGTGCAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112689 ATCGTTGGAATGGAGATTGTGTTCATTGCTTTCAAGTTGGTGCAAAACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCTGATTGACATATACAAAAATGTTATGCTATTCTTTGCAAAAGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112739 GCTGATTGACATATACAAAAATGTTATGCTATTCTTTGCAAAAGGGAAGT

   1150     .    :    .    :
   1133 TTTACCACCTTGTTAAAAAG
        ||||||||||||||||||||
 112789 TTTACCACCTTGTTAAAAAG