seq1 = pF1KB7214.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KB7214/gi568815595r_46730407.tfa (gi568815595r:46730407_46934095), 203689 bp

>pF1KB7214 879
>gi568815595r:46730407_46934095 (Chr3)

(complement)

1-214  (100001-100214)   100% ->
215-371  (100420-100576)   100% ->
372-631  (100890-101149)   100% ->
632-792  (102060-102220)   100% ->
793-879  (103603-103689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTCTGGCGGCGGCTCCCGGGGCCTCCTGGCGTGGCTTCTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTCTGGCGGCGGCTCCCGGGGCCTCCTGGCGTGGCTTCTGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGCCCTGGCCCGGGCAGAACTGGGCGGGCATGGCGGCGCCACGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGCCCTGGCCCGGGCAGAACTGGGCGGGCATGGCGGCGCCACGCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCCCCTCTCCTCTCAGAGGAGGGCGGCGAGAACCCCGAAGCGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCCCCTCTCCTCTCAGAGGAGGGCGGCGAGAACCCCGAAGCGAGCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCCAGGACCTGAAGCGGGCCCCCCACTCAATCTGTTTACGTCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCCAGGACCTGAAGCGGGCCCCCCACTCAATCTGTTTACGTCCTTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGGTGACTCACTGC         TGTGTGGCCGAACCCCTCTGAGAATCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTGACTCACTGCGTG...CAGTGTGTGGCCGAACCCCTCTGAGAATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGGAGGAGTGGACGCGGAGGAAGGGAGGTGGCCCTGGCAGGTGAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 TGGGAGGAGTGGACGCGGAGGAAGGGAGGTGGCCCTGGCAGGTGAGCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGACCAAAGGCAGGCACATCTGCGGCGGCACCCTGGTCACCGCCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 AGGACCAAAGGCAGGCACATCTGCGGCGGCACCCTGGTCACCGCCACGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTGCTGACGGCAGGCCACTGCATTTCCAG         CCGTTTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100547 GGTGCTGACGGCAGGCCACTGCATTTCCAGGTG...CAGCCGTTTCCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGTGTCAAGATGGGAGATCGGAGTGTCTATAATGAAAACACAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACAGTGTCAAGATGGGAGATCGGAGTGTCTATAATGAAAACACAAGTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGGTCTCAGTCCAAAGAGCTTTTGTCCACCCTAAGTTCTCAACAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTGGTCTCAGTCCAAAGAGCTTTTGTCCACCCTAAGTTCTCAACAGTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AACCATTCGAAATGACCTTGCCCTTCTCCAGCTCCAACATCCTGTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AACCATTCGAAATGACCTTGCCCTTCTCCAGCTCCAACATCCTGTGAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTACCTCAAACATCCAGCCTATCTGCATCCCTCAGGAGAATTTCCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TTACCTCAAACATCCAGCCTATCTGCATCCCTCAGGAGAATTTCCAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGGTAGGACCAGGTGCTGGGTGACCGGATGGGGCAAAACACCAGAAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101101 GAAGGTAGGACCAGGTGCTGGGTGACCGGATGGGGCAAAACACCAGAACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632         GAGAGAAACTTGCATCAGAAATTCTTCAGGATGTGGACCAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TG...TAGGAGAGAAACTTGCATCAGAAATTCTTCAGGATGTGGACCAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACATCATGTGCTATGAGGAATGTAATAAGATAATACAGAAGGCCTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102102 ACATCATGTGCTATGAGGAATGTAATAAGATAATACAGAAGGCCTTGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTACTAAGGATGTAATAATAAAAGGGATGGTCTGTGGCTATAAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102152 TCTACTAAGGATGTAATAATAAAAGGGATGGTCTGTGGCTATAAAGAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGGAAAGGATTCTTGTCAA         GGAGATTCTGGGGGCCGCTTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102202 AGGAAAGGATTCTTGTCAAGTA...TAGGGAGATTCTGGGGGCCGCTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTGTGAATATAATGACACATGGGTCCAGGTAGGGATTGTGAGCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103625 CCTGTGAATATAATGACACATGGGTCCAGGTAGGGATTGTGAGCTGGGGC

    900     .    :    .
    865 ATCGGCTGTGGTCGC
        |||||||||||||||
 103675 ATCGGCTGTGGTCGC