seq1 = pF1KB7254.tfa, 1932 bp
seq2 = pF1KB7254/gi568815578f_19112899.tfa (gi568815578f:19112899_19821137), 708239 bp

>pF1KB7254 1932
>gi568815578f:19112899_19821137 (Chr20)

1-142  (99945-100086)   100% ==
349-423  (467102-467176)   100% ->
424-508  (472073-472157)   100% ->
509-612  (472543-472646)   100% ->
613-687  (541164-541238)   100% ->
688-713  (552966-552991)   100% ->
714-767  (560703-560756)   100% ->
768-901  (568960-569093)   100% ->
902-1062  (571278-571438)   100% ->
1063-1324  (572202-572463)   100% ->
1325-1491  (580361-580527)   100% ->
1492-1606  (583899-584013)   100% ->
1607-1719  (585670-585782)   100% ->
1720-1785  (604630-604695)   100% ->
1786-1932  (608093-608239)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCCGTCCGGCGACGAGGACCGCGCGCGTCGCCGCCGCCGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99945 ATGCGGCCGTCCGGCGACGAGGACCGCGCGCGTCGCCGCCGCCGCCGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCCGGAGGGACCTTCTGCTGAGCCAGCTCTGCTTCCTGGCCTCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 CCGCCGGAGGGACCTTCTGCTGAGCCAGCTCTGCTTCCTGGCCTCGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGCTGCTCTGGTCGCTGTCGAGCCTGCGAGAGCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 CGCTGCTGCTCTGGTCGCTGTCGAGCCTGCGAGAGCAGAAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349 GCCATATACATGTTCTATGCGCTGGCCATTGTGTGTGATGACTTCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 467102 GCCATATACATGTTCTATGCGCTGGCCATTGTGTGTGATGACTTCTTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399 CCCTTCCTTGGAAAAGATCTGTGAG         CGCCTGCACCTCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 467152 CCCTTCCTTGGAAAAGATCTGTGAGGTA...TAGCGCCTGCACCTCAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440 AAGATGTGGCTGGGGCCACATTCATGGCAGCGGGAAGTTCGGCCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 472089 AAGATGTGGCTGGGGCCACATTCATGGCAGCGGGAAGTTCGGCCCCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    490 CTGTTCACATCGGTCATAG         GGGTCTTCATCACCAAAGGCGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 472139 CTGTTCACATCGGTCATAGGTA...CAGGGGTCTTCATCACCAAAGGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    531 TGTGGGAGTTGGCACCATCGTGGGCTCAGCGGTATTCAACATCCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 472565 TGTGGGAGTTGGCACCATCGTGGGCTCAGCGGTATTCAACATCCTGTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    581 TCATTGGTGTCTGTGGGCTCTTTGCTGGGCAG         GTTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 472615 TCATTGGTGTCTGTGGGCTCTTTGCTGGGCAGGTA...CAGGTTGTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622 CTTTCCTCCTGGTGCCTGCTGAGGGATTCTATTTACTACACGCTGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 541173 CTTTCCTCCTGGTGCCTGCTGAGGGATTCTATTTACTACACGCTGTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672 GATCGCGCTCATCGTG         TTTATTTATGATGAAAAAGTTTCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 541223 GATCGCGCTCATCGTGGTG...CAGTTTATTTATGATGAAAAAGTTTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713 G         GTGGGAGTCTTTAGTCCTTGTGCTGATGTATCTTATCTAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 552991 GGTA...CAGGTGGGAGTCTTTAGTCCTTGTGCTGATGTATCTTATCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754 ATTGTCATCATGAA         ATATAACGCTTGCATACATCAGTGCTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 560743 ATTGTCATCATGAAGTA...CAGATATAACGCTTGCATACATCAGTGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795 TGAGAGGAGGACAAAAGGTGCCGGGAACATGGTCAACGGATTGGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 568987 TGAGAGGAGGACAAAAGGTGCCGGGAACATGGTCAACGGATTGGCCAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845 ATGCTGAAATTGATGACAGCAGCAACTGCGACGCAACTGTGGTGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569037 ATGCTGAAATTGATGACAGCAGCAACTGCGACGCAACTGTGGTGCTACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895 AAGAAAG         CAAATTTCCACCGCAAAGCATCAGTGATCATGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569087 AAGAAAGGTA...TAGCAAATTTCCACCGCAAAGCATCAGTGATCATGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    936 AGACGAGCTGCTGTCAGCCTACCCACACCAGCTTTCCTTCTCTGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571312 AGACGAGCTGCTGTCAGCCTACCCACACCAGCTTTCCTTCTCTGAGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    986 GCCTTCGAATCATGATAACCAGCCACTTTCCCCCCAAGACCCGGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571362 GCCTTCGAATCATGATAACCAGCCACTTTCCCCCCAAGACCCGGCTCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036 ATGGCCAGTCGCATGTTGATCAATGAG         AGACAAAGATTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 571412 ATGGCCAGTCGCATGTTGATCAATGAGGTA...CAGAGACAAAGATTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077 AAACAGCAGGGCTTATACCAACGGGGAATCTGAGGTGGCCATCAAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 572216 AAACAGCAGGGCTTATACCAACGGGGAATCTGAGGTGGCCATCAAAATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127 CAATTAAGCACACCGTGGAGAATGGGACAGGGCCCAGCAGTGCCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 572266 CAATTAAGCACACCGTGGAGAATGGGACAGGGCCCAGCAGTGCCCCAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177 AGGGGCGTGAATGGGACACGGAGGGACGATGTTGTGGCTGAGGCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 572316 AGGGGCGTGAATGGGACACGGAGGGACGATGTTGTGGCTGAGGCTGGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1227 CGAAACAGAGAATGAAAATGAGGACAATGAGAATGATGAGGAGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 572366 CGAAACAGAGAATGAAAATGAGGACAATGAGAATGATGAGGAGGAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277 AGGACGAGGATGATGATGAAGGACCGTACACACCATTCGACACCCCCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 572416 AGGACGAGGATGATGATGAAGGACCGTACACACCATTCGACACCCCCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325        CGGGTAAACTGGAAACAGTGAAATGGGCGTTCACCTGGCCGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 572466 A...CAGCGGGTAAACTGGAAACAGTGAAATGGGCGTTCACCTGGCCGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1368 GAGTTTCGTCTTATACTTCACTGTACCCAACTGCAACAAGCCGCGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 580404 GAGTTTCGTCTTATACTTCACTGTACCCAACTGCAACAAGCCGCGCTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418 AGAAATGGTTCATGGTGACGTTTGCTTCCTCCACGCTGTGGATCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 580454 AGAAATGGTTCATGGTGACGTTTGCTTCCTCCACGCTGTGGATCGCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1468 TTCTCCTACATGATGGTGTGGATG         GTCACAATCATTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 580504 TTCTCCTACATGATGGTGTGGATGGTG...TAGGTCACAATCATTGGTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1509 CACCCTGGGGATTCCTGACGTCATCATGGGGATCACCTTCCTGGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583916 CACCCTGGGGATTCCTGACGTCATCATGGGGATCACCTTCCTGGCTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1559 GGACCAGCGTGCCTGACTGCATGGCCAGCCTCATTGTGGCCAGACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 583966 GGACCAGCGTGCCTGACTGCATGGCCAGCCTCATTGTGGCCAGACAAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607        GGATGGGGGACATGGCTGTGTCCAACTCCATTGGGAGCAACGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584016 G...CAGGGATGGGGGACATGGCTGTGTCCAACTCCATTGGGAGCAACGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1650 GTTTGACATCCTGATTGGCCTCGGTCTCCCCTGGGCTCTGCAGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 585713 GTTTGACATCCTGATTGGCCTCGGTCTCCCCTGGGCTCTGCAGACCCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1700 CTGTGGATTACGGATCCTAC         ATCCGGCTGAATAGCAGGGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 585763 CTGTGGATTACGGATCCTACGTA...CAGATCCGGCTGAATAGCAGGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1741 CTGATCTACTCCGTAGGCTTGCTCCTGGCCTCTGTTTTTGTCACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 604651 CTGATCTACTCCGTAGGCTTGCTCCTGGCCTCTGTTTTTGTCACGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1786     GTGTTCGGCGTCCACCTGAACAAGTGGCAGCTGGACAAGAAGCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 604701 .CAGGTGTTCGGCGTCCACCTGAACAAGTGGCAGCTGGACAAGAAGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1832 GCTGTGGGTGCCTCCTCCTGTATGGTGTGTTCCTGTGCTTCTCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 608139 GCTGTGGGTGCCTCCTCCTGTATGGTGTGTTCCTGTGCTTCTCCATCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1882 ACTGAGTTCAACGTGTTCACCTTTGTGAACCTGCCCATGTGCGGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 608189 ACTGAGTTCAACGTGTTCACCTTTGTGAACCTGCCCATGTGCGGGGACCA

   1700 
   1932 C
        |
 608239 C