seq1 = pF1KB7387.tfa, 1290 bp
seq2 = pF1KB7387/gi568815591f_55812676.tfa (gi568815591f:55812676_56040003), 227328 bp

>pF1KB7387 1290
>gi568815591f:55812676_56040003 (Chr7)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-175  (110487-110613)   100% ->
176-268  (110932-111024)   100% ->
269-1290  (126307-127328)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGAAGAAATGAATGATGGCTCACAGATGGTGAGATCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGAGGAGGAAGAAATGAATGATGGCTCACAGATGGTGAGATCTCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GAATCACTGACGTTTCAGGATGTGGCCGTGGACTTCACCAGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGGAATCACTGACGTTTCAGGATGTGGCCGTGGACTTCACCAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGTGGGACCAGCTGTACCCTGCCCAAAAGAACCTCTATCGAGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110530 AGGAGTGGGACCAGCTGTACCCTGCCCAAAAGAACCTCTATCGAGACGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGCTGGAGAACTACAGGAATCTAGTTGCACTGG         GGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110580 ATGCTGGAGAACTACAGGAATCTAGTTGCACTGGGTG...TAGGGTATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTTTGTAAGCCAGAGGTAATCGCGCAGTTGGAGCTAGAGGAAGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110939 GCTTTGTAAGCCAGAGGTAATCGCGCAGTTGGAGCTAGAGGAAGAATGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGATAGAAAGAGACAGCCTGCTGGATACTCATCCAG         ATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110989 TGATAGAAAGAGACAGCCTGCTGGATACTCATCCAGGTA...TAGATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAAACAGACCCGAAATCAAAAAGTCAACCACAAGCCAGAATATTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126312 GAAAACAGACCCGAAATCAAAAAGTCAACCACAAGCCAGAATATTTCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAAAATCAAACCCATGAGATGATAATGGAGAGACTCGCAGGAGACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126362 TGAAAATCAAACCCATGAGATGATAATGGAGAGACTCGCAGGAGACAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTGGTACTCCATCCTAGGAGGACTCTGGGATTTTGATTACCATCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126412 TCTGGTACTCCATCCTAGGAGGACTCTGGGATTTTGATTACCATCCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTAACCAAGAAAACCACAAGAGATATTTAGGACAAGTAACTTTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126462 TTTAACCAAGAAAACCACAAGAGATATTTAGGACAAGTAACTTTGACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAAAGATCACACAGGAGAGAAGCCTTGAGTGTAATAAATTTGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126512 CAAAAAGATCACACAGGAGAGAAGCCTTGAGTGTAATAAATTTGCAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTGTAATCTGAACTCAAACCTTATGCAGCAGAGAATTCCTTCCATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126562 ACTGTAATCTGAACTCAAACCTTATGCAGCAGAGAATTCCTTCCATTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATACCCCTGAATTCTGACACACAGGGAAACAGCATCAAACATAATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126612 ATACCCCTGAATTCTGACACACAGGGAAACAGCATCAAACATAATTCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTGATTTACTATCAGGGAAATTACGTAAGAGAGACTCCCTATGAATATA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 126662 CTTGATTTACTATCAGGGAAATTATGTAAGAGAGACTCCCTATGAATATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTGAGTGTGGAAAAATCTTCAATCAACATATTCTTCTTACTGATCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126712 GTGAGTGTGGAAAAATCTTCAATCAACATATTCTTCTTACTGATCATATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CATACTGCAGAGAAACCCAGTGAGTGTGGGAAGGCCTTCAGCCACACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126762 CATACTGCAGAGAAACCCAGTGAGTGTGGGAAGGCCTTCAGCCACACCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATCTCTTAGCCAGCCTCAGATGTTGCTTACAGGAGAGAAGCCCTATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126812 ATCTCTTAGCCAGCCTCAGATGTTGCTTACAGGAGAGAAGCCCTATAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GTGATGAATGTGGAAAAAGATTCAGCCAGAGGATACATCTCATTCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126862 GTGATGAATGTGGAAAAAGATTCAGCCAGAGGATACATCTCATTCAACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGAGAATTCACACAGGAGAAAAGCCTTTTATATGCAATGGATGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126912 CAGAGAATTCACACAGGAGAAAAGCCTTTTATATGCAATGGATGTGGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGCCTTCCGTCAGCATTCATCCTTTACTCAACATCTGAGGATTCATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126962 AGCCTTCCGTCAGCATTCATCCTTTACTCAACATCTGAGGATTCATACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GAGAAAAGCCCTATAAATGTAATCAATGTGGTAAAGCTTTTAGCCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127012 GAGAAAAGCCCTATAAATGTAATCAATGTGGTAAAGCTTTTAGCCGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACATCCCTTACTGAACATCATAGACTTCATACCGGAGAGAAACCTTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127062 ACATCCCTTACTGAACATCATAGACTTCATACCGGAGAGAAACCTTACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATGTGGTTTCTGTGGCAAAGCCTTCAGTCAGAGGACACATCTGAATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127112 ATGTGGTTTCTGTGGCAAAGCCTTCAGTCAGAGGACACATCTGAATCAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ATGAAAGAACTCATACAGGAGAGAAACCCTATAAATGTAATGAATGTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 127162 ATGAAAGAACTCATACAGGAGAGAAACCCTATAAATGTAATGAATGCGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAAGCCTTTAGCCAGAGTGCACACCTTAATCAACACAGGAAAATCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127212 AAAGCCTTTAGCCAGAGTGCACACCTTAATCAACACAGGAAAATCCATAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TCGGGAGAAATTATGTGAATATAAATGTGAGCAAACTGTTCGCCACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127262 TCGGGAGAAATTATGTGAATATAAATGTGAGCAAACTGTTCGCCACAGTC

   1300     .    :    .
   1274 CTTCATTTAGCAGCACA
        |||||||||||||||||
 127312 CTTCATTTAGCAGCACA