seq1 = pF1KB7215.tfa, 333 bp
seq2 = pF1KB7215/gi568815578r_45023849.tfa (gi568815578r:45023849_45224447), 200599 bp

>pF1KB7215 333
>gi568815578r:45023849_45224447 (Chr20)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-238  (100183-100341)   100% ->
239-333  (100505-100599)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTCCAGCAGCTTCTTGGTCCTCATGGTGTCTCTCGTTCTTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTCCAGCAGCTTCTTGGTCCTCATGGTGTCTCTCGTTCTTGTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGTGGCTGTGGAAGGAGTTAAAGAGG         GTATAGAGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 CCTGGTGGCTGTGGAAGGAGTTAAAGAGGGTG...TAGGTATAGAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGGGTTTGCCCAGCTGACAACGTACGCTGCTTCAAGTCCGATCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 CAGGGGTTTGCCCAGCTGACAACGTACGCTGCTTCAAGTCCGATCCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTGTCACACAGACCAGGACTGTCTGGGGGAAAGGAAGTGTTGTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100245 CAGTGTCACACAGACCAGGACTGTCTGGGGGAAAGGAAGTGTTGTTACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCACTGTGGCTTCAAGTGTGTGATTCCTGTGAAGGAACTGGAAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100295 GCACTGTGGCTTCAAGTGTGTGATTCCTGTGAAGGAACTGGAAGAAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GAGGAAACAAGGATGAAGATGTGTCAAGGCCATACCCTGAGCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100345 ...AAGGAGGAAACAAGGATGAAGATGTGTCAAGGCCATACCCTGAGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGATGGGAGGCCAAGTGTCCAGGCTCCTCCTCTACCAGGTGTCCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 GGATGGGAGGCCAAGTGTCCAGGCTCCTCCTCTACCAGGTGTCCTCAGAA

    350 
    333 A
        |
 100599 A