seq1 = pF1KB7275.tfa, 2625 bp
seq2 = pF1KB7275/gi568815592f_131537385.tfa (gi568815592f:131537385_131846953), 309569 bp

>pF1KB7275 2625
>gi568815592f:131537385_131846953 (Chr6)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-154  (104071-104146)   100% ->
155-277  (112643-112765)   100% ->
278-403  (115158-115283)   100% ->
404-464  (115447-115507)   100% ->
465-562  (120939-121036)   100% ->
563-642  (133864-133943)   100% ->
643-762  (136778-136897)   100% ->
763-872  (137696-137805)   100% ->
873-938  (139352-139417)   100% ->
939-1011  (140484-140556)   100% ->
1012-1120  (145670-145778)   100% ->
1121-1252  (147980-148111)   100% ->
1253-1284  (148492-148523)   100% ->
1285-1412  (156113-156240)   100% ->
1413-1479  (181288-181354)   100% ->
1480-1567  (182908-182995)   100% ->
1568-1746  (184843-185021)   99% ->
1747-1798  (186656-186707)   100% ->
1799-1953  (188662-188816)   100% ->
1954-2089  (196204-196339)   100% ->
2090-2167  (199971-200048)   100% ->
2168-2300  (200647-200779)   100% ->
2301-2457  (202840-202996)   100% ->
2458-2625  (209402-209569)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATCTACGTTGACTTTAGCAACGGAACAACCTGTTAAGAAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATCTACGTTGACTTTAGCAACGGAACAACCTGTTAAGAAGAACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTAAGAAATATAAAATAGCTTGCATT         GTTCTTCTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 TCTTAAGAAATATAAAATAGCTTGCATTGTA...TAGGTTCTTCTTGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGGTGATCATGTCACTTGGATTAGGCCTGGGGCTTGGACTCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104084 TGCTGGTGATCATGTCACTTGGATTAGGCCTGGGGCTTGGACTCAGGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGAAAAGCAAG         GCAGCTGCAGGAAGAAGTGCTTTGATGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104134 CTGGAAAAGCAAGGTA...TAGGCAGCTGCAGGAAGAAGTGCTTTGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATCATTTAGAGGACTGGAGAACTGCCGGTGTGATGTGGCATGTAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112671 ATCATTTAGAGGACTGGAGAACTGCCGGTGTGATGTGGCATGTAAAGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGGTGATTGCTGCTGGGATTTTGAAGACACCTGTGTGGAATCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112721 GAGGTGATTGCTGCTGGGATTTTGAAGACACCTGTGTGGAATCAAGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     CTCGAATATGGATGTGCAATAAATTTCGTTGTGGAGAGACCAGATT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112771 .CAGCTCGAATATGGATGTGCAATAAATTTCGTTGTGGAGAGACCAGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAGGCCAGCCTTTGCTCTTGTTCAGATGACTGTTTGCAGAGGAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115204 AGAGGCCAGCCTTTGCTCTTGTTCAGATGACTGTTTGCAGAGGAAAGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTGTGCTGACTATAAGAGTGTTTGCCAAG         GAGAAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115254 GCTGTGCTGACTATAAGAGTGTTTGCCAAGGTG...CAGGAGAAACCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGCTGGAAGAAAACTGTGACACAGCCCAGCAGTCTCAGTGCCCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115458 TGGCTGGAAGAAAACTGTGACACAGCCCAGCAGTCTCAGTGCCCAGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465          GTTTGACCTGCCACCAGTTATCTTGTTTTCTATGGATGGAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115508 GTG...CAGGTTTGACCTGCCACCAGTTATCTTGTTTTCTATGGATGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTAGAGCTGAATATTTATACACATGGGATACTTTAATGCCAAATATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120980 TTAGAGCTGAATATTTATACACATGGGATACTTTAATGCCAAATATCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAACTGA         AAACATGTGGAATTCATTCAAAATACATGAGAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121030 AAACTGAGTA...CAGAAACATGTGGAATTCATTCAAAATACATGAGAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TATGTATCCTACCAAAACCTTCCCAAATCATTACACCATTGTCACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 133898 TATGTATCCTACCAAAACCTTCCCAAATCATTACACCATTGTCACGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      GGCTTGTATCCAGAGTCACATGGCATCATTGACAATAATATGTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133948 ..TAGGGCTTGTATCCAGAGTCACATGGCATCATTGACAATAATATGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATGTAAATCTCAACAAGAATTTTTCACTTTCTTCAAAGGAACAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136823 GATGTAAATCTCAACAAGAATTTTTCACTTTCTTCAAAGGAACAAAATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCCAGCCTGGTGGCATGGGCAACCA         ATGTGGCTGACAGCAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 136873 TCCAGCCTGGTGGCATGGGCAACCAGTA...CAGATGTGGCTGACAGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGTATCAAGGTTTAAAAGCCGCTACCTACTTTTGGCCCGGATCAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137712 TGTATCAAGGTTTAAAAGCCGCTACCTACTTTTGGCCCGGATCAGAAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCTATAAATGGCTCCTTTCCTTCCATATACATGCCTTACAACGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 137762 GCTATAAATGGCTCCTTTCCTTCCATATACATGCCTTACAACGGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    873    AAGTGTCCCATTTGAAGAGAGGATTTCTACACTGTTAAAATGGCTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139349 CAGAAGTGTCCCATTTGAAGAGAGGATTTCTACACTGTTAAAATGGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACCTGCCCAAAGCTGAAAG         ACCCAGGTTTTATACCATGTAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 139399 ACCTGCCCAAAGCTGAAAGGTA...TAGACCCAGGTTTTATACCATGTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TTTGAAGAACCTGATTCCTCTGGACATGCAGGTGGACCAGTCAGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140506 TTTGAAGAACCTGATTCCTCTGGACATGCAGGTGGACCAGTCAGTGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 A         GTAATTAAAGCCTTACAGGTAGTAGATCATGCTTTTGGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140556 AGTA...CAGGTAATTAAAGCCTTACAGGTAGTAGATCATGCTTTTGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGTTGATGGAAGGCCTGAAGCAGCGGAATTTGCACAACTGTGTCAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145710 TGTTGATGGAAGGCCTGAAGCAGCGGAATTTGCACAACTGTGTCAATATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATCCTTCTGGCTGACCATG         GAATGGACCAGACTTATTGTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 145760 ATCCTTCTGGCTGACCATGGTA...CAGGAATGGACCAGACTTATTGTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CAAGATGGAATACATGACTGATTATTTTCCCAGAATAAACTTCTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148002 CAAGATGGAATACATGACTGATTATTTTCCCAGAATAAACTTCTTCTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGTACGAAGGGCCTGCCCCCCGCATCCGAGCTCATAATATACCTCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148052 TGTACGAAGGGCCTGCCCCCCGCATCCGAGCTCATAATATACCTCATGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TTTTTTAGTT         TTAATTCTGAGGAAATTGTTAGAAACCTCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 148102 TTTTTTAGTTGTA...CAGTTAATTCTGAGGAAATTGTTAGAAACCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 T         TGCCGAAAACCTGATCAGCATTTCAAGCCCTATTTGACTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148523 TGTA...CAGTGCCGAAAACCTGATCAGCATTTCAAGCCCTATTTGACTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CTGATTTGCCAAAGCGACTGCACTATGCCAAGAACGTCAGAATCGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156153 CTGATTTGCCAAAGCGACTGCACTATGCCAAGAACGTCAGAATCGACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GTTCATCTCTTTGTGGATCAACAGTGGCTGGCTGTTAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 156203 GTTCATCTCTTTGTGGATCAACAGTGGCTGGCTGTTAGGTT...TAGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TAAATCAAATACAAATTGTGGAGGAGGCAACCATGGTTATAACAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181291 TAAATCAAATACAAATTGTGGAGGAGGCAACCATGGTTATAACAATGAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TTAGGAGCATGGAG         GCTATCTTTCTGGCACATGGACCCAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 181341 TTAGGAGCATGGAGGTA...TAGGCTATCTTTCTGGCACATGGACCCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 TTTAAAGAGAAGACTGAAGTTGAACCATTTGAAAATATTGAAGTCTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182935 TTTAAAGAGAAGACTGAAGTTGAACCATTTGAAAATATTGAAGTCTATAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CCTAATGTGTG         ATCTTCTACGCATTCAACCAGCACCAAACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 182985 CCTAATGTGTGGTA...CAGATCTTCTACGCATTCAACCAGCACCAAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 ATGGAACCCATGGTAGTTTGAACCATCTTCTGAAGGTGCCTTTTTATGAG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 184873 ATGGAACCCATGGTAGTTTAAACCATCTTCTGAAGGTGCCTTTTTATGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 CCATCCCATGCAGAGGAGGTGTCAAAGTTTTCTGTTTGTGGCTTTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184923 CCATCCCATGCAGAGGAGGTGTCAAAGTTTTCTGTTTGTGGCTTTGCTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 TCCATTGCCCACAGAGTCTCTTGACTGTTTCTGCCCTCACCTACAAAAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 184973 TCCATTGCCCACAGAGTCTCTTGACTGTTTCTGCCCTCACCTACAAAATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747         AGTACTCAGCTGGAACAAGTGAATCAGATGCTAAATCTCACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185023 TA...CAGAGTACTCAGCTGGAACAAGTGAATCAGATGCTAAATCTCACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CAAGAAGAAA         TAACAGCAACAGTGAAAGTAAATTTGCCATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 186698 CAAGAAGAAAGTA...TAGTAACAGCAACAGTGAAAGTAAATTTGCCATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 TGGGAGGCCTAGGGTACTGCAGAAGAACGTGGACCACTGTCTCCTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188693 TGGGAGGCCTAGGGTACTGCAGAAGAACGTGGACCACTGTCTCCTTTACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 ACAGGGAATATGTCAGTGGATTTGGAAAAGCTATGAGGATGCCCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188743 ACAGGGAATATGTCAGTGGATTTGGAAAAGCTATGAGGATGCCCATGTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 AGTTCATACACAGTCCCCCAGTTG         GGAGACACATCGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 188793 AGTTCATACACAGTCCCCCAGTTGGTA...CAGGGAGACACATCGCCTCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 GCCTCCCACTGTCCCAGACTGTCTGCGGGCTGATGTCAGGGTTCCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196221 GCCTCCCACTGTCCCAGACTGTCTGCGGGCTGATGTCAGGGTTCCTCCTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 CTGAGAGCCAAAAATGTTCCTTCTATTTAGCAGACAAGAATATCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196271 CTGAGAGCCAAAAATGTTCCTTCTATTTAGCAGACAAGAATATCACCCAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 GGCTTCCTCTATCCTCCTG         CCAGCAATAGAACATCAGATAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 196321 GGCTTCCTCTATCCTCCTGGTT...CAGCCAGCAATAGAACATCAGATAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 CCAATATGATGCTTTAATTACTAGCAATTTGGTACCTATGTATGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199993 CCAATATGATGCTTTAATTACTAGCAATTTGGTACCTATGTATGAAGAAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 TCAGAA         AAATGTGGGACTACTTCCACAGTGTTCTTCTTATA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200043 TCAGAAGTA...TAGAAATGTGGGACTACTTCCACAGTGTTCTTCTTATA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203 AAACATGCCACAGAAAGAAATGGAGTAAATGTGGTTAGTGGACCAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200682 AAACATGCCACAGAAAGAAATGGAGTAAATGTGGTTAGTGGACCAATATT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 TGATTATAATTATGATGGCCATTTTGATGCTCCAGATGAAATTACCAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 200732 TGATTATAATTATGATGGCCATTTTGATGCTCCAGATGAAATTACCAAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301        ACATTTAGCCAACACTGATGTTCCCATCCCAACACACTACTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200782 A...AAGACATTTAGCCAACACTGATGTTCCCATCCCAACACACTACTTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2344 GTGGTGCTGACCAGTTGTAAAAACAAGAGCCACACACCGGAAAACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202883 GTGGTGCTGACCAGTTGTAAAAACAAGAGCCACACACCGGAAAACTGCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2394 TGGGTGGCTGGATGTCCTACCCTTTATCATCCCTCACCGACCTACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202933 TGGGTGGCTGGATGTCCTACCCTTTATCATCCCTCACCGACCTACCAACG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2444 TGGAGAGCTGTCCT         GAAGGTAAACCAGAAGCTCTTTGGGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 202983 TGGAGAGCTGTCCTGTG...CAGGAAGGTAAACCAGAAGCTCTTTGGGTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2485 GAAGAAAGATTTACAGCTCACATTGCCCGGGTCCGTGATGTAGAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209429 GAAGAAAGATTTACAGCTCACATTGCCCGGGTCCGTGATGTAGAACTTCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2535 CACTGGGCTTGACTTCTATCAGGATAAAGTGCAGCCTGTCTCTGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209479 CACTGGGCTTGACTTCTATCAGGATAAAGTGCAGCCTGTCTCTGAAATTT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :
   2585 TGCAACTAAAGACATATTTACCAACATTTGAAACCACTATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209529 TGCAACTAAAGACATATTTACCAACATTTGAAACCACTATT