seq1 = pF1KB7265.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB7265/gi568815579r_38779158.tfa (gi568815579r:38779158_38993527), 214370 bp

>pF1KB7265 1056
>gi568815579r:38779158_38993527 (Chr19)

(complement)

1-115  (99999-100114)   99% ->
116-157  (103384-103425)   100% ->
158-264  (103567-103673)   100% ->
265-321  (103783-103839)   100% ->
322-390  (104373-104441)   100% ->
391-520  (109772-109901)   100% ->
521-580  (112037-112096)   100% ->
581-636  (112373-112428)   100% ->
637-713  (112631-112707)   100% ->
714-765  (112792-112843)   100% ->
766-836  (113826-113896)   100% ->
837-903  (114028-114094)   100% ->
904-1056  (114218-114370)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 A TGGACTTCCTGCGGAACTTATTCTCCCAGACGCTCAGCCTGGGCAGCC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGTGGACTTCCTGCGGAACTTATTCTCCCAGACGCTCAGCCTGGGCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 AGAAGGAGCGTCTGCTGGACGAGCTGACCTTGGAAGGGGTGGCCCGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 AGAAGGAGCGTCTGCTGGACGAGCTGACCTTGGAAGGGGTGGCCCGGTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 ATGCAGAGCGAACGCT         GTCGCAGAGTCATCTGTTTGGTGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100099 ATGCAGAGCGAACGCTGTG...CAGGTCGCAGAGTCATCTGTTTGGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 AGCTGGAATCTCCACAT         CCGCAGGCATCCCCGACTTTCGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103409 AGCTGGAATCTCCACATGTA...TAGCCGCAGGCATCCCCGACTTTCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 CTCCATCCACCGGCCTCTATGACAACCTAGAGAAGTACCATCTTCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103591 CTCCATCCACCGGCCTCTATGACAACCTAGAGAAGTACCATCTTCCCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 CCAGAGGCCATCTTTGAGATCAGCTATTTCAAG         AAACATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103641 CCAGAGGCCATCTTTGAGATCAGCTATTTCAAGGTT...CAGAAACATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 GGAACCCTTCTTCGCCCTCGCCAAGGAACTCTATCCTGGGCAGTTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103791 GGAACCCTTCTTCGCCCTCGCCAAGGAACTCTATCCTGGGCAGTTCAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322         CCAACCATCTGTCACTACTTCATGCGCCTGCTGAAGGACAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103841 TG...CAGCCAACCATCTGTCACTACTTCATGCGCCTGCTGAAGGACAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 GGGCTACTCCTGCGCTGCTACACGCAG         AACATAGATACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104415 GGGCTACTCCTGCGCTGCTACACGCAGGTA...TAGAACATAGATACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    405 GGAGCGAATAGCCGGGCTGGAACAGGAGGACTTGGTGGAGGCGCACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109786 GGAGCGAATAGCCGGGCTGGAACAGGAGGACTTGGTGGAGGCGCACGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 CCTTCTACACATCACACTGCGTCAGCGCCAGCTGCCGGCACGAATACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109836 CCTTCTACACATCACACTGCGTCAGCGCCAGCTGCCGGCACGAATACCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 CTAAGCTGGATGAAAG         AGAAGATCTTCTCTGAGGTGACGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109886 CTAAGCTGGATGAAAGGTG...CAGAGAAGATCTTCTCTGAGGTGACGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 CAAGTGTGAAGACTGTCAGAGCCTGGTGAAGCCTG         ATATCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112062 CAAGTGTGAAGACTGTCAGAGCCTGGTGAAGCCTGGTG...CAGATATCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 TCTTTTTTGGTGAGAGCCTCCCAGCGCGTTTCTTCTCCTGTATGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112379 TCTTTTTTGGTGAGAGCCTCCCAGCGCGTTTCTTCTCCTGTATGCAGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637          GACTTCCTGAAGGTGGACCTCCTCCTGGTCATGGGTACCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112429 GTA...CAGGACTTCCTGAAGGTGGACCTCCTCCTGGTCATGGGTACCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 CTTGCAGGTGCAGCCCTTTGCCTCCCTCATCAGCAA         GGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112672 CTTGCAGGTGCAGCCCTTTGCCTCCCTCATCAGCAAGTA...CAGGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719 CCCTCTCCACCCCTCGCCTGCTCATCAACAAGGAGAAAGCTGGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112797 CCCTCTCCACCCCTCGCCTGCTCATCAACAAGGAGAAAGCTGGCCAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    766       TCGGACCCTTTCCTGGGGATGATTATGGGCCTCGGAGGAGGCAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112847 ...CAGTCGGACCCTTTCCTGGGGATGATTATGGGCCTCGGAGGAGGCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    810 GGACTTTGACTCCAAGAAGGCCTACAG         GGACGTGGCCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113870 GGACTTTGACTCCAAGAAGGCCTACAGGTG...CAGGGACGTGGCCTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGGTGAATGCGACCAGGGCTGCCTGGCCCTTGCTGAGCTCCTTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114042 TGGGTGAATGCGACCAGGGCTGCCTGGCCCTTGCTGAGCTCCTTGGATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAG         AAGGAGCTGGAGGACCTTGTCCGGAGGGAGCACGCCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114092 AAGGTG...CAGAAGGAGCTGGAGGACCTTGTCCGGAGGGAGCACGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CATAGATGCCCAGTCGGGGGCGGGGGTCCCCAACCCCAGCACTTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114256 CATAGATGCCCAGTCGGGGGCGGGGGTCCCCAACCCCAGCACTTCAGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCCCCAAGAAGTCCCCGCCACCTGCCAAGGACGAGGCCAGGACAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114306 CCCCCAAGAAGTCCCCGCCACCTGCCAAGGACGAGGCCAGGACAACAGAG

   1150     .    :    .
   1042 AGGGAGAAACCCCAG
        |||||||||||||||
 114356 AGGGAGAAACCCCAG