seq1 = pF1KB7231.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KB7231/gi568815594r_189882526.tfa (gi568815594r:189882526_190084869), 202344 bp

>pF1KB7231 1302
>gi568815594r:189882526_190084869 (Chr4)

(complement)

1-57  (99999-100055)   98% ->
58-166  (100318-100426)   100% ->
167-277  (100505-100615)   100% ->
278-1302  (101320-102344)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGAGCTTGTGCTCACGCAGACCGGGCAGTGCGGGAACCAGATCGG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 ACGAGGGAGCTTGTGCTCACGCAGACCGGGCAGTGCGGGAACCAGATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAAG         TTCTGGGAGGTGATCTCTGATGAACATGCCATCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CGCCAAGGTT...CAGTTCTGGGAGGTGATCTCTGATGAACATGCCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCCGCTGGCACCTACCACGGGGACAGCCACCTGCAGCTGGAGCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100352 ACTCCGCTGGCACCTACCACGGGGACAGCCACCTGCAGCTGGAGCGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGTGCACCACCACGAGGCCAGCG         GTGGCAGGTACGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100402 AACGTGCACCACCACGAGGCCAGCGGTG...CAGGTGGCAGGTACGTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGCGCTGTGCTCGTGGATCTGGAGCCGGGCACCATGGACTCTGTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100521 CCGCGCTGTGCTCGTGGATCTGGAGCCGGGCACCATGGACTCTGTGCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGGGCCCTTCGGGCAGGTCTTCAGGCCAGACAACTTCATTTCCC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100571 CGGGGCCCTTCGGGCAGGTCTTCAGGCCAGACAACTTCATTTCCCGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GTCAGTGTGGGGCCGGAAACAACTGGGCCAAGGGACGCTACACCGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100621 .CAGGTCAGTGTGGGGCCGGAAACAACTGGGCCAAGGGACGCTACACCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGCGCGGAGCTGACGGAGTCAGTGATGGACGTTGTCAGAAAGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101366 AGGCGCGGAGCTGACGGAGTCAGTGATGGACGTTGTCAGAAAGGAGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101416 AGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGACTGGGTCTGGGATGGGTACCCTTCTCATTAGTAAGATCTGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101466 GGGACTGGGTCTGGGATGGGTACCCTTCTCATTAGTAAGATCTGGGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACCCAGACAGGATTATAAACACATTGAGCATCCTGCTCTTGCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101516 GTACCCAGACAGGATTATAAACACATTGAGCATCCTGCTCTTGCCCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTCAGACACCGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACCCTCTCAGTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 TGTCAGACACCGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACCCTCTCAGTCCACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCATAGAAAACGCAGATGAGACCTTCTGCATAGATAACGAAGCGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101616 CTCATAGAAAACGCAGATGAGACCTTCTGCATAGATAACGAAGCGCTATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGACATATGTTCCAGGACCCTAAAACTGCCCACACCCACCTATGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101666 TGACATATGTTCCAGGACCCTAAAACTGCCCACACCCACCTATGGTGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAACCACCTGGTGTCTGCTACCATGAGTGGGGTCACCACGTGCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101716 TGAACCACCTGGTGTCTGCTACCATGAGTGGGGTCACCACGTGCCTGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCCCCGACCAGCTGAATGCTGACCTGCGGAAGCTGGCCATGAACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101766 TTCCCCGACCAGCTGAATGCTGACCTGCGGAAGCTGGCCATGAACATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCCGTTTCCCCGGCTGCATTTCTTCATGCCCGGCTTTGCCCCACTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101816 CCCGTTTCCCCGGCTGCATTTCTTCATGCCCGGCTTTGCCCCACTGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCGGGGCAGCCAGCAGTACCGGGCCTTGACTGTGGCTGAGCTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101866 GCCGGGGCAGCCAGCAGTACCGGGCCTTGACTGTGGCTGAGCTCACCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGATGTTTGATGCTAAGAACATGATGGCTGCCCGTGACCCCCGTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101916 CAGATGTTTGATGCTAAGAACATGATGGCTGCCCGTGACCCCCGTCACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCGCTACCTAACGGCGGCTGCCATTTTCCAGGGTCGCATGCCCATGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101966 CCGCTACCTAACGGCGGCTGCCATTTTCCAGGGTCGCATGCCCATGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGTGGATGAACAGATGTTCAACATTCAAGATAAGAACAGCAGCTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102016 AGGTGGATGAACAGATGTTCAACATTCAAGATAAGAACAGCAGCTACTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCTGACTGGTTCCCCAACAACGTAAAAACAGCCGTCTGTGACATCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102066 GCTGACTGGTTCCCCAACAACGTAAAAACAGCCGTCTGTGACATCCCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTGGGGGCTAAAAATGTCAGTCACCTTCACTGGGAACAACACAGCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102116 CTGGGGGCTAAAAATGTCAGTCACCTTCACTGGGAACAACACAGCCGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGGAACTCAAGCGGGTCTCAGAGCAGTTTACAGCAACGTTCAGGCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102166 AGGAACTCAAGCGGGTCTCAGAGCAGTTTACAGCAACGTTCAGGCGCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCCTTCCTCCACTGGTACACGGGCGAGGGCATGGATGAGATGGAATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102216 GCCTTCCTCCACTGGTACACGGGCGAGGGCATGGATGAGATGGAATTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGAGGCCGAGAGCAACATGAACGACTTGGTGTCTGAATATCAGCAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102266 TGAGGCCGAGAGCAACATGAACGACTTGGTGTCTGAATATCAGCAATATC

   1300     .    :    .    :    .
   1274 AGGATGCCACGGCCGAGGGAGGAGGAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 102316 AGGATGCCACGGCCGAGGGAGGAGGAGTA