seq1 = pF1KB7219.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KB7219/gi568815589f_104469168.tfa (gi568815589f:104469168_104670127), 200960 bp

>pF1KB7219 960
>gi568815589f:104469168_104670127 (Chr9)

1-960  (100001-100960)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAGGACCAACGATTCCACGTCGACGGAATTTTTCCTGGTAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAGGACCAACGATTCCACGTCGACAGAATTTTTCCTGGTAGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTGCCCACCCAAAGCTCCAGACAGTTTTCTTCGTTCTAATTTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGCCCACCCAAAGCTCCAGACAGTTTTCTTCGTTCTAATTTTGTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACCTGATGATCCTGCTTGGAAATGGAGTCCTTATCTCAGTTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACCTGATGATCCTGCTTGGAAATGGAGTCCTTATCTCAGTTATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGATTCTCACCTGCACACCCCCATGTATTTCTTCCTCTGTAATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGATTCTCACCTGCACACCCCCATGTATTTCTTCCTCTGTAATCTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCTCGACGTTTGCTACACAAGTTCCTCTGTCCCACTAATTCTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCCTCGACGTTTGCTACACAAGTTCCTCTGTCCCACTAATTCTTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTTCTGGCAGTAAAGAAAAAGGTTTCCTTCTCTGGGTGTATGGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTTTCTGGCAGTAAAGAAAAAGGTTTCCTTCTCTGGGTGTATGGTGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTTTATTTCTTTTGCCATGGGGGCCACGGAGTGCATGATCTTAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTTTATTTCTTTTGCCATGGGGGCCACGGAGTGCATGATCTTAGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCACTGGACCGCTATGTGGCCATCTGCTACCCACTGAGATACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCACTGGACCGCTATGTGGCCATCTGCTACCCACTGAGATACCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATCATGAGCAAGGGTGCCTATGTGGCCATGGCAGCTGGGTCCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATCATGAGCAAGGGTGCCTATGTGGCCATGGCAGCTGGGTCCTGGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACTGGGCTTGTGGACTCAGTAGTGCAGACAGCTTTTGCAATGCAGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACTGGGCTTGTGGACTCAGTAGTGCAGACAGCTTTTGCAATGCAGTTACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTCTGTGCTAATAATGTCATTAAACATTTTGTCTGTGAAATTCTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTCTGTGCTAATAATGTCATTAAACATTTTGTCTGTGAAATTCTGGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTTGAAACTGGCCTGTGCTGATATTTCAATCAATGTGATTAGTATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTTGAAACTGGCCTGTGCTGATATTTCAATCAATGTGATTAGTATGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGTCGAATCTGATTGTTCTGGTTATTCCATTGTTAGTAATTTCCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGTCGAATCTGATTGTTCTGGTTATTCCATTGTTAGTAATTTCCATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTACATATTTATTGTTGCCACTATTCTGAGGATTCCTTCCACTGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTACATATTTATTGTTGCCACTATTCTGAGGATTCCTTCCACTGAAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AACATAAGGCCTTCTCCACCTGCTCAGCCCACCTGACAGTGGTGATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AACATAAGGCCTTCTCCACCTGCTCAGCCCACCTGACAGTGGTGATTATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGAACCATCTTCTTCATGTACGCAAAGCCTGAGTCTAAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGAACCATCTTCTTCATGTACGCAAAGCCTGAGTCTAAAGCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTTGATTCAGGTAATGAAGACATCATTGAGGCCCTCATCTCCCTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTTGATTCAGGTAATGAAGACATCATTGAGGCCCTCATCTCCCTTTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGGAGTGATGACTCCCATGCTTAATCCTCTCATCTATAGTCTGCGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGGAGTGATGACTCCCATGCTTAATCCTCTCATCTATAGTCTGCGAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGGATGTAAAGGCTGCTGTCAAAAACATACTGTGTAGGAAAAACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGGATGTAAAGGCTGCTGTCAAAAACATACTGTGTAGGAAAAACTTTTC

    950     .    :
    951 TGATGGAAAA
        ||||||||||
 100951 TGATGGAAAA