seq1 = pF1KB7239.tfa, 672 bp
seq2 = pF1KB7239/gi568815575r_18542007.tfa (gi568815575r:18542007_18772068), 230062 bp

>pF1KB7239 672
>gi568815575r:18542007_18772068 (ChrX)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-78  (114404-114429)   100% ->
79-184  (115311-115416)   100% ->
185-326  (124737-124878)   100% ->
327-522  (127444-127639)   100% ->
523-672  (129913-130062)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACGCAAGATAGAAGGCTTTTTGTTATTACTTCTCTTTGGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACGCAAGATAGAAGGCTTTTTGTTATTACTTCTCTTTGGCTATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         CCACATTGGGATTATCGTCTACCGAG         GATG
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 AGGTA...TAGCCACATTGGGATTATCGTCTACCGAGGTA...CAGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AAGGCGAGGACCCCTGGTACCAAAAAGCATGCAAGTGCGATTGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115315 AAGGCGAGGACCCCTGGTACCAAAAAGCATGCAAGTGCGATTGCCAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGACCCAATGCTCTGTGGTCTGCAGGTGCCACCTCCTTGGACTGTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115365 GGACCCAATGCTCTGTGGTCTGCAGGTGCCACCTCCTTGGACTGTATACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AG         AATGCCCATATCACAAGCCTCTGGGTTTCGAGTCAGGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115415 AGGTG...CAGAATGCCCATATCACAAGCCTCTGGGTTTCGAGTCAGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGTCACACCGGACCAGATCACCTGCTCTAACCCGGAGCAGTATGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124776 AGGTCACACCGGACCAGATCACCTGCTCTAACCCGGAGCAGTATGTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGTATTCTTCGTGGACTGCAAACAAGGCCCGGCTCAACAGTCAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124826 TGGTATTCTTCGTGGACTGCAAACAAGGCCCGGCTCAACAGTCAAGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGG         GTGTGCCTGGCTCTCCAAGTTCCAGGACAGTAGCCAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124876 TGGGTA...CAGGTGTGCCTGGCTCTCCAAGTTCCAGGACAGTAGCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGTTACAGATAGATCTGAAGGAGATCAAAGTGATTTCAGGGATCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127482 GGTTACAGATAGATCTGAAGGAGATCAAAGTGATTTCAGGGATCCTCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGGGGCGCTGTGACATCGATGAGTGGATGACCAAGTACAGCGTGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127532 CAGGGGCGCTGTGACATCGATGAGTGGATGACCAAGTACAGCGTGCAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGGACCGATGAGCGCCTGAACTGGATTTACTACAAGGACCAGACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127582 CAGGACCGATGAGCGCCTGAACTGGATTTACTACAAGGACCAGACTGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAACCGG         GTCTTCTATGGCAACTCGGACCGCACCTCCACG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 127632 ACAACCGGGTA...TAGGTCTTCTATGGCAACTCGGACCGCACCTCCACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTCAGAACCTGCTGCGGCCCCCCATCATCTCCCGCTTCATCCGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129946 GTTCAGAACCTGCTGCGGCCCCCCATCATCTCCCGCTTCATCCGCCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCCGCTGGGCTGGCACGTCCGCATTGCCATCCGGATGGAGCTGCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129996 CCCGCTGGGCTGGCACGTCCGCATTGCCATCCGGATGGAGCTGCTGGAGT

    700     .    :    .
    656 GCGTCAGCAAGTGTGCC
        |||||||||||||||||
 130046 GCGTCAGCAAGTGTGCC