seq1 = pF1KB7267.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KB7267/gi568815596f_85654190.tfa (gi568815596f:85654190_85864183), 209994 bp

>pF1KB7267 963
>gi568815596f:85654190_85864183 (Chr2)

1-768  (100001-100768)   100% ->
769-963  (109802-109994)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCACATCCCGGTCCTCGAGGACGGGCCGTGGAAGACCGTGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCACATCCCGGTCCTCGAGGACGGGCCGTGGAAGACCGTGTGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGCTGAACGGCCTTAAGAAGCTCAAGCGGAAAGGCAAGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGCTGAACGGCCTTAAGAAGCTCAAGCGGAAAGGCAAGGAGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCGGCGCGCGAACGGCTATAAAACTTTCCGACTGGACTTGGAAGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCGGCGCGCGAACGGCTATAAAACTTTCCGACTGGACTTGGAAGCGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCCCCGCGCCGTAGCCACCAACGGGCTGCGGGACAGGACCCATCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCCCCGCGCCGTAGCCACCAACGGGCTGCGGGACAGGACCCATCGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCCGGTCCCGGTACCGGTGCCGGTGCCAGTCCCAGTGGCGCCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCCGGTCCCGGTACCGGTGCCGGTGCCAGTCCCAGTGGCGCCGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCCCCCAAGAGGGGGCACGGACACAGCCGGGGAGCGCGGGGGCTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTCCCCCAAGAGGGGGCACGGACACAGCCGGGGAGCGCGGGGGCTCTCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGCCCGAGGTCTCCGACGCGCGGAAACGCTGCTTCGCCCTAGGCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGCCCGAGGTCTCCGACGCGCGGAAACGCTGCTTCGCCCTAGGCGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGGCCAGGACTCCCCACGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCCTGCGCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGGCCAGGACTCCCCACGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCCTGCGCCCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCAGGCACCTGGGGGCCCAGAGGCACAGCCTTTCCGGGAGCCGGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCAGGCACCTGGGGGCCCAGAGGCACAGCCTTTCCGGGAGCCGGGTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGTCCTCGCATCTTGCTGTGCGCACCGCCCGCGCGCCCCGCGCCGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGTCCTCGCATCTTGCTGTGCGCACCGCCCGCGCGCCCCGCGCCGTCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACCCCCAGCACCGCCAGCGCCCCCGGAGTCCACTGTGCGCCCTGCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACCCCCAGCACCGCCAGCGCCCCCGGAGTCCACTGTGCGCCCTGCGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGACGCGCCCCGGGGAAAGTTCCTACTCGTCAATTTCACACGTAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGACGCGCCCCGGGGAAAGTTCCTACTCGTCAATTTCACACGTAATTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATAACCACCAGGATTCCTCCGCGTCGCCTAGGAAACGACCGGGCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AATAACCACCAGGATTCCTCCGCGTCGCCTAGGAAACGACCGGGCGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GACTGCCGCCTCCTCCGAGATCAAAGCCCTGCAGCAGACCCGGAGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GACTGCCGCCTCCTCCGAGATCAAAGCCCTGCAGCAGACCCGGAGGCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGCGAACGCCAGGGAGCGGACGCGGGTGCACACCATCAGCGCAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGCGAACGCCAGGGAGCGGACGCGGGTGCACACCATCAGCGCAGCCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGGCGCTCAGGAAGCAG         GTGCCGTGCTACTCATATGGGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100751 GAGGCGCTCAGGAAGCAGGTA...CAGGTGCCGTGCTACTCATATGGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAAGCTGTCCAAACTGGCCATCCTGAGGATCGCCTGTAACTACATCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109825 GAAGCTGTCCAAACTGGCCATCCTGAGGATCGCCTGTAACTACATCCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCTGGCGCGGCTGGCTGACCTTGACTACAGTGCCGACCACAGCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109875 CCCTGGCGCGGCTGGCTGACCTTGACTACAGTGCCGACCACAGCAACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGCTTCTCCGAGTGTGTGCAGCGCTGCACCCGCACCCTGCAGGCCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109925 AGCTTCTCCGAGTGTGTGCAGCGCTGCACCCGCACCCTGCAGGCCGAGGG

    950     .    :    .    :
    942 ACGTGCCAAGAAGCGCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||--
 109975 ACGTGCCAAGAAGCGCAAGG