seq1 = pF1KB7223.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KB7223/gi568815594r_155729859.tfa (gi568815594r:155729859_155966226), 236368 bp

>pF1KB7223 1515
>gi568815594r:155729859_155966226 (Chr4)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-347  (102473-102779)   100% ->
348-585  (111913-112150)   100% ->
586-711  (113911-114036)   100% ->
712-861  (122397-122546)   100% ->
862-1009  (123873-124020)   100% ->
1010-1066  (127358-127414)   100% ->
1067-1235  (129370-129538)   100% ->
1236-1327  (134312-134403)   100% ->
1328-1515  (136181-136368)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAGACAGAAAAATCAAAAGTATATGCTGAGAACG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGAGCAGACAGAAAAATCAAAAGTATATGCTGAGAACGGTG...AAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACTCTTAGAAAAGATAAAGCTTTGCCTTTCAAAGAAACCACTGCCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102474 ACTCTTAGAAAAGATAAAGCTTTGCCTTTCAAAGAAACCACTGCCATCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACTGAGCGAAAGAAGTTTGACCATGACTTTGCCATCTCCACTTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102524 CCACTGAGCGAAAGAAGTTTGACCATGACTTTGCCATCTCCACTTCCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGGGATACACAATATTGTTCAGAACCGGAGCAAAATTCGCAGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102574 CATGGGATACACAATATTGTTCAGAACCGGAGCAAAATTCGCAGGGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGTTGGTGGTGGTTCTGGGCTCAGTCTCACTTGTGACATGGCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102624 CTGGTTGGTGGTGGTTCTGGGCTCAGTCTCACTTGTGACATGGCAGATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACATTCGCTTGCTCAACTACTTCACATGGCCAACCACAACGTCCATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102674 ACATTCGCTTGCTCAACTACTTCACATGGCCAACCACAACGTCCATTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTCAATATGTGGAAAAGATGGAGTTCCCAGCTGTGACATTTTGTAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102724 GTTCAATATGTGGAAAAGATGGAGTTCCCAGCTGTGACATTTTGTAATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAACAG         GTTCCAAACAGATGCTGTAGCCAAATTTGGTGTTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102774 GAACAGGTA...TAGGTTCCAAACAGATGCTGTAGCCAAATTTGGTGTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTTTTTCTTATGGCACATTGTATCCAAAGTCCTCCATCTTCAAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111948 TTTTTTTCTTATGGCACATTGTATCCAAAGTCCTCCATCTTCAAGAAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGCCAATTCCACTGGCTCTAGAGAGGCTACTGATTTTGCTGCAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111998 ACTGCCAATTCCACTGGCTCTAGAGAGGCTACTGATTTTGCTGCAAGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAAAACTTCAGCATTGTGGAATTTATCAGGAACAAAGGTTTTTATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112048 CCAAAACTTCAGCATTGTGGAATTTATCAGGAACAAAGGTTTTTATCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACAATAGCACTTTGTTGGACTGTGAGTTTTTTGGAAAGCCATGTAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112098 ACAATAGCACTTTGTTGGACTGTGAGTTTTTTGGAAAGCCATGTAGCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAG         GATTTTGCACATGTCTTCACTGAATATGGAAATTGTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112148 AAGGTA...GAGGATTTTGCACATGTCTTCACTGAATATGGAAATTGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TACTTTTAATCATGGTGAAACTCTCCAAGCAAAGAGAAAAGTGAGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113949 TACTTTTAATCATGGTGAAACTCTCCAAGCAAAGAGAAAAGTGAGTGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGGAAGAGGTTTGAGCTTACTCTTCAATGTGAATCAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113999 CTGGAAGAGGTTTGAGCTTACTCTTCAATGTGAATCAGGTA...CAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCATTCACTGATAACCCAGCCCTTGGTTTCGTTGATGCTGGGATCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122400 GCATTCACTGATAACCCAGCCCTTGGTTTCGTTGATGCTGGGATCATCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTTATCCATTCACCAAAGAAGGTGCCACAGTTTGATGGGTTAGGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122450 TGTTATCCATTCACCAAAGAAGGTGCCACAGTTTGATGGGTTAGGCTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGTCACCTGTGGGAATGCACGCAAGGGTAACCATCCGCCAAGTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 122500 TGTCACCTGTGGGAATGCACGCAAGGGTAACCATCCGCCAAGTGAAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862       ACAGTTCATCAAGAATACCCTTGGGGAGAATGCAATCCTAACAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122550 ...AAGACAGTTCATCAAGAATACCCTTGGGGAGAATGCAATCCTAACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAAGCTGCAGAATTTTAGCAGCTACAGCACTTCTGGTTGCTTGAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123917 CAAGCTGCAGAATTTTAGCAGCTACAGCACTTCTGGTTGCTTGAAGGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCAAAGCCCAGCACATAAAAAAGCAATGTGGATGTGTGCCTTTTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123967 GCAAAGCCCAGCACATAAAAAAGCAATGTGGATGTGTGCCTTTTCTTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCTG         GATATGGGATAGAATGTGACCTACAAAAGTACTTCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124017 CCTGGTA...AAGGATATGGGATAGAATGTGACCTACAAAAGTACTTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTGTGTTTCTCCTGTACTTG         ACCACATTGAATTTAAGGATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 127395 CTGTGTTTCTCCTGTACTTGGTA...CAGACCACATTGAATTTAAGGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TATGTACAGTAGGAACACATAACTCTAGCTGCCCCGTTTCTTGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129391 TATGTACAGTAGGAACACATAACTCTAGCTGCCCCGTTTCTTGTGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATAGAATACCCGGCCACTATTTCTTATTCCTCTTTTCCAAGTCAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129441 ATAGAATACCCGGCCACTATTTCTTATTCCTCTTTTCCAAGTCAAAAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTTGAAATATCTTTCCAAGAAGTTGAATCAAAGCCGGAAATACATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129491 TTTGAAATATCTTTCCAAGAAGTTGAATCAAAGCCGGAAATACATCAGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1236        GGAGAATCTTGTAAAAATTGAAATTAACTATAGTGACCTAAAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129541 A...TAGGGAGAATCTTGTAAAAATTGAAATTAACTATAGTGACCTAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TATAAGATAACCCAGCAGCAAAAGGCGGTGAGTGTGTCTGAGTTACTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 134355 TATAAGATAACCCAGCAGCAAAAGGCGGTGAGTGTGTCTGAGTTACTTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1328         CAGATCTTGGTGGTCAGCTGGGTCTATTTTGTGGGGCCAGTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134405 TA...CAGCAGATCTTGGTGGTCAGCTGGGTCTATTTTGTGGGGCCAGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGATCACGATCATAGAAATTATTGAATATCTATTCACCAATTTCTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136223 TGATCACGATCATAGAAATTATTGAATATCTATTCACCAATTTCTACTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATATGCATTTTCTTTTTGCTGAAGATATCTGAAATGACCCAGTGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136273 ATATGCATTTTCTTTTTGCTGAAGATATCTGAAATGACCCAGTGGACTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1470 TCCACCTCAGAATCATCTGGGAAATAAAAATAGGATAGAGGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136323 TCCACCTCAGAATCATCTGGGAAATAAAAATAGGATAGAGGAGTGT