seq1 = pF1KB7246.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB7246/gi568815586r_52739116.tfa (gi568815586r:52739116_52948930), 209815 bp

>pF1KB7246 1560
>gi568815586r:52739116_52948930 (Chr12)

(complement)

1-384  (100001-100384)   100% ->
385-599  (100810-101024)   100% ->
600-660  (102107-102167)   100% ->
661-756  (102639-102734)   100% ->
757-921  (104208-104372)   100% ->
922-1047  (104713-104838)   100% ->
1048-1268  (108947-109167)   100% ->
1269-1303  (109444-109478)   100% ->
1304-1560  (109559-109815)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTCTCCCCATGCCGGGCCCAGAGGGGCTTCAGCGCTCGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCTCTCCCCATGCCGGGCCCAGAGGGGCTTCAGCGCTCGCTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTTCTGCTCGCTCAAGGGGCCGCAGCAGGGGAGGCTTCAGCAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTTCTGCTCGCTCAAGGGGCCGCAGCAGGGGAGGCTTCAGCAGCAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCTTCAGCAGCAGGAGCCTTAATTCCTTTGGGGGGTGCCTGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGCTTCAGCAGCAGGAGCCTTAATTCCTTTGGGGGGTGCCTGGAAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTCGTGGGAGTACCTGGGGGTCAGGGGGTAGGCTGGGGGTGCGGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTCGTGGGAGTACCTGGGGGTCAGGGGGTAGGCTGGGGGTGCGGTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGTGGAGTGGTGGGCCTGGGCTCTCCCTGTGCCCTCCGGGGGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGTGGAGTGGTGGGCCTGGGCTCTCCCTGTGCCCTCCGGGGGGCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGAAGTGACCATCAACCAGAATCTGCTGACCCCACTGAAGATTGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAGAAGTGACCATCAACCAGAATCTGCTGACCCCACTGAAGATTGAGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATCCCCAGTTCCAGGTGGTGCGGACGCAGGAGACCCAGGAGATCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATCCCCAGTTCCAGGTGGTGCGGACGCAGGAGACCCAGGAGATCAGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCAACAACCAGTTTGCTTCCTTCATTGACAAG         GTGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100351 CCTCAACAACCAGTTTGCTTCCTTCATTGACAAGGTG...CAGGTGCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCTGGAGCAGCAGAACAAGGTCCTGGAGACGAAGTGGCATCTGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100817 TCCTGGAGCAGCAGAACAAGGTCCTGGAGACGAAGTGGCATCTGCTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAACAGGGGTTGAGTGGCAGCCAGCAGGGCCTGGAGCCTGTCTTTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100867 CAACAGGGGTTGAGTGGCAGCCAGCAGGGCCTGGAGCCTGTCTTTGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTGCCTGGATCAGCTCAGGAAGCAGCTGGAGCAGCTCCAGGGAGAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100917 CTGCCTGGATCAGCTCAGGAAGCAGCTGGAGCAGCTCCAGGGAGAACGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGCTCTGGATGCTGAGTTGAAGGCCTGCCGGGACCAGGAGGAGGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100967 GGGCTCTGGATGCTGAGTTGAAGGCCTGCCGGGACCAGGAGGAGGAGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGTCCAA         GTATGAGGAGGAGGCCCACAGGCGTGCCACACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101017 AAGTCCAAGTA...CAGGTATGAGGAGGAGGCCCACAGGCGTGCCACACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGAACGACTTTGTGGTCCTCAAGAAG         GATGTGGATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102140 TGAGAACGACTTTGTGGTCCTCAAGAAGGTG...CAGGATGTGGATGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTTTCCTGAGCAAGATGGAGTTGGAGGGCAAGCTGGAGGCTCTGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102652 TTTTCCTGAGCAAGATGGAGTTGGAGGGCAAGCTGGAGGCTCTGAGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TACCTCTACTTCTTGAAGCATCTGAATGAAGAA         GAGCTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102702 TACCTCTACTTCTTGAAGCATCTGAATGAAGAAGTG...CAGGAGCTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCAGCTCCAGACCCAGGCCAGCGACACGTCTGTGGTGCTGTCCATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104216 CCAGCTCCAGACCCAGGCCAGCGACACGTCTGTGGTGCTGTCCATGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACAACCGCTACCTGGACTTCAGCAGCATCATCACTGAGGTCCGCGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104266 ACAACCGCTACCTGGACTTCAGCAGCATCATCACTGAGGTCCGCGCCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TACGAGGAGATCGCCCGGAGCAGCAAGGCTGAGGCTGAGGCCTTGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104316 TACGAGGAGATCGCCCGGAGCAGCAAGGCTGAGGCTGAGGCCTTGTACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GACCAAG         TACCAGGAACTTCAGGTGTCTGCCCAGCTTCATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104366 GACCAAGGTG...CAGTACCAGGAACTTCAGGTGTCTGCCCAGCTTCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGGACAGGATGCAGGAAACGAAAGTCCAGATCTCTCAGCTACACCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104747 GGGACAGGATGCAGGAAACGAAAGTCCAGATCTCTCAGCTACACCAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ATTCAGAGGCTGCAGAGTCAGACTGAGAACCTCAAGAAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104797 ATTCAGAGGCTGCAGAGTCAGACTGAGAACCTCAAGAAGCAGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1048  AACGCCAGCCTGCAGGCCGCCATCACTGATGCTGAGCAGCGTGGGGAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108946 GAACGCCAGCCTGCAGGCCGCCATCACTGATGCTGAGCAGCGTGGGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGGCCCTCAAGGACGCTCAGGCCAAGGTGGACGAGCTGGAGGCTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108996 TGGCCCTCAAGGACGCTCAGGCCAAGGTGGACGAGCTGGAGGCTGCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGGATGGCCAAGCAGAACCTGGCCCGGCTGCTGTGCGAGTACCAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109046 AGGATGGCCAAGCAGAACCTGGCCCGGCTGCTGTGCGAGTACCAGGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GACGAGCACGAAGCTTTCCCTGGATGTGGAGATTGCCACTTACCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109096 GACGAGCACGAAGCTTTCCCTGGATGTGGAGATTGCCACTTACCGCAGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGCTGGAGGGCGAGGAGTGCAG         GATGTCTGGGGAGTGCACC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109146 TGCTGGAGGGCGAGGAGTGCAGGTG...TAGGATGTCTGGGGAGTGCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGCCAGGTCACTATCT         CCTCGGTGGGAGGCAGCGCTGTCAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109463 AGCCAGGTCACTATCTGTG...CAGCCTCGGTGGGAGGCAGCGCTGTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GTCTGGAGGAGTTGGTGGAGGCTTGGGGAGCACTTGTGGACTCGGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109584 GTCTGGAGGAGTTGGTGGAGGCTTGGGGAGCACTTGTGGACTCGGTAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGAAAGGCAGCCCTGGGTCCTGCTGCACCAGCATTGTGACTGGAGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109634 GGAAAGGCAGCCCTGGGTCCTGCTGCACCAGCATTGTGACTGGAGGCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AACATCATTCTGGGCTCTGGGAAGGACCCTGTTTTGGATTCCTGCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109684 AACATCATTCTGGGCTCTGGGAAGGACCCTGTTTTGGATTCCTGCTCTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GTCTGGCTCCAGCGCTGGCTCCAGCTGCCACACCATCCTGAAGAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109734 GTCTGGCTCCAGCGCTGGCTCCAGCTGCCACACCATCCTGAAGAAGACAG

   1600     .    :    .    :    .    :
   1529 TTGAGTCGAGTCTGAAGACATCCATCACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 109784 TTGAGTCGAGTCTGAAGACATCCATCACCTAC