seq1 = pF1KB7393.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KB7393/gi568815584f_49499021.tfa (gi568815584f:49499021_49714493), 215473 bp

>pF1KB7393 1242
>gi568815584f:49499021_49714493 (Chr14)

1-183  (100001-100183)   100% ->
184-282  (103350-103448)   100% ->
283-1004  (108380-109101)   100% ->
1005-1242  (115236-115473)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTACACTGTGAGGTGGAGGTGATCAGCCGGCACTTGCCCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTACACTGTGAGGTGGAGGTGATCAGCCGGCACTTGCCCGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGCTTAGGAACCGGGGCAAGGGCGTCCGAGCCGTGTTGAGCCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGCTTAGGAACCGGGGCAAGGGCGTCCGAGCCGTGTTGAGCCTCTGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGACTTCCAGGAGTCAGCCGCCGGTCCGAGCCTTCCTGCTCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGACTTCCAGGAGTCAGCCGCCGGTCCGAGCCTTCCTGCTCATCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCTGAAGGACAAGCGCGGGACCCGCTATGAG         CTAAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100151 ACCCTGAAGGACAAGCGCGGGACCCGCTATGAGGTG...CAGCTAAGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACATTGAGCAATTCTTCACCAAATTTGTAGATGAGGGGAAAGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103358 GAACATTGAGCAATTCTTCACCAAATTTGTAGATGAGGGGAAAGCCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCGGTTAAAGGAGCCTCCTGTGGATATCTGTCTAAGTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103408 TTCGGTTAAAGGAGCCTCCTGTGGATATCTGTCTAAGTAAGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCATTTCCAGCAGTTTAAAAGGTTTCCTTTCAGCTATGAGACTGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108380 GCCATTTCCAGCAGTTTAAAAGGTTTCCTTTCAGCTATGAGACTGGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGAGGCTGTAATGTTGATACACCAGTTTCAACGCTCACACCAGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108430 TAGAGGCTGTAATGTTGATACACCAGTTTCAACGCTCACACCAGTGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTCAGAATTTGAAAACTTTAAAACTAAAATGGTTATCACATCCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108480 CTTCAGAATTTGAAAACTTTAAAACTAAAATGGTTATCACATCCAAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACTATCCTCTAAGTAAGAATTTTCCATATTCCTTGGAACATCTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108530 GACTATCCTCTAAGTAAGAATTTTCCATATTCCTTGGAACATCTTCAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTCTTACTGTGGGCTTGTCCGAGTTGATATGCGTATGCTTTGCTTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108580 TTCTTACTGTGGGCTTGTCCGAGTTGATATGCGTATGCTTTGCTTAAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCTTAGGAAATTAGACTTGAGTCACAACCATATAAAAAAGCTTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 GCCTTAGGAAATTAGACTTGAGTCACAACCATATAAAAAAGCTTCCAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACAATTGGAGACCTCATACACCTTCAAGAACTTAACCTGAATGACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 ACAATTGGAGACCTCATACACCTTCAAGAACTTAACCTGAATGACAATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTGGAGTCATTTAGTGTAGCCTTGTGTCATTCTACACTCCAGAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108730 CTTGGAGTCATTTAGTGTAGCCTTGTGTCATTCTACACTCCAGAAGTCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTCGGAGTTTGGACCTCAGCAAGAACAAAATCAAGGCACTCCCTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108780 TTCGGAGTTTGGACCTCAGCAAGAACAAAATCAAGGCACTCCCTGTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTTTGCCAGCTCCAGGAACTTAAGAATTTAAAACTTGACGATAATGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108830 TTTTGCCAGCTCCAGGAACTTAAGAATTTAAAACTTGACGATAATGAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GATTCAATTTCCTTGCAAGATAGGACAACTAATAAACCTTCGCTTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108880 GATTCAATTTCCTTGCAAGATAGGACAACTAATAAACCTTCGCTTTTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CAGCAGCTCGAAATAAGCTTCCATTTTTGCCTAGTGAATTTAGAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108930 CAGCAGCTCGAAATAAGCTTCCATTTTTGCCTAGTGAATTTAGAAATTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCCCTTGAATACTTGGATCTTTTTGGAAATACTTTTGAACAACCAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108980 TCCCTTGAATACTTGGATCTTTTTGGAAATACTTTTGAACAACCAAAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCTTCCAGTAATAAAGCTGCAAGCACCATTAACTTTATTGGAATCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109030 CCTTCCAGTAATAAAGCTGCAAGCACCATTAACTTTATTGGAATCTTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CACGAACCATATTACATAATAG         GATTCCATATGGCTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109080 CACGAACCATATTACATAATAGGTA...TAGGATTCCATATGGCTCTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATCATTCCATTCCATCTCTGCCAAGATTTGGATACCGCAAAAATTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115255 ATCATTCCATTCCATCTCTGCCAAGATTTGGATACCGCAAAAATTTGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TTGTGGAAGATTCTGTCTGAACTCTTTCATTCAAGGAACTACTACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115305 TTGTGGAAGATTCTGTCTGAACTCTTTCATTCAAGGAACTACTACCATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ATCTGCATTCTGTTGCCCACACTGTGGTCTTAGTAGATAATTTGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115355 ATCTGCATTCTGTTGCCCACACTGTGGTCTTAGTAGATAATTTGGGTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACTGAAGCACCTATTATCTCTTATTTCTGTTCTCTAGGCTGTTATGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115405 ACTGAAGCACCTATTATCTCTTATTTCTGTTCTCTAGGCTGTTATGTTAA

   1250     .    :    .
   1224 TTCCTCTGATATGTTAAAG
        |||||||||||||||||||
 115455 TTCCTCTGATATGTTAAAG