seq1 = pF1KB7376.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KB7376/gi568815591f_135131979.tfa (gi568815591f:135131979_135358489), 226511 bp

>pF1KB7376 990
>gi568815591f:135131979_135358489 (Chr7)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-258  (108541-108738)   100% ->
259-334  (110803-110878)   100% ->
335-419  (111348-111432)   100% ->
420-446  (113325-113351)   100% ->
447-732  (114439-114724)   100% ->
733-806  (119818-119891)   100% ->
807-918  (123136-123247)   100% ->
919-990  (126440-126511)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGATTGATGTGGACAAGATCCTCTTTTTCAATCAAGAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAGATTGATGTGGACAAGATCCTCTTTTTCAATCAAGAAATCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTGGCAG         CTTATAATGGCAACCCCTGAAGAAAACAGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGTGGCAGGTA...CAGCTTATAATGGCAACCCCTGAAGAAAACAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCCCCATGACAGAGCAACACCCCAGCTGCCAGCACAGCTGCAGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108572 ATCCCCATGACAGAGCAACACCCCAGCTGCCAGCACAGCTGCAGGAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCATCGGGTGGCCCGGAGACGGCTGTCCCAGGCCCGCCACCGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108622 GAGCATCGGGTGGCCCGGAGACGGCTGTCCCAGGCCCGCCACCGAGCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGCAGCGCTCTTCAACAACCTCAGGAAGACAGTGTACTCTCAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108672 CCTGGCAGCGCTCTTCAACAACCTCAGGAAGACAGTGTACTCTCAGTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCTCATAGCCTCAAAG         TGGCAGGTTCTGAATAAGGCAAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108722 ATCTCATAGCCTCAAAGGTA...CAGTGGCAGGTTCTGAATAAGGCAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTCATATTCCAGAACTGGAGCAAACCCTGGATAATTTGCTGAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110827 AGTCATATTCCAGAACTGGAGCAAACCCTGGATAATTTGCTGAAGCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AG         CATCCTTCAACCTGGAAGATGGGCATGCAAGCAGCTTAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110877 AGGTA...TAGCATCCTTCAACCTGGAAGATGGGCATGCAAGCAGCTTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGAGGTCAAGAAAGAATATGCCAGCATGTATTCTGGAAATGACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111387 AGGAGGTCAAGAAAGAATATGCCAGCATGTATTCTGGAAATGACAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420      TTTTCCTCAGAATGGTTCCTCCCCTTG         GTATCTCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111437 ..CAGTTTTCCTCAGAATGGTTCCTCCCCTTGGTG...CAGGTATCTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTTTACAAACAGACGATGGACCTTCTGACTGGCAGCGGGATCATTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114448 CTTTTACAAACAGACGATGGACCTTCTGACTGGCAGCGGGATCATTACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGCAGGAGGCGGCGCTGCCCATCGTCTCCGCGGCCATCTCCCACCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114498 CGCAGGAGGCGGCGCTGCCCATCGTCTCCGCGGCCATCTCCCACCTGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGAACCTCTCGGAGGAGAGGAAGGCCAGCCTCCGGCAGGCCTGGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114548 CAGAACCTCTCGGAGGAGAGGAAGGCCAGCCTCCGGCAGGCCTGGGCGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAGCACCGCGGCCCTGCGACCCTGGCGGAGGCCTGCCGAGAGCCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114598 GAAGCACCGCGGCCCTGCGACCCTGGCGGAGGCCTGCCGAGAGCCGGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGCCGAGGGCAGCGTGAAGGACAGCGGCGTGGACAGCCAGGGGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114648 GTGCCGAGGGCAGCGTGAAGGACAGCGGCGTGGACAGCCAGGGGGCCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGCTCGCTGGTCTCCACGCCCGAGGAG         ATCCTTTTTGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114698 TGCTCGCTGGTCTCCACGCCCGAGGAGGTG...CAGATCCTTTTTGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCCTTTGATGTGGCAAGCTTCCTGGACAAAAGTGAGGTTCCGAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119832 TGCCTTTGATGTGGCAAGCTTCCTGGACAAAAGTGAGGTTCCGAGTACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTAGCTCCAG         TTCAGTGCTTGCCAGCTGCAACCCAGAAAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 119882 CTAGCTCCAGGTG...CAGTTCAGTGCTTGCCAGCTGCAACCCAGAAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCAGAGGAGAAGTTTCAGCTCTATATGCAGATCATCAACTTTTTTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123167 CCAGAGGAGAAGTTTCAGCTCTATATGCAGATCATCAACTTTTTTAAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTTAGCTGTGCAAACACTCAAGTAAAGCAG         GAAGCATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123217 CCTTAGCTGTGCAAACACTCAAGTAAAGCAGGTA...CAGGAAGCATCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTCCCGTTGATGAAGAGATGATCATGTTGCAGTGCACAGAGACCTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126450 TTCCCGTTGATGAAGAGATGATCATGTTGCAGTGCACAGAGACCTTTGAC

   1050     .    :
    979 GATGAAGATTTG
        ||||||||||||
 126500 GATGAAGATTTG