seq1 = pF1KB7224.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KB7224/gi568815582r_1319946.tfa (gi568815582r:1319946_1529344), 209399 bp

>pF1KB7224 1068
>gi568815582r:1319946_1529344 (Chr16)

(complement)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-238  (100840-100933)   100% ->
239-503  (102962-103226)   100% ->
504-792  (108733-109021)   100% ->
793-1068  (109124-109399)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCTCATGGTGAGGGGTGGGGTCACCTGCAGGTCCCAGGAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCTCATGGTGAGGGGTGGGGTCACCTGCAGGTCCCAGGAAAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGAGTGGGGACAGGGACAGCATCGGCACAGCCACCAGTTACGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGGAGTGGGGACAGGGACAGCATCGGCACAGCCACCAGTTACGGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCTTACTGCTCCTTCACAGGCAGAAGCCGAGCCGACGCCCCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 CTCCTTACTGCTCCTTCACAGGCAGAAGCCGAGCCGACGCCCCGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    GCGCGGGCGGCAGGAAATGGCCAGCCCAGGCTTCGGGCGCAGGTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100837 AAGGCGCGGGCGGCAGGAAATGGCCAGCCCAGGCTTCGGGCGCAGGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCAGCTCGGCCTCGTCGGTGCTGGTCACTGTCCTGGACGCCAAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100887 CCTCAGCTCGGCCTCGTCGGTGCTGGTCACTGTCCTGGACGCCAAGGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       CTCTGCCCCTGACTCTGCTGTCCTGGGGCAGCTTGTGCGCAACT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100937 ...CAGCTCTGCCCCTGACTCTGCTGTCCTGGGGCAGCTTGTGCGCAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCAAAACCACAACAACCAGGAAGGTGCACCAGCCCAACCCAAAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103006 GCCCAAAACCACAACAACCAGGAAGGTGCACCAGCCCAACCCAAAGGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATGGCTAACCAGAGGGCCCTTCGATTTCCACCTCCTTCAGGAAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103056 CATGGCTAACCAGAGGGCCCTTCGATTTCCACCTCCTTCAGGAAGCCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGGGCTGCACACCAGGATGAGGCTGACCAGTCCTCCCCAACCACACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103106 CTGGGCTGCACACCAGGATGAGGCTGACCAGTCCTCCCCAACCACACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGCCCCCTCCTCCCACAACAGTGGGTGCTCCCAGGTCCCTACAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103156 GAGCCCCCTCCTCCCACAACAGTGGGTGCTCCCAGGTCCCTACAGGGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGGTTTGGCAGTGATTCCAG         GGCCGTCCGGGCGCTGAGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103206 CTGGTTTGGCAGTGATTCCAGGTG...CAGGGCCGTCCGGGCGCTGAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATAGGCTGGGCTTCCCGAAGCCTTCATCCGTTGCCCGGTTCCCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108753 TCATAGGCTGGGCTTCCCGAAGCCTTCATCCGTTGCCCGGTTCCCGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGGGCCCACCCTGCCGCCGAGGAAGAGGACGACCCTGACCGCCCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108803 CGGGCCCACCCTGCCGCCGAGGAAGAGGACGACCCTGACCGCCCCATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTTTCCTCCAGCAAAGCCAACCCTCACCGCTGGTCGGTGGGCCATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108853 GTTTTCCTCCAGCAAAGCCAACCCTCACCGCTGGTCGGTGGGCCATACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGGAAAGGGACATCAGCGGCCCTGGTGGAAGGTGCTGCCCCTCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108903 TGGGAAAGGGACATCAGCGGCCCTGGTGGAAGGTGCTGCCCCTCAGCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCCTCGTGGCGCTGATCATCTGGTGCTACCTGAGGGAGGAGAGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108953 TTCCTCGTGGCGCTGATCATCTGGTGCTACCTGAGGGAGGAGAGCGAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGACCAGTGGTTGAGACAG         GAAGGGAGCCGACAGCCGCCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109003 GGACCAGTGGTTGAGACAGGTG...CAGGAAGGGAGCCGACAGCCGCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCGGATTTGATGTCACGTTTGCCCGTGACTGTCCTGGCTATGCGTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109146 TCGGATTTGATGTCACGTTTGCCCGTGACTGTCCTGGCTATGCGTGCGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCAGCACTGAAGGACTTGGCTGGTGGATGGGGCACTTGGCTATGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109196 CTCAGCACTGAAGGACTTGGCTGGTGGATGGGGCACTTGGCTATGCTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCGCGTGAAGGCGGAGCAGAATCTCAGCAGATCGGAAACTGCTCCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109246 TCGCGTGAAGGCGGAGCAGAATCTCAGCAGATCGGAAACTGCTCCTCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGGCTCTTGATGTCCAAGGATTCCATCGGCAAGACTTCTCAGATCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109296 TGGCTCTTGATGTCCAAGGATTCCATCGGCAAGACTTCTCAGATCCTTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GGAAGGTTTCAGTTGCACTGTATGCTGTTGGATTTGCCAAGTCTTTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109346 GGAAGGTTTCAGTTGCACTGTATGCTGTTGGATTTGCCAAGTCTTTGTAT

   1100 
   1065 AACA
        ||||
 109396 AACA