seq1 = pF1KB7399.tfa, 528 bp
seq2 = pF1KB7399/gi568815589f_135563322.tfa (gi568815589f:135563322_135765909), 202588 bp

>pF1KB7399 528
>gi568815589f:135563322_135765909 (Chr9)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-233  (100841-100977)   100% ->
234-307  (101401-101474)   100% ->
308-418  (101924-102034)   100% ->
419-475  (102375-102431)   100% ->
476-528  (102540-102590)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGCTTCTGCTGAGCCTGGGGCTGAGCCTCATCGCAGCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTGCTTCTGCTGAGCCTGGGGCTGAGCCTCATCGCAGCCCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCGATCCCCACACCGTTATGCAGAGGAACTACAACGTGGCCAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GTTCGATCCCCACACCGTTATGCAGAGGAACTACAACGTGGCCAGGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTTTCAGGGGTCTGGTATTCTATTTTCATGGCCTCAGATGACCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGTTTCAGGGGTCTGGTATTCTATTTTCATGGCCTCAGATGACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCGGATTAAAGAAAATGGAGACCTGAGGGTCTTCGTCCGGAATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100886 AATCGGATTAAAGAAAATGGAGACCTGAGGGTCTTCGTCCGGAATATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACACTTGAAGAACGGCAGCCTAATATTTGATTTCGAATACAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100936 ACACTTGAAGAACGGCAGCCTAATATTTGATTTCGAATACATGTG...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GGTGCAGGGGGAGTGTGTGGCTGTGGTCGTGGTCTGCGAGAAGACAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101400 GGGTGCAGGGGGAGTGTGTGGCTGTGGTCGTGGTCTGCGAGAAGACAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAATGGGGAATACTCCATCAACT         ATGAGGGCCAGAACAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101450 AAGAATGGGGAATACTCCATCAACTGTA...CAGATGAGGGCCAGAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGGCCGTCTCGGAGACTGACTACAGGCTGTTCATCACCTTCCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101940 AGTGGCCGTCTCGGAGACTGACTACAGGCTGTTCATCACCTTCCACCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAACTTCAGGAACGGGACCGAGACCCACACGCTGGCGCTCTATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101990 AGAACTTCAGGAACGGGACCGAGACCCACACGCTGGCGCTCTATGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     AAACCTGCGAAAAGTACGGACTTGGCTCACAAAATATCATCGACTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102040 .AAGAAACCTGCGAAAAGTACGGACTTGGCTCACAAAATATCATCGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACCAACAAAG         ATCCCTGCTACTCCAAGCATTACAGGAGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102421 GACCAACAAAGGTC...CAGATCCCTGCTACTCCAAGCATTACAGGAGCC

    550     .    :    .    :
    506 CGCCCAGGCCTCCCATGCGGTGG
        |||||||||||||||||||-||-
 102570 CGCCCAGGCCTCCCATGCG TG