seq1 = pF1KB7396.tfa, 576 bp
seq2 = pF1KB7396/gi568815583r_98339634.tfa (gi568815583r:98339634_98580780), 241147 bp

>pF1KB7396 576
>gi568815583r:98339634_98580780 (Chr15)

(complement)

1-184  (99997-100181)   98% ->
185-367  (128771-128953)   100% ->
368-459  (139619-139710)   100% ->
460-576  (141031-141147)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAA GGTTCAGTCGTTTGGGGAAAGGGTTGTGCTTTTCATTCTAAACG
         ||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 TTGAAAGGTTCAGTCGTTTGGGGAAAGGGTTGTGCTTTTCATTCTAAACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 CCATTATTTTTGGAAGATTGGAGAGAAATTTGGATGATGATGACATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 CCATTATTTTTGGAAGATTGGAGAGAAATTTGGATGATGATGACATGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 TTTCTACCTCACTCTGTGAAGGAACAAGCTAAAATCCTGTGGAGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 TTTCTACCTCACTCTGTGAAGGAACAAGCTAAAATCCTGTGGAGACGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 AGCGGCTGTTGGGTTTTACACAACCAAGATGAAAG         GCAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100147 AGCGGCTGTTGGGTTTTACACAACCAAGATGAAAGGTG...CAGGCAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 TGTGTGGTGATGGCACCGGTGCATGCTACCTGCTGCCTGTCTTTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128777 TGTGTGGTGATGGCACCGGTGCATGCTACCTGCTGCCTGTCTTTGACACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GTGTTCATCAGGAGGAAACACTGGCACCGAGGCTTGGGAACAGCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128827 GTGTTCATCAGGAGGAAACACTGGCACCGAGGCTTGGGAACAGCCATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GCGGGACTTCTGTGAGACATTCCCAGAGGACGAGGCCCTGGGGGTTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128877 GCGGGACTTCTGTGAGACATTCCCAGAGGACGAGGCCCTGGGGGTTAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 GCTCGATGTCTCCTGCCATGTACCAAG         CACACCCAGGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128927 GCTCGATGTCTCCTGCCATGTACCAAGGTA...CAGCACACCCAGGAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 TCCGAGGACGTGAGCCGTCATGCGAGGACTTCTCAGAATGACAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139633 TCCGAGGACGTGAGCCGTCATGCGAGGACTTCTCAGAATGACAGACCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 ACAGCCTGCCCCTGGAGACGGCAGCAAG         GAGAGGATGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 139683 ACAGCCTGCCCCTGGAGACGGCAGCAAGGTA...CAGGAGAGGATGTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 GAGAAGAACTGGAAGACACAAAGGATGATCCAGAGTGTGGAGTGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141044 GAGAAGAACTGGAAGACACAAAGGATGATCCAGAGTGTGGAGTGGAAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 GAGGATGCCGGGCTGGCAGGGCAGCCACCAGGCAAGCTTACAAGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141094 GAGGATGCCGGGCTGGCAGGGCAGCCACCAGGCAAGCTTACAAGGTCCAG

    600 
    573 TCCC
        ||||
 141144 TCCC