seq1 = pF1KB7205.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KB7205/gi568815579f_50690415.tfa (gi568815579f:50690415_50895155), 204741 bp

>pF1KB7205 1278
>gi568815579f:50690415_50895155 (Chr19)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-216  (100180-100284)   100% ->
217-303  (100360-100446)   100% ->
304-450  (101242-101388)   100% ->
451-549  (101659-101757)   100% ->
550-645  (101828-101923)   100% ->
646-778  (103270-103402)   100% ->
779-861  (103474-103556)   100% ->
862-986  (104043-104167)   100% ->
987-1165  (104372-104550)   100% ->
1166-1278  (104629-104741)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGCCTGGGGTTTTGGGGCCACCCTGCTGGACCTCTCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGCCTGGGGTTTTGGGGCCACCCTGCTGGACCTCTCCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTGGTGCTGCCACCCCGGGCCCTGCCAGAAGGACCCCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTGGTGCTGCCACCCCGGGCCCTGCCAGAAGGACCCCTGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTGGCTCTG         GTATTCCGCCATGGCGACCGGGCCCCGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTGGCTCTGGTG...CAGGTATTCCGCCATGGCGACCGGGCCCCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCTCCTACCCCATGGACCCACACAAGGAGGTGGCCTCCACCCTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100210 GCCTCCTACCCCATGGACCCACACAAGGAGGTGGCCTCCACCCTGTGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACGAGGCCTGGGCCAGCTGACCACG         GAGGGGGTCCGCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100260 ACGAGGCCTGGGCCAGCTGACCACGGTG...CAGGAGGGGGTCCGCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTGGAGCTGGGCCGCTTCCTGAGGAGCCGCTACGAGGCCTTCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100376 AGCTGGAGCTGGGCCGCTTCCTGAGGAGCCGCTACGAGGCCTTCCTGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCGGAGTACCGGCGGGAGGAG         GTGTACATCCGCAGCACGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100426 CCGGAGTACCGGCGGGAGGAGGTA...CAGGTGTACATCCGCAGCACGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTGACCGCACGCTGGAGAGTGCCCAGGCCAACCTTGCCGGGCTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101262 CTTTGACCGCACGCTGGAGAGTGCCCAGGCCAACCTTGCCGGGCTGTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCGAGGCTGCTCCAGGGAGCCCCGAGGCCCGCTGGAGGCCGATCCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101312 CCGAGGCTGCTCCAGGGAGCCCCGAGGCCCGCTGGAGGCCGATCCCGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACACGGTGCCCGTGGCTGAGGATAAG         CTGCTGAGGTTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101362 CACACGGTGCCCGTGGCTGAGGATAAGGTC...CAGCTGCTGAGGTTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATGCGCAGCTGTCCCCGATACCACGAGCTGCTGCGGGAGGCCACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101673 CATGCGCAGCTGTCCCCGATACCACGAGCTGCTGCGGGAGGCCACCGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGCCGAGTACCAGGAGGCCCTGGAGGGCTGGACG         GGCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101723 CCGCCGAGTACCAGGAGGCCCTGGAGGGCTGGACGGTG...CAGGGCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGAGTCGCCTGGAGAACTTCACGGGACTGTCGCTGGTTGGAGAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101834 CTGAGTCGCCTGGAGAACTTCACGGGACTGTCGCTGGTTGGAGAGCCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCGCAGGGCATGGAAGGTTCTGGACACCCTCATGTGCCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101884 GCGCAGGGCATGGAAGGTTCTGGACACCCTCATGTGCCAGGTG...CAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGCCCACGGTCTTCCACTACCAGCCTGGGCCTCCCCAGATGTCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103271 AAGCCCACGGTCTTCCACTACCAGCCTGGGCCTCCCCAGATGTCCTGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTCTTGCCCAGATCTCGGCTTTGGATATTGGAGCCCACGTGGGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103321 ACTCTTGCCCAGATCTCGGCTTTGGATATTGGAGCCCACGTGGGCCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCGGGCAGCAGAGAAGGCCCAGCTGACAGGGG         GGATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103371 CCGGGCAGCAGAGAAGGCCCAGCTGACAGGGGGTG...CAGGGATCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGAATGCTATCCTTGCAAACTTCTCCCGGGTCCAGCGCCTGGGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103483 TGAATGCTATCCTTGCAAACTTCTCCCGGGTCCAGCGCCTGGGGCTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCAAGATGGTCATGTACTCAGCT         CATGACAGCACCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103533 CTCAAGATGGTCATGTACTCAGCTGTG...CAGCATGACAGCACCCTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGCCCTCCAGGGGGCCCTGGGCCTCTATGATGGACACACCCCGCCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104060 GGCCCTCCAGGGGGCCCTGGGCCTCTATGATGGACACACCCCGCCATATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGCCTGCCTCGGCTTTGAGTTCCGGAAGCACCTGGGGAATCCCGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 CTGCCTGCCTCGGCTTTGAGTTCCGGAAGCACCTGGGGAATCCCGCCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGGAGG         GAATGTCACCGTCTCCCTCTTCTACCGCAATGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104160 GATGGAGGGTG...CAGGAATGTCACCGTCTCCCTCTTCTACCGCAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTCCGCCCACCTGCCCCTGCCTCTCAGCCTCCCCGGGTGCCCGGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104405 CTCCGCCCACCTGCCCCTGCCTCTCAGCCTCCCCGGGTGCCCGGCCCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTCCACTAGGCCGCTTCTACCAGCTGACTGCCCCGGCCCGGCCTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104455 GTCCACTAGGCCGCTTCTACCAGCTGACTGCCCCGGCCCGGCCTCCCGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CATGGGGTCTCCTGCCATGGCCCCTATGAGGCTGCCATCCCCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104505 CATGGGGTCTCCTGCCATGGCCCCTATGAGGCTGCCATCCCCCCAGGTG.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166      CTCCAGTGGTGCCCCTGCTGGCCGGAGCTGTAGCTGTGCTGGTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104555 ..CAGCTCCAGTGGTGCCCCTGCTGGCCGGAGCTGTAGCTGTGCTGGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACTCAGCTTGGGGCTGGGCCTGCTGGCCTGGAGACCAGGGTGCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104674 CACTCAGCTTGGGGCTGGGCCTGCTGGCCTGGAGACCAGGGTGCCTGCGG

   1350     .    :    .
   1261 GCCTTGGGGGGCCCCGTG
        ||||||||||||||||||
 104724 GCCTTGGGGGGCCCCGTG