seq1 = pF1KB7289.tfa, 2964 bp
seq2 = pF1KB7289/gi568815591f_143216213.tfa (gi568815591f:143216213_143451962), 235750 bp

>pF1KB7289 2964
>gi568815591f:143216213_143451962 (Chr7)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-301  (103543-103663)   100% ->
302-433  (104452-104583)   100% ->
434-562  (105153-105281)   100% ->
563-696  (105503-105636)   100% ->
697-774  (107097-107174)   100% ->
775-856  (108202-108284)   97% ->
857-979  (114563-114685)   100% ->
980-1064  (115020-115104)   100% ->
1065-1166  (115339-115440)   100% ->
1167-1251  (116207-116291)   100% ->
1252-1401  (116512-116661)   100% ->
1402-1471  (123041-123110)   100% ->
1472-1582  (123299-123409)   100% ->
1583-1796  (125717-125930)   100% ->
1797-1930  (126160-126293)   100% ->
1931-2172  (129309-129550)   100% ->
2173-2284  (129928-130039)   100% ->
2285-2364  (130367-130446)   100% ->
2365-2403  (130699-130737)   100% ->
2404-2508  (134160-134264)   100% ->
2509-2595  (134356-134442)   100% ->
2596-2964  (135382-135750)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAATCCCGGTCACAGCAGCGTGGGGGTGAACAAAGCTGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCAATCCCGGTCACAGCAGCGTGGGGGTGAACAAAGCTGGTGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGTGACCCCCAGTACCAGTATATGCCCTTTGAACACTGCACCAGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGTGACCCCCAGTACCAGTATATGCCCTTTGAACACTGCACCAGCTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACTGCCCTCTGAGAATGGGGGCCTCCAGCACAGGCTCCGGAAGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACTGCCCTCTGAGAATGGGGGCCTCCAGCACAGGCTCCGGAAGGATGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCCCCGCCACAACGTCCACCCCACACAG         ATTTATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 GGCCCCCGCCACAACGTCCACCCCACACAGGTA...CAGATTTATGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCACAAAGAACAATTCTCAGACAGGGAGCAGGACATAGGGATGCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103554 TCACAAAGAACAATTCTCAGACAGGGAGCAGGACATAGGGATGCCCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACAGGCTCCAGTTCTACCGTGGACAGCAAGGATGAGGATCACTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103604 AGACAGGCTCCAGTTCTACCGTGGACAGCAAGGATGAGGATCACTATTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAATGTCAAG         ATTGTATCCACCGCCTGGGACAGGTGGTGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103654 AAATGTCAAGGTG...TAGATTGTATCCACCGCCTGGGACAGGTGGTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGAAAATTAGGGGAAGACGGGATCTTTCTGGTGCTTCTGGGACTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104483 AAGAAAATTAGGGGAAGACGGGATCTTTCTGGTGCTTCTGGGACTGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGCTCTGGTCAGCTGGAGCATGGACTACGTCAGTGCCAAAAGCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104533 TGGCTCTGGTCAGCTGGAGCATGGACTACGTCAGTGCCAAAAGCCTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 G         CCTACAAGTGGTCCTACGCGCAGATGCAGCCCAGCCTTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104583 GGTA...CAGCCTACAAGTGGTCCTACGCGCAGATGCAGCCCAGCCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGCAGTTCCTGGTCTGGGTCACCTTCCCACTAGTCCTCATCCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105193 TCTGCAGTTCCTGGTCTGGGTCACCTTCCCACTAGTCCTCATCCTCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGCCCTCTTCTGCCACCTCATCTCTCCCCAGGCTGTTG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105243 GCGCCCTCTTCTGCCACCTCATCTCTCCCCAGGCTGTTGGTG...TAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTGGAATCCCCGAAATGAAGACAATACTTCGTGGGGTTGTCCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105505 TCTGGAATCCCCGAAATGAAGACAATACTTCGTGGGGTTGTCCTGAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATACCTCACAATGAAAGCCTTTGTGGCCAAGGTTGTCGCCCTGACTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105555 ATACCTCACAATGAAAGCCTTTGTGGCCAAGGTTGTCGCCCTGACTGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCTGGGCAGTGGCATCCCCGTGGGGAAAGAG         GGCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105605 GCCTGGGCAGTGGCATCCCCGTGGGGAAAGAGGTA...CAGGGCCCCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCCACATTGCCAGCATCTGTGCTGCTGTCCTCAGCAAATTCATGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107106 GTCCACATTGCCAGCATCTGTGCTGCTGTCCTCAGCAAATTCATGTCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTCTGCGGGGTATATGAG         CAGCCATACTACTACTCTGATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107156 GTTCTGCGGGGTATATGAGGTA...TAGCAGCCATACTACTACTCTGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCTGACGGTGGGCTGTGCTGTGGGAGTCGGCTGTTGTTTTGGGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108224 TCCTGACGGTGGGCTGTGCTGTGGGAGTCGGCTGTTGTTTTGGGACACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTGGAGG AG         TGCTATTTAGCATCGAGGTCACCTCCACCT
        ||||||||-| >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108274 CTTGGAGGCAAGTG...GAGTGCTATTTAGCATCGAGGTCACCTCCACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 ACTTTGCTGTTCGGAACTACTGGAGAGGATTCTTTGCAGCCACGTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114593 ACTTTGCTGTTCGGAACTACTGGAGAGGATTCTTTGCAGCCACGTTCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 GCCTTTGTGTTTCGAGTGCTGGCAGTGTGGAACAAGGATGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114643 GCCTTTGTGTTTCGAGTGCTGGCAGTGTGGAACAAGGATGCTGGTA...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    980   TCACCATCACTGCTCTGTTCAGAACCAATTTCCGAATGGATTTCCCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115018 AGTCACCATCACTGCTCTGTTCAGAACCAATTTCCGAATGGATTTCCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 TTGACCTGAAGGAACTACCAGCTTTTGCTGCCATCGG         GATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115068 TTGACCTGAAGGAACTACCAGCTTTTGCTGCCATCGGGTC...CAGGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069 TGCTGTGGGCTCCTGGGAGCTGTATTTGTGTATCTGCATCGCCAAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115343 TGCTGTGGGCTCCTGGGAGCTGTATTTGTGTATCTGCATCGCCAAGTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 GCTCGGTGTCCGAAAGCACAAGGCCCTCAGCCAGTTTCTTGCTAAGCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115393 GCTCGGTGTCCGAAAGCACAAGGCCCTCAGCCAGTTTCTTGCTAAGCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1167        CCGCCTGCTGTATCCTGGAATTGTTACCTTTGTCATTGCCTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115443 G...CAGCCGCCTGCTGTATCCTGGAATTGTTACCTTTGTCATTGCCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 TTCACCTTCCCACCAGGAATGGGTCAATTCATGGCTGGAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116250 TTCACCTTCCCACCAGGAATGGGTCAATTCATGGCTGGAGAGGTC...CA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252  TTGATGCCCCGCGAAGCCATCAGTACTTTGTTTGACAACAATACATGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116511 GTTGATGCCCCGCGAAGCCATCAGTACTTTGTTTGACAACAATACATGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGAAACACGCGGGTGATCCTGAGAGCCTGGGCCAGTCAGCTGTGTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116561 TGAAACACGCGGGTGATCCTGAGAGCCTGGGCCAGTCAGCTGTGTGGATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CACCCCCGGGTCAACGTTGTCATCATCATCTTTCTCTTCTTCGTCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116611 CACCCCCGGGTCAACGTTGTCATCATCATCTTTCTCTTCTTCGTCATGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 G         TTCTGGATGTCCATCGTGGCCACCACTATGCCCATACCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116661 GGTA...CAGTTCTGGATGTCCATCGTGGCCACCACTATGCCCATACCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GCGGAGGCTTCATGCCTGTGTTTGTGCTAG         GAGCTGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123081 GCGGAGGCTTCATGCCTGTGTTTGTGCTAGGTA...TAGGAGCTGCATTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GGAAGGCTGGTAGGAGAAATCATGGCCATGCTCTTTCCTGATGGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123310 GGAAGGCTGGTAGGAGAAATCATGGCCATGCTCTTTCCTGATGGTATTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GTTTGATGACATCATCTACAAGATCCTACCTGGGGGCTATGCAGTAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123360 GTTTGATGACATCATCTACAAGATCCTACCTGGGGGCTATGCAGTAATTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583          GAGCAGCAGCGCTGACTGGTGCCGTTTCCCACACAGTCTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123410 GTG...TAGGAGCAGCAGCGCTGACTGGTGCCGTTTCCCACACAGTCTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 ACAGCTGTGATTTGCTTCGAATTAACGGGTCAGATTGCTCACATCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125758 ACAGCTGTGATTTGCTTCGAATTAACGGGTCAGATTGCTCACATCCTGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CATGATGGTGGCTGTTATCTTGGCCAACATGGTGGCCCAGAGCCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125808 CATGATGGTGGCTGTTATCTTGGCCAACATGGTGGCCCAGAGCCTGCAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 CCTCTCTCTATGACAGCATCATCCAGGTCAAGAAGCTACCCTACTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125858 CCTCTCTCTATGACAGCATCATCCAGGTCAAGAAGCTACCCTACTTGCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GACCTTGGCTGGAACCAGCTCAG         CAAATATACCATCTTTGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125908 GACCTTGGCTGGAACCAGCTCAGGTC...TAGCAAATATACCATCTTTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 TGAGGACATCATGGTACGTGATGTGAAGTTTGTTTCAGCTTCTTACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126178 TGAGGACATCATGGTACGTGATGTGAAGTTTGTTTCAGCTTCTTACACAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 ATGGGGAGTTGCGAACCCTGCTCCAGACCACCACAGTCAAGACTTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126228 ATGGGGAGTTGCGAACCCTGCTCCAGACCACCACAGTCAAGACTTTACCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 CTGGTTGACTCAAAAG         ATTCAATGATCCTGCTGGGCTCGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126278 CTGGTTGACTCAAAAGGTC...CAGATTCAATGATCCTGCTGGGCTCGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GGAGCGGTCGGAACTGCAGGCCCTCCTGCAGCGCCACCTGTGTCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129334 GGAGCGGTCGGAACTGCAGGCCCTCCTGCAGCGCCACCTGTGTCCTGAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 GCAGGCTGCGCGCAGCCCAAGAGATGGCGCGGAAGTTGTCGGAGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129384 GCAGGCTGCGCGCAGCCCAAGAGATGGCGCGGAAGTTGTCGGAGCTGCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 TACGACGGGAAGGCGCGGCTGGCTGGGGAGGGGCTCCCCGGCGCGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129434 TACGACGGGAAGGCGCGGCTGGCTGGGGAGGGGCTCCCCGGCGCGCCTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 AGGCCGGCCCGAGTCCTTCGCCTTTGTGGATGAGGATGAGGACGAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129484 AGGCCGGCCCGAGTCCTTCGCCTTTGTGGATGAGGATGAGGACGAAGACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 TCTCTGGCAAGAGCGAG         CTTCCTCCTTCCCTTGCTCTCCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129534 TCTCTGGCAAGAGCGAGGTG...CAGCTTCCTCCTTCCCTTGCTCTCCAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 CCCTCTACTACTGCCCCTCTGTCCCCAGAAGAGCCCAATGGGCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129952 CCCTCTACTACTGCCCCTCTGTCCCCAGAAGAGCCCAATGGGCCTCTGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 TGGCCACAAACAGCAGCCGGAAGCACCAGAGCCTGCAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 130002 TGGCCACAAACAGCAGCCGGAAGCACCAGAGCCTGCAGGTG...CAGGTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 AAAGACCCTCCATCTTCCAGTCCCTGCTTCACTGCTTGCTGGGCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130370 AAAGACCCTCCATCTTCCAGTCCCTGCTTCACTGCTTGCTGGGCAGAGCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 CGCCCCACAAAGAAGAAAACAACCCAG         GATTCCACAGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 130420 CGCCCCACAAAGAAGAAAACAACCCAGGTG...TAGGATTCCACAGATTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 AGTGGATAACATGTCACCTGAAGAG         ATTGAGGCCTGGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 130713 AGTGGATAACATGTCACCTGAAGAGGTG...CAGATTGAGGCCTGGGAGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 AGGAGCAGCTGAGCCAGCCTGTCTGTTTTGATTCCTGCTGTATTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134176 AGGAGCAGCTGAGCCAGCCTGTCTGTTTTGATTCCTGCTGTATTGACCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 TCTCCCTTCCAGCTGGTGGAGCAGACAACCCTGCACAAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 134226 TCTCCCTTCCAGCTGGTGGAGCAGACAACCCTGCACAAGGTG...CAGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2511 TCATACCCTGTTTTCACTCCTTGGCCTCCACCTCGCTTACGTGACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134358 TCATACCCTGTTTTCACTCCTTGGCCTCCACCTCGCTTACGTGACCAGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2561 TGGGGAAGCTCAGGGGCGTCCTGGCCCTGGAGGAG         CTACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134408 TGGGGAAGCTCAGGGGCGTCCTGGCCCTGGAGGAGGTA...CAGCTACAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2602 AAGGCCATTGAGGGGCACACCAAGTCTGGGGTGCAGCTCCGCCCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135388 AAGGCCATTGAGGGGCACACCAAGTCTGGGGTGCAGCTCCGCCCTCCCCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2652 TGCCAGCTTCCGGAACACGACTTCAACTCGAAAGAGTACCGGGGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135438 TGCCAGCTTCCGGAACACGACTTCAACTCGAAAGAGTACCGGGGCACCTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2702 CATCTTCTGCAGAGAACTGGAACCTGCCTGAGGACAGGCCTGGGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135488 CATCTTCTGCAGAGAACTGGAACCTGCCTGAGGACAGGCCTGGGGCCACT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2752 GGAACAGGGGATGTGATTGCTGCCTCCCCAGAGACCCCTGTGCCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135538 GGAACAGGGGATGTGATTGCTGCCTCCCCAGAGACCCCTGTGCCATCTCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2802 TTCCCCAGAGCCCCCTCTCTCCCTGGCCCCAGGCAAGGTAGAGGGCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135588 TTCCCCAGAGCCCCCTCTCTCCCTGGCCCCAGGCAAGGTAGAGGGCGAGT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2852 TGGAGGAGCTGGAGCTGGTGGAGAGTCCAGGGCTGGAAGAGGAGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135638 TGGAGGAGCTGGAGCTGGTGGAGAGTCCAGGGCTGGAAGAGGAGCTGGCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2902 GACATCTTGCAGGGCCCCAGCCTGCGATCCACAGACGAGGAGGATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135688 GACATCTTGCAGGGCCCCAGCCTGCGATCCACAGACGAGGAGGATGAGGA

   3150     .    :
   2952 TGAACTGATCCTT
        |||||||||||||
 135738 TGAACTGATCCTT