seq1 = pF1KB7235.tfa, 1905 bp
seq2 = pF1KB7235/gi568815597f_43237849.tfa (gi568815597f:43237849_43452769), 214921 bp

>pF1KB7235 1905
>gi568815597f:43237849_43452769 (Chr1)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-212  (100251-100383)   100% ->
213-391  (100694-100872)   100% ->
392-690  (101423-101721)   100% ->
691-853  (102116-102278)   100% ->
854-980  (102539-102665)   100% ->
981-1165  (108597-108781)   100% ->
1166-1308  (108944-109086)   100% ->
1309-1468  (110995-111154)   100% ->
1469-1565  (111415-111511)   100% ->
1566-1653  (114368-114455)   100% ->
1654-1905  (114670-114921)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTCCTGGGCCCTCTTCATGGTCACCTCCTGCCTCCTCCTGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCTCCTGGGCCCTCTTCATGGTCACCTCCTGCCTCCTCCTGGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAAACCTGGCCCAAGTCAGCAGCCAAG         ATGTCTCCTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 TCAAAACCTGGCCCAAGTCAGCAGCCAAGGTG...TAGATGTCTCCTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCATCAGACTCAGAGCCCCTGAAGTGTTTCTCCCGAACATTTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100263 TGGCATCAGACTCAGAGCCCCTGAAGTGTTTCTCCCGAACATTTGAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCACTTGCTTCTGGGATGAGGAAGAGGCAGCGCCCAGTGGGACATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100313 CTCACTTGCTTCTGGGATGAGGAAGAGGCAGCGCCCAGTGGGACATACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGCTGTATGCCTACCCGCG         GGAGAAGCCCCGTGCTTGCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100363 GCTGCTGTATGCCTACCCGCGGTA...CAGGGAGAAGCCCCGTGCTTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTGAGTTCCCAGAGCATGCCCCACTTTGGAACCCGATACGTGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100714 CCCTGAGTTCCCAGAGCATGCCCCACTTTGGAACCCGATACGTGTGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTCCAGACCAGGAGGAAGTGCGTCTCTTCTTTCCGCTGCACCTCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100764 TTTCCAGACCAGGAGGAAGTGCGTCTCTTCTTTCCGCTGCACCTCTGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGAATGTGTTCCTAAACCAGACTCGGACTCAGCGAGTCCTCTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100814 GAAGAATGTGTTCCTAAACCAGACTCGGACTCAGCGAGTCCTCTTTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGTGTAG         GCCTGCCGGCTCCCCCCAGTATCATCAAGGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100864 ACAGTGTAGGTA...CAGGCCTGCCGGCTCCCCCCAGTATCATCAAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGGGTGGGAGCCAGCCAGGGGAACTTCAGATCAGCTGGGAGGAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101455 ATGGGTGGGAGCCAGCCAGGGGAACTTCAGATCAGCTGGGAGGAGCCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCAGAAATCAGTGATTTCCTGAGGTACGAACTCCGCTATGGCCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101505 TCCAGAAATCAGTGATTTCCTGAGGTACGAACTCCGCTATGGCCCCAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCCCAAGAACTCCACTGGTCCCACGGTCATACAGCTGATTGCCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101555 ATCCCAAGAACTCCACTGGTCCCACGGTCATACAGCTGATTGCCACAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCTGCTGCCCTGCTCTGCAGAGGCCTCACTCAGCCTCTGCTCTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101605 ACCTGCTGCCCTGCTCTGCAGAGGCCTCACTCAGCCTCTGCTCTGGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTCTCCATGTGCTCAGCCCACAATGCCCTGGCAAGATGGACCAAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101655 GTCTCCATGTGCTCAGCCCACAATGCCCTGGCAAGATGGACCAAAGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTCCCCAAGTAGAGAA         GCTTCAGCTCTGACAGCAGAGGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101705 CCTCCCCAAGTAGAGAAGTA...AAGGCTTCAGCTCTGACAGCAGAGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAAGCTGCCTCATCTCAGGACTCCAGCCTGGCAACTCCTACTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102140 GGAAGCTGCCTCATCTCAGGACTCCAGCCTGGCAACTCCTACTGGCTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTGCGCAGCGAACCTGATGGGATCTCCCTCGGTGGCTCCTGGGGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102190 GCTGCGCAGCGAACCTGATGGGATCTCCCTCGGTGGCTCCTGGGGATCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGTCCCTCCCTGTGACTGTGGACCTGCCTGGAGATGCAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102240 GGTCCCTCCCTGTGACTGTGGACCTGCCTGGAGATGCAGGTG...TAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCACTTGGACTGCAATGCTTTACCTTGGACCTGAAGAATGTTACCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 GCACTTGGACTGCAATGCTTTACCTTGGACCTGAAGAATGTTACCTGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATGGCAGCAACAGGACCATGCTAGCTCCCAAGGCTTCTTCTACCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 ATGGCAGCAACAGGACCATGCTAGCTCCCAAGGCTTCTTCTACCACAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGGCACGGTGCTGCCCCAGAGACAG         GTACCCCATCTGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102641 GGGCACGGTGCTGCCCCAGAGACAGGTG...TAGGTACCCCATCTGGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AACTGCGAAGAGGAAGAGAAAACAAATCCAGGACTACAGACCCCACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108613 AACTGCGAAGAGGAAGAGAAAACAAATCCAGGACTACAGACCCCACAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTCTCGCTGCCACTTCAAGTCACGAAATGACAGCATTATTCACATCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108663 CTCTCGCTGCCACTTCAAGTCACGAAATGACAGCATTATTCACATCCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGGAGGTGACCACAGCCCCGGGTACTGTTCACAGCTACCTGGGCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108713 TGGAGGTGACCACAGCCCCGGGTACTGTTCACAGCTACCTGGGCTCCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTCTGGATCCACCAGGCTG         TGCGCCTCCCCACCCCAAACTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108763 TTCTGGATCCACCAGGCTGGTA...TAGTGCGCCTCCCCACCCCAAACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCACTGGAGGGAGATCTCCAGTGGGCATCTGGAATTGGAGTGGCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108966 GCACTGGAGGGAGATCTCCAGTGGGCATCTGGAATTGGAGTGGCAGCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CATCGTCCTGGGCAGCCCAAGAGACCTGTTATCAACTCCGATACACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109016 CATCGTCCTGGGCAGCCCAAGAGACCTGTTATCAACTCCGATACACAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAAGGCCATCAGGACTGGAAG         GTGCTGGAGCCGCCTCTCGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109066 GAAGGCCATCAGGACTGGAAGGTA...CAGGTGCTGGAGCCGCCTCTCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGCCCGAGGAGGGACCCTGGAGCTGCGCCCGCGATCTCGCTACCGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111015 GGCCCGAGGAGGGACCCTGGAGCTGCGCCCGCGATCTCGCTACCGTTTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGCTGCGCGCCAGGCTCAACGGCCCCACCTACCAAGGTCCCTGGAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111065 AGCTGCGCGCCAGGCTCAACGGCCCCACCTACCAAGGTCCCTGGAGCTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TGGTCGGACCCAACTAGGGTGGAGACCGCCACCGAGACCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111115 TGGTCGGACCCAACTAGGGTGGAGACCGCCACCGAGACCGGTG...TAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTGGATCTCCTTGGTGACCGCTCTGCATCTAGTGCTGGGCCTCAGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111416 CTGGATCTCCTTGGTGACCGCTCTGCATCTAGTGCTGGGCCTCAGCGCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCCTGGGCCTGCTGCTGCTGAGGTGGCAGTTTCCTGCACACTACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111466 TCCTGGGCCTGCTGCTGCTGAGGTGGCAGTTTCCTGCACACTACAGGTA.

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566      GAGACTGAGGCATGCCCTGTGGCCCTCACTTCCAGACCTGCACCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111516 ..CAGGAGACTGAGGCATGCCCTGTGGCCCTCACTTCCAGACCTGCACCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGTCCTAGGCCAGTACCTTAGGGACACTGCAGCCCTGAGCCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114413 GGTCCTAGGCCAGTACCTTAGGGACACTGCAGCCCTGAGCCCGGTG...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1654   CCCAAGGCCACAGTCTCAGATACCTGTGAAGAAGTGGAACCCAGCCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114668 AGCCCAAGGCCACAGTCTCAGATACCTGTGAAGAAGTGGAACCCAGCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTTGAAATCCTCCCCAAGTCCTCAGAGAGGACTCCTTTGCCCCTGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114718 CTTGAAATCCTCCCCAAGTCCTCAGAGAGGACTCCTTTGCCCCTGTGTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CTCCCAGGCCCAGATGGACTACCGAAGATTGCAGCCTTCTTGCCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114768 CTCCCAGGCCCAGATGGACTACCGAAGATTGCAGCCTTCTTGCCTGGGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCATGCCCCTGTCTGTGTGCCCACCCATGGCTGAGTCAGGGTCCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114818 CCATGCCCCTGTCTGTGTGCCCACCCATGGCTGAGTCAGGGTCCTGCTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ACCACCCACATTGCCAACCATTCCTACCTACCACTAAGCTATTGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114868 ACCACCCACATTGCCAACCATTCCTACCTACCACTAAGCTATTGGCAGCA

   2000 
   1902 GCCT
        ||||
 114918 GCCT