seq1 = pF1KB7248.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KB7248/gi568815593r_1363654.tfa (gi568815593r:1363654_1623844), 260191 bp

>pF1KB7248 1602
>gi568815593r:1363654_1623844 (Chr5)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-278  (122242-122384)   100% ->
279-493  (128931-129145)   100% ->
494-606  (133987-134099)   100% ->
607-667  (135394-135454)   100% ->
668-726  (140359-140417)   100% ->
727-761  (142869-142903)   100% ->
762-816  (144170-144224)   100% ->
817-899  (146359-146441)   100% ->
900-1025  (149160-149285)   100% ->
1026-1179  (149735-149888)   100% ->
1180-1278  (152921-153019)   100% ->
1279-1420  (156955-157096)   100% ->
1421-1602  (160010-160191)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCTGCGGGGATGCGGACCCCGGGCCGCCCCTGCCTCCAGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCTGCGGGGATGCGGACCCCGGGCCGCCCCTGCCTCCAGCGCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAGCGACGCTCGGCTGCTGGCGCCCCCGGGGCGGAACCCCTTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCAGCGACGCTCGGCTGCTGGCGCCCCCGGGGCGGAACCCCTTCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGCTGCGCCTCAGCGCCCTGCAGAAGGCCCAG         GTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 ACGAGCTGCGCCTCAGCGCCCTGCAGAAGGCCCAGGTG...CAGGTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCATGACACTGACGCTCTTCCCGGTCCGGCTCCTGGTTGCCGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122248 CTCATGACACTGACGCTCTTCCCGGTCCGGCTCCTGGTTGCCGCTGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGCTGCTGGCCTGGCCCCTCGCACTTGTCGCATCCCTGGGCTCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122298 GATGCTGCTGGCCTGGCCCCTCGCACTTGTCGCATCCCTGGGCTCTGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAGGAACCCGAGCAGCCCCCGGCCCTGTGGAGGAA         GGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 122348 AGAAGGAACCCGAGCAGCCCCCGGCCCTGTGGAGGAAGTA...CAGGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGACTTCCTGCTGAAGGCCATCATGCGCACCATGTGGTTCGCCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128935 GTGGACTTCCTGCTGAAGGCCATCATGCGCACCATGTGGTTCGCCGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCCACCGGGTGGCCGTGAAGGGGCGGCAGGCGCTGCCCACCGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128985 CTTCCACCGGGTGGCCGTGAAGGGGCGGCAGGCGCTGCCCACCGAGGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCCTCACGCTCGCGCCTCACTCGTCCTACTTCGACGCCATCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129035 CCATCCTCACGCTCGCGCCTCACTCGTCCTACTTCGACGCCATCCCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCATGACGATGTCCTCCATCGTGATGAAGGCAGAGAGCAGAGACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129085 ACCATGACGATGTCCTCCATCGTGATGAAGGCAGAGAGCAGAGACATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATCTGGGGAA         CTCTGATCCAGTATATACGGCCTGTGTTCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 129135 GATCTGGGGAAGTG...CAGCTCTGATCCAGTATATACGGCCTGTGTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTCCCGGTCAGACCAGGATTCTCGCAGGAAAACAGTAGAAGAAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134017 TGTCCCGGTCAGACCAGGATTCTCGCAGGAAAACAGTAGAAGAAATCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGACGGGCGCAGTCCAACGGAAAGTGGCCACAG         ATAATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 134067 AGACGGGCGCAGTCCAACGGAAAGTGGCCACAGGTA...CAGATAATGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTTTCCAGAAGGAACTTGTACAAACAGGACCTGCCTAATTACCTTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135402 TTTTCCAGAAGGAACTTGTACAAACAGGACCTGCCTAATTACCTTCAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTG         GTGCATTCATCCCTGGAGCGCCCGTCCAGCCTGTGGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135452 CTGGTA...CAGGTGCATTCATCCCTGGAGCGCCCGTCCAGCCTGTGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTACGATATCCAAATAAACTG         GACACCATCACATGGACGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 140397 TTACGATATCCAAATAAACTGGTG...CAGGACACCATCACATGGACGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCAAGGACCTGGAGC         GCTGGAAATCCTGTGGCTCACGCTGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 142889 GCAAGGACCTGGAGCGTA...AAGGCTGGAAATCCTGTGGCTCACGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTCAGTTTCACAACCAAGTGGAAATCGAG         TTCCTTCCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 144196 GTCAGTTTCACAACCAAGTGGAAATCGAGGTT...CAGTTCCTTCCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TACAGCCCTTCTGAGGAGGAGAAGAGGAACCCCGCGCTGTATGCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146371 TACAGCCCTTCTGAGGAGGAGAAGAGGAACCCCGCGCTGTATGCCAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGTGCGGCGAGTCATGGCCGA         GGCCTTGGGTGTCTCCGTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 146421 CGTGCGGCGAGTCATGGCCGAGTA...TAGGGCCTTGGGTGTCTCCGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGACTACACGTTCGAGGACTGCCAGCTGGCCCTGGCGGAAGGACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149180 CTGACTACACGTTCGAGGACTGCCAGCTGGCCCTGGCGGAAGGACAGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGTCTCCCCGCTGACACTTGCCTTTTAGAATTTGCCAGGCTCGTGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149230 CGTCTCCCCGCTGACACTTGCCTTTTAGAATTTGCCAGGCTCGTGCGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTCGG         GCTAAAACCAGAAAAGCTTGAAAAAGATCTGGACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149280 CCTCGGGTG...TAGGCTAAAACCAGAAAAGCTTGAAAAAGATCTGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GATACTCAGAAAGAGCCAGGATGAAGGGAGGAGAGAAGATAGGTATTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149770 GATACTCAGAAAGAGCCAGGATGAAGGGAGGAGAGAAGATAGGTATTGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGTTTGCCGCCTCCCTGGAAGTCCCCGTTTCTGACTTGCTGGAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149820 GAGTTTGCCGCCTCCCTGGAAGTCCCCGTTTCTGACTTGCTGGAAGACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTTTTCACTGTTCGACGAG         AGCGGCAGCGGCGAGGTGGACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 149870 GTTTTCACTGTTCGACGAGGTA...CAGAGCGGCAGCGGCGAGGTGGACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGCGAGAGTGTGTGGTTGCCCTGTCTGTCGTCTGCCGGCCGGCCCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152943 TGCGAGAGTGTGTGGTTGCCCTGTCTGTCGTCTGCCGGCCGGCCCGGACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTGGACACCATCCAGCTGGCTTTCAAG         ATGTACGGAGCGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 152993 CTGGACACCATCCAGCTGGCTTTCAAGGTG...CAGATGTACGGAGCGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGAGGACGGCAGCGTCGGCGAAGGTGACCTGTCCTGCATCCTCAAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156969 AGAGGACGGCAGCGTCGGCGAAGGTGACCTGTCCTGCATCCTCAAGACGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCCTGGGGGTGGCAGAGCTCACCGTGACCGACCTATTCCGAGCCATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157019 CCCTGGGGGTGGCAGAGCTCACCGTGACCGACCTATTCCGAGCCATTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAAGAGGAGAAGGGGAAGATCACATTCG         CTGACTTCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 157069 CAAGAGGAGAAGGGGAAGATCACATTCGGTG...CAGCTGACTTCCACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GTTTGCAGAAATGTACCCTGCCTTCGCAGAGGAATACCTGTACCCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160023 GTTTGCAGAAATGTACCCTGCCTTCGCAGAGGAATACCTGTACCCGGATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGACACATTTCGAAAGCTGTGCAGAGACCTCACCTGCGCCAATCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160073 AGACACATTTCGAAAGCTGTGCAGAGACCTCACCTGCGCCAATCCCAAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GGCTTCTGTGCCGATTTCAGCCCGGAAAACTCAGACGCTGGGCGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160123 GGCTTCTGTGCCGATTTCAGCCCGGAAAACTCAGACGCTGGGCGGAAGCC

   1700     .    :    .
   1584 TGTTCGCAAGAAGCTGGAT
        |||||||||||||||||||
 160173 TGTTCGCAAGAAGCTGGAT