seq1 = pF1KB7192.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KB7192/gi568815594f_87702362.tfa (gi568815594f:87702362_87911907), 209546 bp

>pF1KB7192 951
>gi568815594f:87702362_87911907 (Chr4)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-105  (100147-100197)   100% ->
106-183  (100293-100370)   100% ->
184-246  (103761-103823)   100% ->
247-405  (108245-108403)   100% ->
406-951  (109001-109546)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGACTGCTTTAATTTTGCTCAGCATTTTGGGAATGGCCTGTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGACTGCTTTAATTTTGCTCAGCATTTTGGGAATGGCCTGTGCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCA         ATGAAAAATTTGCATCGAAGAGTCAAAATAGAGGATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGTA...CAGATGAAAAATTTGCATCGAAGAGTCAAAATAGAGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGAAGAAAATGGG         GTCTTTAAGTACAGGCCACGATATTAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100184 CTGAAGAAAATGGGGTA...CAGGTCTTTAAGTACAGGCCACGATATTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTTTACAAGCATGCCTACTTTTATCCTCATTTAAAACGATTTCCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100320 CTTTACAAGCATGCCTACTTTTATCCTCATTTAAAACGATTTCCAGTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 G         GGCAGTAGTGACTCATCCGAAGAAAATGGAGATGACAGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100370 GGTA...TAGGGCAGTAGTGACTCATCCGAAGAAAATGGAGATGACAGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGAAGAGGAGGAGGAAGAAGAG         GAGACTTCAAATGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103801 CAGAAGAGGAGGAGGAAGAAGAGGTA...CAGGAGACTTCAAATGAAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAAAACAATGAAGAATCGAATGAAGATGAAGACTCTGAGGCTGAGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108263 GAAAACAATGAAGAATCGAATGAAGATGAAGACTCTGAGGCTGAGAATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CACACTTTCTGCTACAACACTGGGCTATGGAGAGGACGCCACGCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108313 CACACTTTCTGCTACAACACTGGGCTATGGAGAGGACGCCACGCCTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGGGTATACAGGGTTAGCTGCAATCCAGCTTCCCAAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108363 CAGGGTATACAGGGTTAGCTGCAATCCAGCTTCCCAAGAAGGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCTGGGGATATAACAAATAAAGCTACAAAAGAGAAGGAAAGTGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109001 GCTGGGGATATAACAAATAAAGCTACAAAAGAGAAGGAAAGTGATGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGAAGAGGAGGAAGAGGAAGGAAATGAAAACGAAGAAAGCGAAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109051 AGAAGAGGAGGAAGAGGAAGGAAATGAAAACGAAGAAAGCGAAGCAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGATGAAAACGAACAAGGCATAAACGGCACCAGTACCAACAGCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109101 TGGATGAAAACGAACAAGGCATAAACGGCACCAGTACCAACAGCACAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAGAAAACGGCAACGGCAGCAGCGGAGGAGACAATGGAGAAGAAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109151 GCAGAAAACGGCAACGGCAGCAGCGGAGGAGACAATGGAGAAGAAGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAAGAAAGTGTCACTGGAGCCAATGCAGAAGACACCACAGAGACCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109201 AGAAGAAAGTGTCACTGGAGCCAATGCAGAAGACACCACAGAGACCGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCAGGGCAAGGGCACCTCGAAGACAACAACCTCTCCAAATGGTGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109251 GGCAGGGCAAGGGCACCTCGAAGACAACAACCTCTCCAAATGGTGGGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAACCTACAACCCCACCACAAGTCTATAGAACCACTTCCCCACCTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109301 GAACCTACAACCCCACCACAAGTCTATAGAACCACTTCCCCACCTTTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAAACCACCACCGTTGAATACGAGGGGGAGTACGAATACACGGGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109351 GAAAACCACCACCGTTGAATACGAGGGGGAGTACGAATACACGGGCGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGAATACGACAATGGATATGAAATCTATGAAAGTGAGAACGGGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109401 ATGAATACGACAATGGATATGAAATCTATGAAAGTGAGAACGGGGAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGTGGGGACAATTACCGAGCCTATGAAGATGAGTACAGCTACTTTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109451 CGTGGGGACAATTACCGAGCCTATGAAGATGAGTACAGCTACTTTAAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    906 ACAAGGCTACGATGGCTATGATGGTCAGAATTACTACCACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109501 ACAAGGCTACGATGGCTATGATGGTCAGAATTACTACCACCACCAG