seq1 = pF1KB7372.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KB7372/gi568815587f_71860748.tfa (gi568815587f:71860748_72096312), 235565 bp

>pF1KB7372 885
>gi568815587f:71860748_72096312 (Chr11)

1-147  (99998-100144)   98% ->
148-302  (122014-122168)   100% ->
303-410  (126257-126364)   100% ->
411-531  (129850-129970)   100% ->
532-665  (133972-134105)   100% ->
666-767  (134703-134804)   100% ->
768-885  (135448-135565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGTCGAGCACGCACGCATGCATGCCAAGCACCGTGGCCATGAAGC
         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TTCAGGGTCGAGCACGCACGCATGCATGCCAAGCACCGTGGCCATGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATGCATGCTGAAATGGTCCTCATCCTCATCGCAACCTTGGTGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 TATGCATGCTGAAATGGTCCTCATCCTCATCGCAACCTTGGTGGTGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGCTCCTGGTGCAGTGGAAGCAGAGGCACCCACGCTCCTACAAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100098 AGCTGCTCCTGGTGCAGTGGAAGCAGAGGCACCCACGCTCCTACAATGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       ATGGTGACCCTCTTTCAGATGTGGGTTGTTCCCCTCTATTTCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 ...CAGATGGTGACCCTCTTTCAGATGTGGGTTGTTCCCCTCTATTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGAAGCTGCACTGGTGGAGGTTCCTAGTGATCTGGATCTTGTTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122058 AGTGAAGCTGCACTGGTGGAGGTTCCTAGTGATCTGGATCTTGTTCTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTCACAGCCTTTGTTACCTTCCGAGCCACCCGAAAACCTCTAGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122108 CTGTCACAGCCTTTGTTACCTTCCGAGCCACCCGAAAACCTCTAGTACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACAACCCCAAG         GTTGGTTTATAAGTGGTTCCTGCTAATCTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122158 ACAACCCCAAGGTG...CAGGTTGGTTTATAAGTGGTTCCTGCTAATCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAAATCAGCTATGCCACTGGCATTGTTGGCTACATGGCTGTCATGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126287 TAAAATCAGCTATGCCACTGGCATTGTTGGCTACATGGCTGTCATGTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCTCTTTGGTCTTAACTTATTATTCAA         GATCAAACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126337 CCCTCTTTGGTCTTAACTTATTATTCAAGTG...CAGGATCAAACCAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGCCATGGACTTTGGCATCTCCCTTCTCTTCTATGGCCTCTACTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129863 GATGCCATGGACTTTGGCATCTCCCTTCTCTTCTATGGCCTCTACTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGTTCTGGAACGGGACTTTGCAGAAATGTGTGCAGACTACATGGCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129913 AGTTCTGGAACGGGACTTTGCAGAAATGTGTGCAGACTACATGGCATCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCATAGGG         TTCTACAGCGAGTCGGGCATGCCTACCAAACAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 129963 CCATAGGGGTA...CAGTTCTACAGCGAGTCGGGCATGCCTACCAAACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTTCAGACAGTGTGTGTGCTGTGTGTGGGCAGCAGATCTTTGTGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134005 CTTTCAGACAGTGTGTGTGCTGTGTGTGGGCAGCAGATCTTTGTGGACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGTGAAGAGGGGATCATTGAGAACACGTATAGGCTGTCCTGCAATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134055 CAGTGAAGAGGGGATCATTGAGAACACGTATAGGCTGTCCTGCAATCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 T         CTTCCACGAGTTCTGCATCCGTGGCTGGTGCATCGTGGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134105 TGTA...CAGCTTCCACGAGTTCTGCATCCGTGGCTGGTGCATCGTGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGAAGCAAACGTGTCCCTACTGCAAAGAGAAGGTAGACCTCAAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134743 AAGAAGCAAACGTGTCCCTACTGCAAAGAGAAGGTAGACCTCAAGAGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTCAGCAATCC         CTGGGAGAGGCCTCACGTCATGTATGGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134793 GTTCAGCAATCCGTA...CAGCTGGGAGAGGCCTCACGTCATGTATGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AACTGCTGGACTGGCTTCGATACTTGGTAGCCTGGCAGCCTGTCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135477 AACTGCTGGACTGGCTTCGATACTTGGTAGCCTGGCAGCCTGTCATCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    847 GGTGTAGTCCAAGGCATCAACTACATCCTGGGCCTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135527 GGTGTAGTCCAAGGCATCAACTACATCCTGGGCCTGGAA