seq1 = pF1KB7329.tfa, 2700 bp
seq2 = pF1KB7329/gi568815594r_1972117.tfa (gi568815594r:1972117_2329231), 357115 bp

>pF1KB7329 2700
>gi568815594r:1972117_2329231 (Chr4)

(complement)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-213  (116106-116185)   100% ->
214-714  (120745-121245)   100% ->
715-908  (130515-130708)   100% ->
909-1021  (135916-136028)   100% ->
1022-1179  (149767-149924)   100% ->
1180-1248  (152898-152966)   100% ->
1249-1309  (154481-154541)   100% ->
1310-1374  (155213-155277)   100% ->
1375-1458  (158051-158134)   100% ->
1459-1554  (158458-158553)   100% ->
1555-1611  (170021-170077)   100% ->
1612-1665  (171321-171374)   100% ->
1666-1731  (172379-172444)   100% ->
1732-1789  (197942-197999)   100% ->
1790-1867  (199976-200053)   100% ->
1868-1982  (201005-201119)   100% ->
1983-2065  (233299-233381)   100% ->
2066-2197  (243488-243619)   100% ->
2198-2308  (247489-247599)   100% ->
2309-2387  (248196-248274)   100% ->
2388-2455  (253713-253780)   100% ->
2456-2517  (256203-256264)   100% ->
2518-2700  (256933-257115)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAATTATGAGGCATTGGTAGGCTTTGATCTCTGTAATACACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAATTATGAGGCATTGGTAGGCTTTGATCTCTGTAATACACCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAGTGTTGCTCAGAAGATTATGTCTGCTATGCATTCAGGTGATTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCAGTGTTGCTCAGAAGATTATGTCTGCTATGCATTCAGGTGATTTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGATTCTAAGACTTGGGGAAAGAGTACAGAGA         CTATGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 TGGATTCTAAGACTTGGGGAAAGAGTACAGAGAGTA...AAGCTATGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGATAAACAAGTCCAGTGTTAAGTATTCAGTACAACTTGAAGACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116114 GTGATAAACAAGTCCAGTGTTAAGTATTCAGTACAACTTGAAGACAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTCAATCACCAGAAAAAAAG         GATCTTAAATCTTTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116164 GACTCAATCACCAGAAAAAAAGGTA...TAGGATCTTAAATCTTTAAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCAGACATCAAGAGGTTCTGCCAAGCTGTCTCCTCAGTCCTTCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120764 GTCAGACATCAAGAGGTTCTGCCAAGCTGTCTCCTCAGTCCTTCAGTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGCTCACAGATCAGCTGTCTGCTGACCAAAAACAGAAGAGCATCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120814 AGGCTCACAGATCAGCTGTCTGCTGACCAAAAACAGAAGAGCATCAGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTGACTCTTTCAAGTTGTTTAATTCCACAGTATAATCAAGAGGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120864 ATTGACTCTTTCAAGTTGTTTAATTCCACAGTATAATCAAGAGGCTTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCTACAGAAAAAGGGGCATAAAAGAAAGCATTTCCTAATGGAGAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120914 TTCTACAGAAAAAGGGGCATAAAAGAAAGCATTTCCTAATGGAGAATATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATAATGAAAATAAAGGAAGCATTAATCTTAAAAGAAAACATATTACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120964 AATAATGAAAATAAAGGAAGCATTAATCTTAAAAGAAAACATATTACATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAATAATTTGTCAGAGAAAACAAGTAAACAAATGGCATTGGAAGAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121014 TAATAATTTGTCAGAGAAAACAAGTAAACAAATGGCATTGGAAGAAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGATGACGCCGAAGGCTACCTAAATTCTGGGAACTCAGGAGCATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121064 CTGATGACGCCGAAGGCTACCTAAATTCTGGGAACTCAGGAGCATTGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAACATTTTTGTGATATTAGGCATTTGGATGATTGGGCAAAAAGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121114 AAACATTTTTGTGATATTAGGCATTTGGATGATTGGGCAAAAAGCCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GATTGAAATGCTCAAACAGGCAGCAGCCCTGGTGATAACTGTGATGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121164 GATTGAAATGCTCAAACAGGCAGCAGCCCTGGTGATAACTGTGATGTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGATGGTTCCACCCAGCTAGGAGCTGACCAG         ACCCCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121214 CTGATGGTTCCACCCAGCTAGGAGCTGACCAGGTT...CAGACCCCCGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTTCTGTTAGAGGAATTGTGGTGTTAGTAAAACGCCAAGCAGAGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130524 TCTTCTGTTAGAGGAATTGTGGTGTTAGTAAAACGCCAAGCAGAGGGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCATGGCTGTCCAGATGCCCCGGCCTGTGGTCCTGTTCTGGAGGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130574 CCATGGCTGTCCAGATGCCCCGGCCTGTGGTCCTGTTCTGGAGGGCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGTCAGATGATCCATGCATCTACATTCAAATAGAGCACTCTGCTATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130624 TGTCAGATGATCCATGCATCTACATTCAAATAGAGCACTCTGCTATCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACCAAGAACAGGAGGCACATCAACAATTTGCCCG         GAACGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130674 GACCAAGAACAGGAGGCACATCAACAATTTGCCCGGTA...TAGGAACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTATTTCAAACAATGAAATGTAAATGTCCTGTTATTTGTTTTAATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135922 GCTATTTCAAACAATGAAATGTAAATGTCCTGTTATTTGTTTTAATGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGATTTTGTGAGAATAGTGCTGCAGTTTTTTGGCAATGATGGCAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135972 AGGATTTTGTGAGAATAGTGCTGCAGTTTTTTGGCAATGATGGCAGTTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAGCATG         TTGCTGATTTTATAGGGCTAGATCCCAGAATTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136022 AAGCATGGTA...CAGTTGCTGATTTTATAGGGCTAGATCCCAGAATTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGCATGGCTTATAGATCCTAGTGATGCCACACCCTCTTTTGAAGATTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149801 TGCATGGCTTATAGATCCTAGTGATGCCACACCCTCTTTTGAAGATTTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TAGAAAAATACTGTGAAAAATCCATTACAGTTAAAGTGAACAGCACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149851 TAGAAAAATACTGTGAAAAATCCATTACAGTTAAAGTGAACAGCACATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GGAAATTCCTCAAGAAATATTGTG         AATCAGAATGTACGTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 149901 GGAAATTCCTCAAGAAATATTGTGGTG...AAGAATCAGAATGTACGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAACCTGAAGACACTCTACAGACTTACAATGGACCTTTGCTCTAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152915 GAACCTGAAGACACTCTACAGACTTACAATGGACCTTTGCTCTAAACTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AG         GATTATGGTTTATGGCAACTATTTCGTACTTTGGAGCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152965 AGGCA...CAGGATTATGGTTTATGGCAACTATTTCGTACTTTGGAGCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CCTCTGATACCAATTTTGGCAG         TGATGGAAAGCCATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 154520 CCTCTGATACCAATTTTGGCAGGTA...CAGTGATGGAAAGCCATGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TCAGGTGAACAAAGAGGAGATGGAGAAGACGTCAGCACTTCTTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 155232 TCAGGTGAACAAAGAGGAGATGGAGAAGACGTCAGCACTTCTTGGGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375      GCTCGTCTCAAGGAATTGGAGCAAGAAGCTCATTTTGTTGCAGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155282 ..CAGGCTCGTCTCAAGGAATTGGAGCAAGAAGCTCATTTTGTTGCAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAACGGTTTCTTATAACGAGCAATAACCAGCTTCGAGAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 158096 GAACGGTTTCTTATAACGAGCAATAACCAGCTTCGAGAGGTA...AAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCTCTTTGGCAAGTTAAAGCTGCACCTGCTGAGTCAAAGGAACAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158460 CCTCTTTGGCAAGTTAAAGCTGCACCTGCTGAGTCAAAGGAACAGTCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCAGAACGGGGTTGCAGAAATACCCGTCTACATCAGAAGCAGTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 158510 CCAGAACGGGGTTGCAGAAATACCCGTCTACATCAGAAGCAGTGGTA...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1555    TTAAATGCTCTGCGAGACCTTCATCCATTACCCAAGATAATTTTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170018 TAGTTAAATGCTCTGCGAGACCTTCATCCATTACCCAAGATAATTTTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ATACAGGCAG         GTTCACAAGATCAAGTCAACCTTTGTAGATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 170068 ATACAGGCAGGTA...TAGGTTCACAAGATCAAGTCAACCTTTGTAGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GATTACTAGCTTGCATGAAAAAG         GGCTCCATTTCCTCTACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 171352 GATTACTAGCTTGCATGAAAAAGGTA...AAGGGCTCCATTTCCTCTACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TGGAATCAGACTGGAACTGTGACTGGAAGACTTTCAGCCAAGCATCCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 172397 TGGAATCAGACTGGAACTGTGACTGGAAGACTTTCAGCCAAGCATCCTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1732        AATATCCAAGGTATCTCCAAGCACCCAATTCAGATTACTACAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172447 A...CAGAATATCCAAGGTATCTCCAAGCACCCAATTCAGATTACTACAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CTAAGAATTTTAAAG         GTAAAGAAGACAAGATTCTCACGATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 197985 CTAAGAATTTTAAAGGTA...CAGGTAAAGAAGACAAGATTCTCACGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TCCCCGAGGGCCATGTTTGTTTCATCCAAAGGCCACACCTTTCTAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200002 TCCCCGAGGGCCATGTTTGTTTCATCCAAAGGCCACACCTTTCTAGCAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AG         ACTTTTCACAGATTGAATTGCGCATTCTTACACATTTAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200052 AGGTA...CAGACTTTTCACAGATTGAATTGCGCATTCTTACACATTTAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CTGGAGATCCGGAACTTCTGAAGTTATTCCAGGAATCTGAAAGAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201044 CTGGAGATCCGGAACTTCTGAAGTTATTCCAGGAATCTGAAAGAGATGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GTATTTTCTACTCTGACTTCACAGTG         GAAGGATGTGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 201094 GTATTTTCTACTCTGACTTCACAGTGGTA...CAGGAAGGATGTGCCCGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GGAACAGGTGACACACGCAGACAGAGAGCAAACCAAGAAGGTGGTGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233314 GGAACAGGTGACACACGCAGACAGAGAGCAAACCAAGAAGGTGGTGTACG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CGGTGGTCTATGGAGCAG         GGAAGGAGCGGCTGGCTGCTTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 233364 CGGTGGTCTATGGAGCAGGTA...CAGGGAAGGAGCGGCTGGCTGCTTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 CTTGGAGTTCCTATTCAGGAAGCTGCCCAGTTTTTGGAGAGTTTTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243511 CTTGGAGTTCCTATTCAGGAAGCTGCCCAGTTTTTGGAGAGTTTTTTGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 GAAGTACAAGAAAATCAAGGACTTCGCCCGAGCAGCTATTGCCCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243561 GAAGTACAAGAAAATCAAGGACTTCGCCCGAGCAGCTATTGCCCAGTGTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 ACCAGACAG         GCTGTGTGGTGTCCATCATGGGCAGAAGGAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 243611 ACCAGACAGGTG...CAGGCTGTGTGGTGTCCATCATGGGCAGAAGGAGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 CCCCTGCCAAGGATTCACGCTCATGACCAGCAACTCCGGGCACAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247521 CCCCTGCCAAGGATTCACGCTCATGACCAGCAACTCCGGGCACAAGCAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GCGACAGGCAGTGAACTTCGTGGTGCAAG         GCTCCGCTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 247571 GCGACAGGCAGTGAACTTCGTGGTGCAAGGTA...TAGGCTCCGCTGCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 ACCTCTGCAAGCTGGCCATGATCCATGTCTTCACTGCAGTGGCTGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248208 ACCTCTGCAAGCTGGCCATGATCCATGTCTTCACTGCAGTGGCTGCTTCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 CACACCTTGACGGCCAG         GCTGGTGGCCCAGATCCATGATGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 248258 CACACCTTGACGGCCAGGTC...CAGGCTGGTGGCCCAGATCCATGATGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 GCTGCTGTTTGAAGTGGAAGATCCGCAGATCCCGGAGTGTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 253737 GCTGCTGTTTGAAGTGGAAGATCCGCAGATCCCGGAGTGTGCAGGTA...

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2456    CTCTCGTCAGGAGGACCATGGAGTCCTTGGAACAGGTGCAGGCATTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256200 TAGCTCTCGTCAGGAGGACCATGGAGTCCTTGGAACAGGTGCAGGCATTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 GAGCTGCAGCTTCAG         GTACCCCTCAAGGTGAGCCTGAGTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 256250 GAGCTGCAGCTTCAGGTG...CAGGTACCCCTCAAGGTGAGCCTGAGTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2544 CGGCCGCTCATGGGGACACCTGGTGCCACTGCAGGAGGCCTGGGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256959 CGGCCGCTCATGGGGACACCTGGTGCCACTGCAGGAGGCCTGGGGCCCTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 CGCCAGGCCCATGTCGCACTGAGTCTCCCAGCAACAGCCTGGCTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257009 CGCCAGGCCCATGTCGCACTGAGTCTCCCAGCAACAGCCTGGCTGCCCCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 GGGTCCCCTGCCAGCACCCAGCCCCCACCCCTGCATTTTTCGCCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257059 GGGTCCCCTGCCAGCACCCAGCCCCCACCCCTGCATTTTTCGCCTTCATT

   2900     .
   2694 TTGTCTG
        |||||||
 257109 TTGTCTG