seq1 = pF1KB7272.tfa, 1326 bp
seq2 = pF1KB7272/gi568815593r_136878657.tfa (gi568815593r:136878657_137598558), 719902 bp

>pF1KB7272 1326
>gi568815593r:136878657_137598558 (Chr5)

(complement)

1-187  (100001-100187)   99% ==
240-356  (457863-457979)   100% ->
357-483  (485998-486124)   100% ->
484-598  (530730-530844)   100% ->
599-715  (605959-606075)   100% ->
716-937  (609916-610137)   100% ->
938-1000  (613357-613419)   100% ->
1001-1138  (619090-619227)   100% ->
1139-1326  (619715-619902)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCTATCGCGGTGTTGGCGGCGGCCGCCGCGGCGTGGTGCTTCCT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGCGATCGCGGTGTTGGCGGCGGCCGCCGCGGCGTGGTGCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAAGTCGAGAGCCGGCACCTGGACGCGCTCGCCGGAGGCGCGGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAAGTCGAGAGCCGGCACCTGGACGCGCTCGCCGGAGGCGCGGGCCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCACGGCAATTTCCTAGACAATGACCAGTGGCTGAGCACCGTCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCACGGCAATTTCCTAGACAATGACCAGTGGCTGAGCACCGTCTCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .
    151 TACGACCGGGACAAGTACTGGAACCGCTTTCGAGACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACGACCGGGACAAGTACTGGAACCGCTTTCGAGACG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240 AGCCCTGGACCCATCCAAGGACCCCTGCCTGAAGGTAAAATGCAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 457863 AGCCCTGGACCCATCCAAGGACCCCTGCCTGAAGGTAAAATGCAGCCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 ACAAAGTGTGTGTGACCCAGGACTACCAGACCGCCCTGTGTGTCAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 457913 ACAAAGTGTGTGTGACCCAGGACTACCAGACCGCCCTGTGTGTCAGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340 AAGCACCTGCTCCCCAG         GCAAAAGAAGGGGAACGTGGCCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 457963 AAGCACCTGCTCCCCAGGTA...TAGGCAAAAGAAGGGGAACGTGGCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381 GAAACACTGGGTTGGACCTTCGAATTTGGTCAAGTGCAAGCCCTGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 486022 GAAACACTGGGTTGGACCTTCGAATTTGGTCAAGTGCAAGCCCTGTCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431 TGGCACAGTCAGCCATGGTCTGCGGCTCAGATGGCCACTCCTACACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 486072 TGGCACAGTCAGCCATGGTCTGCGGCTCAGATGGCCACTCCTACACATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481 AAG         TGCAAATTGGAGTTCCATGCTTGTTCTACTGGCAAAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 486122 AAGGTT...CAGTGCAAATTGGAGTTCCATGCTTGTTCTACTGGCAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522 CCTCGCCACCCTCTGTGATGGGCCCTGTCCCTGTCTCCCAGAGCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 530768 CCTCGCCACCCTCTGTGATGGGCCCTGTCCCTGTCTCCCAGAGCCTGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572 CACCAAAGCACAAGGCAGAAAGGAGTG         CCTGCACAGACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 530818 CACCAAAGCACAAGGCAGAAAGGAGTGGTG...TAGCCTGCACAGACAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613 GAGTTGCGGAACCTTGCCTCCCGGCTGAAGGATTGGTTTGGAGCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 605973 GAGTTGCGGAACCTTGCCTCCCGGCTGAAGGATTGGTTTGGAGCTCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    663 CGAGGATGCGAACAGAGTCATCAAGCCCACCAGCTCCAACACAGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 606023 CGAGGATGCGAACAGAGTCATCAAGCCCACCAGCTCCAACACAGCCCAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713 GCA         GGTTTGACACTAGCATCCTGCCCATCTGCAAGGACTCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 606073 GCAGTA...CAGGGTTTGACACTAGCATCCTGCCCATCTGCAAGGACTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754 CTGGGCTGGATGTTCAACAAGTTGGACATGAACTATGACCTCCTGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 609954 CTGGGCTGGATGTTCAACAAGTTGGACATGAACTATGACCTCCTGCTTGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804 CCCTTCAGAGATCAATGCCATCTACCTGGATAAGTACGAGCCCTGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 610004 CCCTTCAGAGATCAATGCCATCTACCTGGATAAGTACGAGCCCTGTATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    854 AGCCTCTTTTCAACTCGTGTGACTCCTTCAAGGATGGCAAGCTTTCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 610054 AGCCTCTTTTCAACTCGTGTGACTCCTTCAAGGATGGCAAGCTTTCTAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904 AATGAGTGGTGCTACTGCTTCCAGAAGCCTGGAG         GTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 610104 AATGAGTGGTGCTACTGCTTCCAGAAGCCTGGAGGTA...TAGGTCTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945 TTGCCAGAATGAAATGAACAGAATTCAGAAGCTGAGTAAGGGGAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 613364 TTGCCAGAATGAAATGAACAGAATTCAGAAGCTGAGTAAGGGGAAAAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995 TGTTGG         GGGCCTTCATACCTCGGTGTAATGAGGAGGGCTAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 613414 TGTTGGGTA...CAGGGGCCTTCATACCTCGGTGTAATGAGGAGGGCTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036 TACAAAGCCACACAGTGCCACGGCAGCACGGGGCAGTGCTGGTGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 619125 TACAAAGCCACACAGTGCCACGGCAGCACGGGGCAGTGCTGGTGTGTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1086 CAAATATGGGAATGAGTTGGCTGGCTCCAGGAAACAGGGTGCTGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 619175 CAAATATGGGAATGAGTTGGCTGGCTCCAGGAAACAGGGTGCTGTGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 GTG         AAGAGGAGCAGGAAACCTCAGGGGATTTTGGCAGTGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 619225 GTGGTG...CAGAAGAGGAGCAGGAAACCTCAGGGGATTTTGGCAGTGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177 GGGTCCGTGGTCCTGCTGGATGACCTAGAATATGAACGGGAGCTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 619753 GGGTCCGTGGTCCTGCTGGATGACCTAGAATATGAACGGGAGCTGGGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1227 AAAGGACAAAGAGGGGAAGCTGAGGGTGCACACCCGAGCCGTGACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 619803 AAAGGACAAAGAGGGGAAGCTGAGGGTGCACACCCGAGCCGTGACAGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277 ATGATGAGGATGAGGATGATGACAAAGAGGATGAGGTCGGGTACATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 619853 ATGATGAGGATGAGGATGATGACAAAGAGGATGAGGTCGGGTACATATGG