seq1 = pF1KB7402.tfa, 1089 bp
seq2 = pF1KB7402/gi568815579f_9946771.tfa (gi568815579f:9946771_10159058), 212288 bp

>pF1KB7402 1089
>gi568815579f:9946771_10159058 (Chr19)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-157  (100355-100440)   100% ->
158-297  (100549-100688)   100% ->
298-366  (103226-103294)   100% ->
367-418  (105532-105583)   100% ->
419-505  (105759-105845)   100% ->
506-581  (108477-108552)   100% ->
582-750  (108823-108991)   100% ->
751-840  (111798-111887)   100% ->
841-1089  (112040-112288)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGTGCGGACCTTGTTCCCCGAGAGTTGGCTCTGGAGGAAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGTGCGGACCTTGTTCCCCGAGAGTTGGCTCTGGAGGAAGTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCCAAAGAGTAAATCGGG         CATCTCCCATTACCCCATCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCCAAAGAGTAAATCGGGGTA...CAGCATCTCCCATTACCCCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTGAAGGTGCCAGATTCCATCACCACGTGGCAGTTTGTGGTGGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100375 CTGTGAAGGTGCCAGATTCCATCACCACGTGGCAGTTTGTGGTGGTCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCAAGGCTGGACAAG         GTCTCTGTGTCTCGGACCCCTTTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100425 CTCAAGGCTGGACAAGGTG...TAGGTCTCTGTGTCTCGGACCCCTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGACAGTTATGAAATCGTTCTTTGTGGACCTTAAGTTGCCCTCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100574 GCTGACAGTTATGAAATCGTTCTTTGTGGACCTTAAGTTGCCCTCCTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGATCAGGAATGAGCAGGTCCAGATCCAAGCCATGTTGTACAATTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100624 TGATCAGGAATGAGCAGGTCCAGATCCAAGCCATGTTGTACAATTTCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATCGCCAGGCCAAG         GTCCGAGTGGAGTTCCCCCACAAGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100674 GATCGCCAGGCCAAGGTG...TAGGTCCGAGTGGAGTTCCCCCACAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACACTGTGCAGTGCGTCAAAGCCAGGAGCACCATCCCACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103252 GACACTGTGCAGTGCGTCAAAGCCAGGAGCACCATCCCACCAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   GCAGGGGTTCAGATCCAGCAAACGTCCTATAGCATCGTCCTGGAACCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105530 AGGCAGGGGTTCAGATCCAGCAAACGTCCTATAGCATCGTCCTGGAACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAG         GTCAGACCCAGACAAAACTGGTGCCAAGACAGGAGTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105580 CAAGGTT...CAGGTCAGACCCAGACAAAACTGGTGCCAAGACAGGAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTGAACATGGTACCCGACACGGAGGCGGAAGTGTTTATCAGTGTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105796 CTTGAACATGGTACCCGACACGGAGGCGGAAGTGTTTATCAGTGTTCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506          GCTACACTCAGATGCTGACCCACCGGAGTTCAGACGGCACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105846 GTG...CAGGCTACACTCAGATGCTGACCCACCGGAGTTCAGACGGCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TACCACACCTCCAAGGGGAACCCAGGAAGCACTTG         GCTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108518 TACCACACCTCCAAGGGGAACCCAGGAAGCACTTGGTG...CAGGCTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AAGCTATGTGTTCCGCGTCTTTGCCCTGGCCTACTCTATGATGACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108829 AAGCTATGTGTTCCGCGTCTTTGCCCTGGCCTACTCTATGATGACGACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGTGCTTAGCCTGTCCTCTCTCTGTGACATGGCCAACTGGATCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108879 AAGTGCTTAGCCTGTCCTCTCTCTGTGACATGGCCAACTGGATCATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GACAGGCAGGCAGAGGATGGGCACTTCCTGGAGAAGGGCCCTGTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108929 GACAGGCAGGCAGAGGATGGGCACTTCCTGGAGAAGGGCCCTGTGGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GACATCCATGCAG         GATGGCTACCAAGGCTCCGAGGAGGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108979 GACATCCATGCAGGTG...CAGGATGGCTACCAAGGCTCCGAGGAGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TATCCCTCACAGCTCTTGTCCTAATAGCCCTGAATGAGGGAAAGGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111826 TATCCCTCACAGCTCTTGTCCTAATAGCCCTGAATGAGGGAAAGGAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGCAGACAGAAG         AATTTGATGGCCAGCATCGAGAGAGCCCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111876 TGCAGACAGAAGGTA...TAGAATTTGATGGCCAGCATCGAGAGAGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGGCTTCCTGGAGAGAAAACTTCCCGACATTCAGACAACCTTTGCCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112069 TGGCTTCCTGGAGAGAAAACTTCCCGACATTCAGACAACCTTTGCCGTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCATAGCCTCCTATGCACTGGCCCTTGCCAACAGCTCCCAAGCCAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112119 CCATAGCCTCCTATGCACTGGCCCTTGCCAACAGCTCCCAAGCCAACGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGCCTGGACAGCTTTGCCAGCCCTAGTGGGTGTGGGATGCTTCTTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112169 TGCCTGGACAGCTTTGCCAGCCCTAGTGGGTGTGGGATGCTTCTTAATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACCTCAGTCATGGAGTGGGGAGGGGGTGATCTCAAATCCAGCAATGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112219 ACCTCAGTCATGGAGTGGGGAGGGGGTGATCTCAAATCCAGCAATGTGTT

   1150     .    :    .    :
   1070 ATTCATCACTTAGTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||
 112269 ATTCATCACTTAGTGTTTCC