seq1 = pF1KB7243.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KB7243/gi568815589r_137334917.tfa (gi568815589r:137334917_137538285), 203369 bp

>pF1KB7243 1374
>gi568815589r:137334917_137538285 (Chr9)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-244  (100202-100319)   100% ->
245-395  (100977-101127)   100% ->
396-555  (101258-101417)   100% ->
556-786  (101535-101765)   100% ->
787-1050  (102010-102273)   100% ->
1051-1185  (102948-103082)   100% ->
1186-1374  (103181-103369)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTGTCCCGGAAGGAGCAGGTCTTCTTGGCCCTGCTGGGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCTGTCCCGGAAGGAGCAGGTCTTCTTGGCCCTGCTGGGGGCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGTCTCAGGCCTCACGGCACTCATTCTCCTCCTGGTGGAGGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGTCTCAGGCCTCACGGCACTCATTCTCCTCCTGGTGGAGGCCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTGCTCCTGCCCACAGACATCAAG         TTTGGGATCGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 GCGTGCTCCTGCCCACAGACATCAAGGTG...CAGTTTGGGATCGTGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGCGGGCTCCTCCCACACGTCCCTCTTCCTGTATCAGTGGCTGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100217 GATGCGGGCTCCTCCCACACGTCCCTCTTCCTGTATCAGTGGCTGGCGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGGAGAATGGCACGGGTGTGGTCAGCCAGGCCCTGGCCTGCCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100267 CAAGGAGAATGGCACGGGTGTGGTCAGCCAGGCCCTGGCCTGCCAGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAG         GGCCTGGAATCTCCTCCTACACTTCTAATGCTGCACAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100317 AAGGTT...CAGGGCCTGGAATCTCCTCCTACACTTCTAATGCTGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGGTGAGAGCCTGCAGGGCTGCTTGGAGGAGGCGCTGGTGCTGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 GCTGGTGAGAGCCTGCAGGGCTGCTTGGAGGAGGCGCTGGTGCTGATCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAGGCCCAGCATCGGAAAACACCCACGTTCCTGGGGGCCACGGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 AGAGGCCCAGCATCGGAAAACACCCACGTTCCTGGGGGCCACGGCTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGGTTGCTCAG         CCGGAAGAACAGCTCTCAGGCCAGGGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101115 TGAGGTTGCTCAGGTG...CAGCCGGAAGAACAGCTCTCAGGCCAGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCTTTGCAGCAGTCACCCAGGTCCTGGGCCGGTCTCCCGTGGACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101286 ATCTTTGCAGCAGTCACCCAGGTCCTGGGCCGGTCTCCCGTGGACTTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGTGCCGAGCTCCTGGCCGGGCAGGCCGAAGGTGCCTTTGGTTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101336 GGGTGCCGAGCTCCTGGCCGGGCAGGCCGAAGGTGCCTTTGGTTGGATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGTCAACTACGGCTTGGGGACGCTGGTCAAG         TACTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101386 CTGTCAACTACGGCTTGGGGACGCTGGTCAAGGTG...CAGTACTCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTGGAGAATGGATCCAGCCTCCGGAGGAGATGCTGGTGGGTGCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101544 ACTGGAGAATGGATCCAGCCTCCGGAGGAGATGCTGGTGGGTGCCCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATGGGAGGGGCCTCCACCCAGATCACGTTCGTGCCTGGGGGCCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101594 CATGGGAGGGGCCTCCACCCAGATCACGTTCGTGCCTGGGGGCCCCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGACAAGAGCACCCAGGCCGATTTTCGCCTCTACGGCTCCGACTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101644 TGGACAAGAGCACCCAGGCCGATTTTCGCCTCTACGGCTCCGACTACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCTACACTCACAGCTACCTGTGCTTTGGACGGGACCAGATGCTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 GTCTACACTCACAGCTACCTGTGCTTTGGACGGGACCAGATGCTGAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTCCTCGTGGGGCTGGTACAG         AGCCGCCCGGCTGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101744 GCTCCTCGTGGGGCTGGTACAGGTC...CAGAGCCGCCCGGCTGCCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCGTCACCCGTGCTACCTCAGCGGCTACCAGACCACACTGGCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 TCCGTCACCCGTGCTACCTCAGCGGCTACCAGACCACACTGGCCCTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCGCTGTATGAGTCACCCTGTGTCCACGCCACGCCCCCGCTGAGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 CCGCTGTATGAGTCACCCTGTGTCCACGCCACGCCCCCGCTGAGCCTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCAGAACCTCACAGTTGAAGGGACAGGCAACCCTGGAGCCTGCGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 CCAGAACCTCACAGTTGAAGGGACAGGCAACCCTGGAGCCTGCGTCTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCATCCGGGAACTTTTCAACTTCTCCAGCTGCCAGGGCCAGGAGGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102179 CCATCCGGGAACTTTTCAACTTCTCCAGCTGCCAGGGCCAGGAGGACTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCCTTTGACGGGGTCTACCAGCCCCCGCTGCGGGGCCAGTTCTAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102229 GCCTTTGACGGGGTCTACCAGCCCCCGCTGCGGGGCCAGTTCTATGTG..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051     GTGGAGGCCAGCTACCCTGGGCAGGACCGCTGGCTGCGGGACTACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102279 .CAGGTGGAGGCCAGCTACCCTGGGCAGGACCGCTGGCTGCGGGACTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTGCCTCAGGCCTGTACATCCTCACCCTCCTGCACGAGGGCTACGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102994 GTGCCTCAGGCCTGTACATCCTCACCCTCCTGCACGAGGGCTACGGGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGCGAGGAGACCTGGCCCAGCCTCGAGTTCCGAAAGCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103044 AGCGAGGAGACCTGGCCCAGCCTCGAGTTCCGAAAGCAGGTG...CAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGGCGGTGTGGACATTGGCTGGACACTGGGCTACATGCTGAACCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103183 GGGCGGTGTGGACATTGGCTGGACACTGGGCTACATGCTGAACCTGACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGATGATCCCGGCCGATGCGCCGGCTCAGTGGCGGGCAGAGAGCTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103233 GGATGATCCCGGCCGATGCGCCGGCTCAGTGGCGGGCAGAGAGCTACGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTCTGGGTGGCCAAAGTGGTGTTCATGGTGCTGGCCCTGGTGGCGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103283 GTCTGGGTGGCCAAAGTGGTGTTCATGGTGCTGGCCCTGGTGGCGGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .
   1338 GGGGGCTGCCTTGGTCCAGCTCTTCTGGTTGCAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103333 GGGGGCTGCCTTGGTCCAGCTCTTCTGGTTGCAGGAC