seq1 = pF1KB7209.tfa, 603 bp
seq2 = pF1KB7209/gi568815592f_31570951.tfa (gi568815592f:31570951_31772279), 201329 bp

>pF1KB7209 603
>gi568815592f:31570951_31772279 (Chr6)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-187  (100206-100334)   100% ->
188-603  (100914-101329)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTCCATATGCTTGTAGGTGTGCTGGTCATGGTGGGCTTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGTCCATATGCTTGTAGGTGTGCTGGTCATGGTGGGCTTCACAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGAAAGG         TTCCTGTTCCCGACATCCGGACGTGCCACTTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGAAAGGGTA...CAGTTCCTGTTCCCGACATCCGGACGTGCCACTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCTCGTAGAAGACCCTTCTGTAGGATGCATTTCAGGCTCAGAGAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100239 GCCTCGTAGAAGACCCTTCTGTAGGATGCATTTCAGGCTCAGAGAAGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCATCAGCAGCTCATCCCTGTGCATGGTGATCACCATCTATTATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100289 ACCATCAGCAGCTCATCCCTGTGCATGGTGATCACCATCTATTATGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      ATGTCAAGGTTCGCTTCATCGTTCGAGGCTGTGGACAGTACATTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100339 ..CAGATGTCAAGGTTCGCTTCATCGTTCGAGGCTGTGGACAGTACATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTACCGCTGCCAAGAAAAACGCAACACCTACTTTGCAGAGTACTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100959 CCTACCGCTGCCAAGAAAAACGCAACACCTACTTTGCAGAGTACTGGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGGCCCAGTGCTGTCAGTACGATTATTGCAACTCCTGGTCAAGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 CAGGCCCAGTGCTGTCAGTACGATTATTGCAACTCCTGGTCAAGCCCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTCCAGAGCTCTCTGCCGGAGCCCCATGACAGGCCCCTGGCCCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 ACTCCAGAGCTCTCTGCCGGAGCCCCATGACAGGCCCCTGGCCCTGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTCTGACTCCCAGATTCAGTGGTTCTACCAGGCCCTGAACCTCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 TGTCTGACTCCCAGATTCAGTGGTTCTACCAGGCCCTGAACCTCTCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCCTCCCCAATTTCCATGCTGGGACGGAGCCTGATGGCCTGGACCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 CCCCTCCCCAATTTCCATGCTGGGACGGAGCCTGATGGCCTGGACCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTCACACTGTCCCTGAACCTGGGCTTGTCTTTTGCTGAGCTGCGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 GGTCACACTGTCCCTGAACCTGGGCTTGTCTTTTGCTGAGCTGCGCCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGTACTTGTTCCTCAATAGTTCAGGACTTTTGGTTCTTCCCCAGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 TGTACTTGTTCCTCAATAGTTCAGGACTTTTGGTTCTTCCCCAGGCTGGA

    600     .    :    .    :
    583 CTCTTGACACCTCACCCTTCC
        |||||||||||||||||||||
 101309 CTCTTGACACCTCACCCTTCC