seq1 = pF1KB7366.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KB7366/gi568815587f_72035953.tfa (gi568815587f:72035953_72239828), 203876 bp

>pF1KB7366 735
>gi568815587f:72035953_72239828 (Chr11)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-357  (103009-103197)   100% ->
358-493  (103395-103530)   100% ->
494-735  (103635-103876)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACATGGCCTGGCAGATGATGCAGCTGCTGCTTCTGGCTTTGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACATGGCCTGGCAGATGATGCAGCTGCTGCTTCTGGCTTTGGTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTGCGGGGAGTGCCCAGCCCAGGAGTGCGCGGGCCAGGACGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCTGCGGGGAGTGCCCAGCCCAGGAGTGCGCGGGCCAGGACGGACCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAATGTCTGCATGAACGCCAAGCACCACAAGACACAGCCCAGCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAATGTCTGCATGAACGCCAAGCACCACAAGACACAGCCCAGCCCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGAGCTGTATGGCCAG         TGCAGTCCCTGGAAGAAGAATGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GACGAGCTGTATGGCCAGGTG...CAGTGCAGTCCCTGGAAGAAGAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCTGCACGGCCAGCACCAGCCAGGAGCTGCACAAGGACACCTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 CTGCTGCACGGCCAGCACCAGCCAGGAGCTGCACAAGGACACCTCCCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTACAACTTTAACTGGGATCACTGTGGTAAGATGGAACCCACCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103082 TGTACAACTTTAACTGGGATCACTGTGGTAAGATGGAACCCACCTGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCCACTTTATCCAGGACAGCTGTCTCTATGAGTGCTCACCCAACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103132 CGCCACTTTATCCAGGACAGCTGTCTCTATGAGTGCTCACCCAACCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCCTGGATCCGGCAG         GTCAACCAGAGCTGGCGCAAAGAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103182 GCCCTGGATCCGGCAGGTA...CAGGTCAACCAGAGCTGGCGCAAAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCATTCTGAACGTGCCCCTGTGCAAAGAGGACTGTGAGCGCTGGTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103420 GCATTCTGAACGTGCCCCTGTGCAAAGAGGACTGTGAGCGCTGGTGGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACTGTCGCACCTCCTACACCTGCAAAAGCAACTGGCACAAAGGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103470 GACTGTCGCACCTCCTACACCTGCAAAAGCAACTGGCACAAAGGCTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTGGACCTCAG         GGATTAATGAGTGTCCGGCCGGGGCCCTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103520 TTGGACCTCAGGTG...CAGGGATTAATGAGTGTCCGGCCGGGGCCCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAGCACCTTTGAGTCCTACTTCCCCACTCCAGCCGCCCTTTGTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103665 GCAGCACCTTTGAGTCCTACTTCCCCACTCCAGCCGCCCTTTGTGAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCTGGAGCCACTCCTTCAAGGTCAGCAACTATAGTCGAGGGAGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103715 CTCTGGAGCCACTCCTTCAAGGTCAGCAACTATAGTCGAGGGAGCGGCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGCATCCAGATGTGGTTTGACTCAGCCCAGGGCAACCCCAATGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103765 CTGCATCCAGATGTGGTTTGACTCAGCCCAGGGCAACCCCAATGAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGCCAAGTTCTATGCTGCGGCCATGAATGCTGGGGCCCCGTCTCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103815 TGGCCAAGTTCTATGCTGCGGCCATGAATGCTGGGGCCCCGTCTCGTGGG

    750     .    :
    724 ATTATTGATTCC
        ||||||||||||
 103865 ATTATTGATTCC