seq1 = pF1KB7226.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KB7226/gi568815578f_32931648.tfa (gi568815578f:32931648_33143367), 211720 bp

>pF1KB7226 1359
>gi568815578f:32931648_33143367 (Chr20)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-197  (101337-101436)   100% ->
198-302  (102539-102643)   100% ->
303-452  (103116-103265)   100% ->
453-516  (103434-103497)   100% ->
517-577  (103965-104025)   100% ->
578-669  (104798-104889)   100% ->
670-846  (105915-106091)   100% ->
847-900  (107262-107315)   100% ->
901-1074  (107700-107873)   100% ->
1075-1142  (108604-108671)   98% ->
1143-1188  (110323-110368)   100% ->
1189-1252  (111168-111231)   100% ->
1253-1329  (111644-111720)   98% ->
1330-1359  (112368-112397)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGGATCCTGTGCCTGGCACTCTGCAGCCTGCTGACTGGCACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGGATCCTGTGCCTGGCACTCTGCAGCCTGCTGACTGGCACGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGACCCTGGGGCACTGCTGCGGTTGGGCATGGACATCATGAACC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 AGCTGACCCTGGGGCACTGCTGCGGTTGGGCATGGACATCATGAACCGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       AGGTCCAGAGCGCCATGGATGAGAGTCATATCCTGGAGAAGATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGAGGTCCAGAGCGCCATGGATGAGAGTCATATCCTGGAGAAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGCCGAGGCAGGCAAGAAACAGCCAGGGATGAAACCTATCAAGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101381 GCAGCCGAGGCAGGCAAGAAACAGCCAGGGATGAAACCTATCAAGGGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCAA         TTTGAAGGTGAAGGATGTCCAGCTGCCCGTCATCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101431 CACCAAGTG...CAGTTTGAAGGTGAAGGATGTCCAGCTGCCCGTCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACTGAACTTTGTACCTGGAGTGGGCATCTTCCAATGTGTGTCCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102574 CACTGAACTTTGTACCTGGAGTGGGCATCTTCCAATGTGTGTCCACAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGACCGTCACTGGCAAGAG         CTTCATGGGAGGGAACATGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102624 ATGACCGTCACTGGCAAGAGGTG...CAGCTTCATGGGAGGGAACATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATCATCGTGGCCCTGAACATCACAGCCACCAACCGGCTTCTGCGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103137 GATCATCGTGGCCCTGAACATCACAGCCACCAACCGGCTTCTGCGGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGAGACAGGCCTCCCCGTGTTCAAGAGTGAGGGCTGTGAGGTCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103187 AGGAGACAGGCCTCCCCGTGTTCAAGAGTGAGGGCTGTGAGGTCATCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCAATGTGAAGACTAACCTGCCTAGCAA         CATGCTCCCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103237 GTCAATGTGAAGACTAACCTGCCTAGCAAGTG...TAGCATGCTCCCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATGGTCAACAAGTTCCTGGACAGCACCCTGCACAAAGTCCTCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103446 GATGGTCAACAAGTTCCTGGACAGCACCCTGCACAAAGTCCTCCCTGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TG         ATGTGTCCCGCCATCGATGCAGTCCTGGTGTATGTGAAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103496 TGGTG...CAGATGTGTCCCGCCATCGATGCAGTCCTGGTGTATGTGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGGAAGTGGACCAACCTCAGTG         ACCCCATGCCTGTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104004 AGGAAGTGGACCAACCTCAGTGGTG...CAGACCCCATGCCTGTGGGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATGGGCACCGTCAAATATGTTCTGATGTCCGCACCAGCCACCACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104817 GATGGGCACCGTCAAATATGTTCTGATGTCCGCACCAGCCACCACAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCTACATCCAACTGGACTTCAGT         CCTGTGGTGCAGCAGCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104867 GCTACATCCAACTGGACTTCAGTGTA...TAGCCTGTGGTGCAGCAGCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGGGCAAAACCATCAAGCTTGCTGATGCCGGGGAGGCCCTCACGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105933 AAGGGCAAAACCATCAAGCTTGCTGATGCCGGGGAGGCCCTCACGTTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAGGGTTATGCCAAAGGCTCGTCGCAGCTGCTGCTCCCAGCCACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105983 TGAGGGTTATGCCAAAGGCTCGTCGCAGCTGCTGCTCCCAGCCACCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTCTGCAGAGCTTGCCCTTCTGCAGAAGTCCTTTCATGTGAATATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106033 TCTCTGCAGAGCTTGCCCTTCTGCAGAAGTCCTTTCATGTGAATATCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATACAATG         ATTGGTGAGCTGCCCCCACAAACCACCAAGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106083 GATACAATGGTG...TAGATTGGTGAGCTGCCCCCACAAACCACCAAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGGCTCGCTTCATTCCTGAA         GTGGCTGTAGCTTATCCCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107294 CCTGGCTCGCTTCATTCCTGAAGTG...TAGGTGGCTGTAGCTTATCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGTCAAAGCCCTTGACGACCCAGATCAAGATAAAGAAGCCTCCCAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107719 AGTCAAAGCCCTTGACGACCCAGATCAAGATAAAGAAGCCTCCCAAGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACTATGAAGACAGGCAAGAGCCTGCTGCACCTCCACAGCACCCTGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107769 ACTATGAAGACAGGCAAGAGCCTGCTGCACCTCCACAGCACCCTGGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTTCGCAGCTCGGTGGCGGAGCAAGGCTCCAATGTCCCTCTTTCTCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107819 GTTCGCAGCTCGGTGGCGGAGCAAGGCTCCAATGTCCCTCTTTCTCCTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGTG         CACTTCAATCTGAAGGTCCAGTACTCAGTGCACGAG
        |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 107869 AAGTGGTG...CAGCACTTCAATCTGAAGGTCCAGTACTCAGTGCATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AACCAGCTGCAGATGGCCACTTCTTTGGACAG         ATTACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108640 AACCAGCTGCAGATGGCCACTTCTTTGGACAGGTA...CAGATTACTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTTGTCCCGGAAGTCCTCATCGATTGGCAACTTCAAT         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110332 CTTGTCCCGGAAGTCCTCATCGATTGGCAACTTCAATGTA...CAGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GGGAATTAACTGGCTTCATCACCAGCTATCTCGAAGAAGCCTACATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111172 GGGAATTAACTGGCTTCATCACCAGCTATCTCGAAGAAGCCTACATCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTTGTCAATG         ATGTGCTTCAAGTGGGGCTCCCACTCCCGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111222 GTTGTCAATGGTG...CAGATGTGCTTCAAGTGGGGCTCCCACTCCCGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CTTTCTGGCCATGAATTACAATCTGGCTGAGCTGGACATAGTAGAG    
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||>>>.
 111675 CTTTCTGGCCATGAATTACAACCTGGCTGAGCTGGACATAGTAGAGGTG.

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1330      AATGCCCTGATGCTGGACTTGAAGCTGGGC
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111725 ..CAGAATGCCCTGATGCTGGACTTGAAGCTGGGC