seq1 = pF1KB7206.tfa, 1725 bp
seq2 = pF1KB7206/gi568815578f_32982949.tfa (gi568815578f:32982949_33207821), 224873 bp

>pF1KB7206 1725
>gi568815578f:32982949_33207821 (Chr20)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-560  (100419-100926)   100% ->
561-665  (101944-102048)   100% ->
666-809  (103073-103216)   100% ->
810-873  (106018-106081)   100% ->
874-934  (106550-106610)   100% ->
935-1026  (107760-107851)   100% ->
1027-1227  (109510-109710)   100% ->
1228-1281  (112152-112205)   100% ->
1282-1452  (114669-114839)   100% ->
1453-1520  (117478-117545)   100% ->
1521-1563  (120024-120066)   100% ->
1564-1627  (121862-121925)   100% ->
1628-1704  (124796-124872)   100% ->
1705-1725  (128466-128486)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCAGCAAAGTGATGCTCTCCACTCGGCCCTGAGAGAGGTGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCAGCAAAGTGATGCTCTCCACTCGGCCCTGAGAGAGGTGCCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         GTGTTGGTGATATTCCCTACAATGACTTCCATGTCCGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTA...GAGGTGTTGGTGATATTCCCTACAATGACTTCCATGTCCGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACCCCCCCCAGTATATACCAACGGCAAAAAACTTGATGGTATTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100458 GACCCCCCCCAGTATATACCAACGGCAAAAAACTTGATGGTATTTACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGGTCACATTGAGACCAACGACAACACTGCTCAGCTGGGGGGCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100508 TATGGTCACATTGAGACCAACGACAACACTGCTCAGCTGGGGGGCAAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGATATGGTGAGATCCTTGAGTCCGAGGGAAGCATCAGGGACCTCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100558 CCGATATGGTGAGATCCTTGAGTCCGAGGGAAGCATCAGGGACCTCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGTGGCTATCGCAGTGCCGAGAATGCATATGGAGGCCACAGGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100608 ACAGTGGCTATCGCAGTGCCGAGAATGCATATGGAGGCCACAGGGGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGCGATACAGGGCAGCACCTGTGGGCAGGCTTCACCGGCGAGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100658 GGGCGATACAGGGCAGCACCTGTGGGCAGGCTTCACCGGCGAGAGCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCTGGAGAAATCCCACCTGGAGTTGCCACTGGGGCGGTGGGCCCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100708 GCCTGGAGAAATCCCACCTGGAGTTGCCACTGGGGCGGTGGGCCCAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTTTGCTGGGCACTGGAGGCATGCTGGCAGCTGATGGCATCCTCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100758 GTTTGCTGGGCACTGGAGGCATGCTGGCAGCTGATGGCATCCTCGCAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAAGGTGGCCTGCTCGGCGGAGGTGGTCTCCTTGGTGATGGAGGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100808 CAAGGTGGCCTGCTCGGCGGAGGTGGTCTCCTTGGTGATGGAGGACTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGGAGGAGGGGGTGTCCTGGGCGTGCTCGGCGAGGGTGGCATCCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100858 TGGAGGAGGGGGTGTCCTGGGCGTGCTCGGCGAGGGTGGCATCCTCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGTGCAAGGCATCACGGG         GCTGCGTATCGTGGAGCTGACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100908 CTGTGCAAGGCATCACGGGGTA...CAGGCTGCGTATCGTGGAGCTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTCCCTCGGGTGTCCGTGCGGCTCCTGCCCGGCGTGGGTGTCTACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101966 CTCCCTCGGGTGTCCGTGCGGCTCCTGCCCGGCGTGGGTGTCTACCTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTGTACACCCGTGTGGCCATCAACGGGAAGAG         TCTTATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102016 CTTGTACACCCGTGTGGCCATCAACGGGAAGAGGTG...CAGTCTTATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTTCCTGGACATCGCAGTAGAAGTGAACATCACAGCCAAGGTCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103081 GCTTCCTGGACATCGCAGTAGAAGTGAACATCACAGCCAAGGTCCGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACCATGGACCGCACGGGTTATCCTCGGCTGGTCATTGAGCGATGTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 ACCATGGACCGCACGGGTTATCCTCGGCTGGTCATTGAGCGATGTGACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTCCTAGGGGGCATCAAAGTCAAGCTGCTGCGAGG         GCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103181 CCTCCTAGGGGGCATCAAAGTCAAGCTGCTGCGAGGGTG...TAGGCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCCCAATCTCGTGGACAATTTAGTGAACCGAGTCCTGGCCGACGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106023 TCCCCAATCTCGTGGACAATTTAGTGAACCGAGTCCTGGCCGACGTCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCTGACTTG         CTCTGCCCCATCGTGGATGTGGTGCTGGGTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106073 CCTGACTTGGTA...CAGCTCTGCCCCATCGTGGATGTGGTGCTGGGTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTCAATGACCAGCTGGGCCTCGTGGATT         CTCTGATTCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106582 TGTCAATGACCAGCTGGGCCTCGTGGATTGTA...CAGCTCTGATTCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGGGATATTGGGAAGTGTCCAGTACACCTTCTCCAGCCTCCCGCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107772 TGGGGATATTGGGAAGTGTCCAGTACACCTTCTCCAGCCTCCCGCTTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACCGGGGAATTCCTGGAGCTGGACCTCAAC         ACGCTGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107822 ACCGGGGAATTCCTGGAGCTGGACCTCAACGTG...CAGACGCTGGTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGGCTGGAGGAGGACTCATCGACTACCCATTGGGGTGGCCAGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109521 GGAGGCTGGAGGAGGACTCATCGACTACCCATTGGGGTGGCCAGCTGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTCCCAAGCCGATGCCAGAGCTGCCTCCCATGGGTGACAACACCAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109571 CTCCCAAGCCGATGCCAGAGCTGCCTCCCATGGGTGACAACACCAAGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGCTGGCCATGTCTGCCAACTTCCTGGGCTCAGTGCTGACTCTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109621 CAGCTGGCCATGTCTGCCAACTTCCTGGGCTCAGTGCTGACTCTACTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAGCAGCATGCTCTAGACCTGGATATCACCAATGGCATG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109671 GAAGCAGCATGCTCTAGACCTGGATATCACCAATGGCATGGTG...TAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTGAAGAGCTTCCTCCACTTACCACAGCCACACTGGGAGCCCTGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112153 TTGAAGAGCTTCCTCCACTTACCACAGCCACACTGGGAGCCCTGATCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAG         GTGTTCCAGCAGTACCCCGAGTCCTGCCCACTTATCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112203 AAGGTA...CAGGTGTTCCAGCAGTACCCCGAGTCCTGCCCACTTATCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGGATCCAGGTGCTGAACCCACCATCTGTGATGCTGCAGAAGGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114707 CAGGATCCAGGTGCTGAACCCACCATCTGTGATGCTGCAGAAGGACAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CGCTGGTGAAGGTGTTGGCCACTGCCGAGGTCATGGTCTCCCAGCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114757 CGCTGGTGAAGGTGTTGGCCACTGCCGAGGTCATGGTCTCCCAGCCCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GACCTGGAGACTACCATCTGCCTCATTGACGTG         GACACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114807 GACCTGGAGACTACCATCTGCCTCATTGACGTGGTG...CAGGACACAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ATTCTTGGCCTCATTTTCCACAGAAGGAGATAAGCTCATGATTGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117486 ATTCTTGGCCTCATTTTCCACAGAAGGAGATAAGCTCATGATTGATGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCTGGAGAA         GACCAGCCTCAACCTCAGAACCTCAAACGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117536 AGCTGGAGAAGTA...CAGGACCAGCCTCAACCTCAGAACCTCAAACGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGCAACTTTGAT         ATTGGCCTCATGGAGGTGCTGGTGGAGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120055 GGCAACTTTGATGTA...CAGATTGGCCTCATGGAGGTGCTGGTGGAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GATTTTTGACCTGGCATTCATGCCCGCAATGAACG         CTGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121891 GATTTTTGACCTGGCATTCATGCCCGCAATGAACGGTG...CAGCTGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGGTTCTGGCGTCCCTCTCCCCAAAATCCTCAACATCGACTTTAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124802 TGGGTTCTGGCGTCCCTCTCCCCAAAATCCTCAACATCGACTTTAGCAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCAGACATTGACGTGTTGGAG         GACCTTTTGGTGCTGAGCGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 124852 GCAGACATTGACGTGTTGGAGGTA...AAGGACCTTTTGGTGCTGAGCGC

   1850 
   1725 A
        |
 128486 A