seq1 = pF1KB7294.tfa, 2307 bp
seq2 = pF1KB7294/gi568815581f_44659200.tfa (gi568815581f:44659200_44878242), 219043 bp

>pF1KB7294 2307
>gi568815581f:44659200_44878242 (Chr17)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-237  (100523-100698)   100% ->
238-314  (110519-110595)   100% ->
315-381  (110783-110849)   100% ->
382-467  (112385-112470)   100% ->
468-543  (112557-112632)   100% ->
544-610  (113068-113134)   100% ->
611-678  (113200-113267)   100% ->
679-753  (113658-113732)   100% ->
754-825  (113815-113886)   100% ->
826-992  (114062-114228)   100% ->
993-1077  (115096-115180)   100% ->
1078-1168  (115293-115383)   100% ->
1169-1220  (115499-115550)   100% ->
1221-1320  (116013-116112)   100% ->
1321-1392  (116195-116266)   100% ->
1393-1485  (116385-116477)   100% ->
1486-1566  (116928-117008)   100% ->
1567-1617  (117546-117596)   100% ->
1618-1681  (117700-117763)   100% ->
1682-1781  (117967-118066)   100% ->
1782-1901  (118283-118402)   100% ->
1902-2070  (118496-118664)   100% ->
2071-2185  (118753-118867)   100% ->
2186-2276  (118953-119043)   100% ->
2277-2299  (120023-120045)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCTGCTGCGGCGCTGGGCGTTCGCGGCTCTGCTGCTGTCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCTGCTGCGGCGCTGGGCGTTCGCGGCTCTGCTGCTGTCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCACGCCCG         GTCTTGGGACCCAAGGTCCTGCTGGAGCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCACGCCCGGTG...CAGGTCTTGGGACCCAAGGTCCTGCTGGAGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCGATGGGGGGGCTTACCCCAGCTGGGAGGCCCAGGAGCCCCTGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100553 TGCGATGGGGGGGCTTACCCCAGCTGGGAGGCCCAGGAGCCCCTGAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGGAACCCAGCCGTCTGGTTAGGGAGAGCTCCGGGGGAGAGGTCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100603 ACGGAACCCAGCCGTCTGGTTAGGGAGAGCTCCGGGGGAGAGGTCCGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCAGCTGGACACAAGGGTCCGCCAGGAGCCACCAGGGGGCCCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100653 GCAGCAGCTGGACACAAGGGTCCGCCAGGAGCCACCAGGGGGCCCGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      CCTGTCCATCTGGCCCAGGTGAGTTTCGTCATCCCAGCCTTCAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 ..CAGCCTGTCCATCTGGCCCAGGTGAGTTTCGTCATCCCAGCCTTCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAAACTTCACCCTGGACCTGGAGCTGAACCA         CCACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110564 TCAAACTTCACCCTGGACCTGGAGCTGAACCAGTG...CAGCCACCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCCTCGCAATACGTGGAGCGCCACTTCAGCCGGGAGGGGACAACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110792 CTCCTCGCAATACGTGGAGCGCCACTTCAGCCGGGAGGGGACAACCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGCACC         GGGGCTGGAGACCACTGCTACTACCAGGGGAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110842 ACAGCACCGTG...CAGGGGGCTGGAGACCACTGCTACTACCAGGGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCCGGGGGAACCCGCACTCCTTCGCCGCCCTCTCCACCTGCCAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112418 CTCCGGGGGAACCCGCACTCCTTCGCCGCCCTCTCCACCTGCCAGGGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCA         TGGGGTCTTCTCTGATGGGAACTTGACTTACATCGTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112468 GCAGTG...CAGTGGGGTCTTCTCTGATGGGAACTTGACTTACATCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCCCCAAGAGGTGGCTGGACCTTGGGGAGCCCCTCAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112595 AGCCCCAAGAGGTGGCTGGACCTTGGGGAGCCCCTCAGGTA...CAGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCCTTCCCCACCTCATTTACCGGACCCCTCTCCTCCCAGATCCCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113071 CCCCTTCCCCACCTCATTTACCGGACCCCTCTCCTCCCAGATCCCCTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATGCAGGGAACCAG         GCTGCCTGTTTGCTGTGCCTGCCCAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113121 ATGCAGGGAACCAGGTA...CAGGCTGCCTGTTTGCTGTGCCTGCCCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CGGCTCCTCCAAACCGGCCGAGGCTGAGAAGGAAAAGGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113227 CGGCTCCTCCAAACCGGCCGAGGCTGAGAAGGAAAAGGCAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTCCGCCGGGGCCACCCTACAGTGCACAGTGAAACCAAGTATGTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113658 GTCCGCCGGGGCCACCCTACAGTGCACAGTGAAACCAAGTATGTGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AATTGTGATCAACGACCACCAGCTG         TTCGAGCAGATGCGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113708 AATTGTGATCAACGACCACCAGCTGGTG...CAGTTCGAGCAGATGCGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGTCGGTGGTCCTCACCAGCAACTTTGCCAAGTCCGTGGTGAACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113831 AGTCGGTGGTCCTCACCAGCAACTTTGCCAAGTCCGTGGTGAACCTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GATGTG         ATATACAAGGAGCAGCTCAACACTCGCATCGTCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113881 GATGTGGTA...CAGATATACAAGGAGCAGCTCAACACTCGCATCGTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GGTTGCCATGGAAACATGGGCAGATGGGGACAAGATCCAGGTGCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114097 GGTTGCCATGGAAACATGGGCAGATGGGGACAAGATCCAGGTGCAGGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ACCTCCTGGAGACCCTGGCCCGGCTCATGGTCTACCGACGGGAGGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114147 ACCTCCTGGAGACCCTGGCCCGGCTCATGGTCTACCGACGGGAGGGTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCTGAGCCCAGTGATGCCACCCACCTCTTCTC         GGGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114197 CCTGAGCCCAGTGATGCCACCCACCTCTTCTCGTG...CAGGGGCAGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTTCCAGAGCACGAGCAGCGGGGCAGCCTACGTGGGGGGCATATGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115105 CTTCCAGAGCACGAGCAGCGGGGCAGCCTACGTGGGGGGCATATGCTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGTCCCACGGCGGGGGTGTGAACGAG         TACGGCAACATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115155 TGTCCCACGGCGGGGGTGTGAACGAGGTG...CAGTACGGCAACATGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GCGATGGCCGTGACCCTTGCCCAGACGCTGGGACAGAACCTGGGCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115308 GCGATGGCCGTGACCCTTGCCCAGACGCTGGGACAGAACCTGGGCATGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GTGGAACAAACACCGGAGCTCGGCAG         GGGACTGCAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115358 GTGGAACAAACACCGGAGCTCGGCAGGTA...CAGGGGACTGCAAGTGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 CAGACATCTGGCTGGGCTGCATCATGGAGGACACTGG         GTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115514 CAGACATCTGGCTGGGCTGCATCATGGAGGACACTGGGTG...CAGGTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 TACCTGCCCCGCAAGTTCTCGCGCTGTAGCATCGACGAGTACAACCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116017 TACCTGCCCCGCAAGTTCTCGCGCTGTAGCATCGACGAGTACAACCAGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TCTGCAGGAGGGTGGTGGCAGCTGCCTCTTCAACAAGCCCCTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116067 TCTGCAGGAGGGTGGTGGCAGCTGCCTCTTCAACAAGCCCCTCAAGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1321      CTCCTGGACCCCCCAGAGTGCGGGAACGGCTTCGTGGAGGCAGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116117 ..CAGCTCCTGGACCCCCCAGAGTGCGGGAACGGCTTCGTGGAGGCAGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GAGGAGTGCGACTGCGGCTCGGTGCAG         GAGTGCAGCCGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116240 GAGGAGTGCGACTGCGGCTCGGTGCAGGTG...CAGGAGTGCAGCCGCGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 AGGTGGCAACTGCTGCAAGAAATGCACCCTGACTCACGACGCCATGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116399 AGGTGGCAACTGCTGCAAGAAATGCACCCTGACTCACGACGCCATGTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 GCGACGGGCTCTGCTGTCGCCGCTGCAAG         TACGAACCACGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116449 GCGACGGGCTCTGCTGTCGCCGCTGCAAGGTA...TAGTACGAACCACGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 GGTGTGTCCTGCCGAGAGGCCGTGAACGAGTGCGACATCGCGGAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116940 GGTGTGTCCTGCCGAGAGGCCGTGAACGAGTGCGACATCGCGGAGACCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 CACCGGGGACTCTAGCCAG         TGCCCGCCTAACCTGCACAAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116990 CACCGGGGACTCTAGCCAGGTC...CAGTGCCCGCCTAACCTGCACAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TGGACGGTTACTACTGTGACCATGAGCAG         GGCCGCTGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117568 TGGACGGTTACTACTGTGACCATGAGCAGGTA...CAGGGCCGCTGCTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630 GGAGGTCGCTGCAAAACCCGGGACCGGCAGTGCCAGGTTCTTTGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117712 GGAGGTCGCTGCAAAACCCGGGACCGGCAGTGCCAGGTTCTTTGGGGCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1680 TG         CGGCTGCTGATCGCTTCTGCTACGAGAAGCTGAATGTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117762 TGGTG...CAGCGGCTGCTGATCGCTTCTGCTACGAGAAGCTGAATGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1721 AGGGGACGGAGCGTGGGAGCTGTGGGCGCAAGGGATCTGGCTGGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118006 AGGGGACGGAGCGTGGGAGCTGTGGGCGCAAGGGATCTGGCTGGGTCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1771 TGCAGTAAGCA         GGACGTGCTGTGTGGCTTCCTCCTCTGTGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118056 TGCAGTAAGCAGTG...CAGGGACGTGCTGTGTGGCTTCCTCCTCTGTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1812 CAACATCTCTGGAGCTCCTCGGCTAGGGGACCTGGTGGGAGACATCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118313 CAACATCTCTGGAGCTCCTCGGCTAGGGGACCTGGTGGGAGACATCAGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1862 GTGTCACCTTCTACCACCAGGGCAAGGAGCTGGACTGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118363 GTGTCACCTTCTACCACCAGGGCAAGGAGCTGGACTGCAGGTG...CAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1903 GGAGGCCACGTGCAGCTGGCGGACGGCTCTGACCTGAGCTATGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118497 GGAGGCCACGTGCAGCTGGCGGACGGCTCTGACCTGAGCTATGTGGAGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1953 TGGCACAGCCTGCGGGCCTAACATGTTGTGCCTGGACCATCGCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118547 TGGCACAGCCTGCGGGCCTAACATGTTGTGCCTGGACCATCGCTGCCTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2003 CAGCTTCTGCCTTCAACTTCAGCACCTGCCCCGGCAGTGGGGAGCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118597 CAGCTTCTGCCTTCAACTTCAGCACCTGCCCCGGCAGTGGGGAGCGCCGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2053 ATTTGCTCCCACCACGGG         GTCTGCAGCAATGAAGGGAAGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118647 ATTTGCTCCCACCACGGGGTG...TAGGTCTGCAGCAATGAAGGGAAGTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2094 CATCTGTCAGCCAGACTGGACAGGCAAAGACTGCAGTATCCATAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118776 CATCTGTCAGCCAGACTGGACAGGCAAAGACTGCAGTATCCATAACCCCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2144 TGCCCACGTCCCCACCCACGGGGGAGACGGAGAGATATAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118826 TGCCCACGTCCCCACCCACGGGGGAGACGGAGAGATATAAAGGTG...CA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2186  GTCCCAGCGGCACCAACATCATCATTGGCTCCATTGCTGGGGCTGTCCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118952 GGTCCCAGCGGCACCAACATCATCATTGGCTCCATTGCTGGGGCTGTCCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2235 GGTTGCAGCCATCGTCCTGGGCGGCACGGGCTGGGGATTTAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119002 GGTTGCAGCCATCGTCCTGGGCGGCACGGGCTGGGGATTTAAGTA...CA

   2500     .    :    .    :
   2277  AAACATTCGCCGAGGAAGGTCCG
        >|||||||||||||||||||| ||
 120022 GAAACATTCGCCGAGGAAGGTACG