seq1 = pF1KB7186.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KB7186/gi568815578f_35516004.tfa (gi568815578f:35516004_35721019), 205016 bp

>pF1KB7186 1311
>gi568815578f:35516004_35721019 (Chr20)

1-304  (100001-100304)   100% ->
305-409  (101133-101237)   100% ->
410-476  (101517-101583)   100% ->
477-538  (101776-101837)   100% ->
539-582  (102084-102127)   100% ->
583-608  (102447-102472)   100% ->
609-717  (102609-102717)   100% ->
718-793  (102920-102995)   100% ->
794-909  (103192-103307)   100% ->
910-1077  (103576-103743)   100% ->
1078-1167  (104681-104770)   100% ->
1168-1311  (104873-105016)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCGAAGCTCCCGCCCGGGCTCGGCCTCGTCCTCGCGCAAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCGAAGCTCCCGCCCGGGCTCGGCCTCGTCCTCGCGCAAGCACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCAACTTTTTCAGCGAGAACAGCTCAATGAGCATCACCTCGGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCAACTTTTTCAGCGAGAACAGCTCAATGAGCATCACCTCGGAGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAAGGGCTCCGGTCAGCGGAGCCCGGGCCTGGGGAGCCCGAGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAAGGGCTCCGGTCAGCGGAGCCCGGGCCTGGGGAGCCCGAGGGCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAGCCCGGGGCCCGAGCTGCGGTGAGCCCGCCTTGAGCGCGGGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAGCCCGGGGCCCGAGCTGCGGTGAGCCCGCCTTGAGCGCGGGAGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGAGGAACCACATGGGCAGGAAGCTCTCAGCAGAAGCCAGCGCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGAGGAACCACATGGGCAGGAAGCTCTCAGCAGAAGCCAGCGCCTCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCACAACTGGCAGACAGCCTGTGGCGCGGCAACCGTGAGGGGCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCACAACTGGCAGACAGCCTGTGGCGCGGCAACCGTGAGGGGCGGGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCGG         AACCGACTGGGTCTCCAGTAGTCTCTGAGGAGCCGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCGGGTG...CAGAACCGACTGGGTCTCCAGTAGTCTCTGAGGAGCCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGACCTTCTCCCGACCCTGGATCTGAGGCAGGAGATGCCTCCCCCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101170 CGACCTTCTCCCGACCCTGGATCTGAGGCAGGAGATGCCTCCCCCGCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTTCAAGAGCTTTCTGA         GCCTGCTCTTCCAGGGGCTGAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101220 TGTTCAAGAGCTTTCTGAGTA...CAGGCCTGCTCTTCCAGGGGCTGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGTTGTTATCCCTGGCAGGAGACGTGCTGGTCAGCATGTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101540 GTGTTGTTATCCCTGGCAGGAGACGTGCTGGTCAGCATGTACAGGTC...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    477    GGAGGTCTGTTCCATCCGCTTCCTGTTCACGGCTGTGTCGCTGCTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101773 CAGGGAGGTCTGTTCCATCCGCTTCCTGTTCACGGCTGTGTCGCTGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTCTTTCTGTCAG         CATTCTGGCTGGGGCTTCTGTACCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101823 GCCTCTTTCTGTCAGGTG...CAGCATTCTGGCTGGGGCTTCTGTACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCTCTCCTTTGGAGAAT         GAACCTAAGGAGATGCTGACTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102110 GTCTCTCCTTTGGAGAATGTG...CAGGAACCTAAGGAGATGCTGACTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAG         TGAGTACCACGAGCGCGTGCGCTCCCAGGGGCAGCAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102470 AAGGTG...CAGTGAGTACCACGAGCGCGTGCGCTCCCAGGGGCAGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCAGCAGCTCCAGGCCGAGCTGGATAAACTCCACAAGGAGGTGTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102647 TGCAGCAGCTCCAGGCCGAGCTGGATAAACTCCACAAGGAGGTGTCCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTTCGGGCAGCCAACAGCGAG         AGAGTGGCCAAGCTCGTGTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102697 GTTCGGGCAGCCAACAGCGAGGTG...CAGAGAGTGGCCAAGCTCGTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCAGAGGCTGAATGAGGATTTTGTGCGGAAGCCCGACTATGCTTTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102940 CCAGAGGCTGAATGAGGATTTTGTGCGGAAGCCCGACTATGCTTTGAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGTGG         GAGCCTCCATCGACCTGCAGAAGACATCCCACGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102990 CTGTGGGTA...CAGGAGCCTCCATCGACCTGCAGAAGACATCCCACGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TACGCAGACAGGAACACTGCCTACTTCTGGAATCGCTTCAGCTTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103227 TACGCAGACAGGAACACTGCCTACTTCTGGAATCGCTTCAGCTTCTGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTACGCACGGCCGCCCACGGTTATCCTGGAG         CCCCACGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103277 CTACGCACGGCCGCCCACGGTTATCCTGGAGGTG...CAGCCCCACGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCCCTGGGAATTGCTGGGCTTTTGAAGGCGACCAAGGCCAGGTGGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103586 TCCCTGGGAATTGCTGGGCTTTTGAAGGCGACCAAGGCCAGGTGGTGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAACTGCCGGGCCGAGTGCAGCTGAGCGACATCACTCTGCAGCATCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103636 CAACTGCCGGGCCGAGTGCAGCTGAGCGACATCACTCTGCAGCATCCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCCCAGCGTGGAGCACACCGGAGGAGCCAACAGCGCCCCCCGCGATTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103686 GCCCAGCGTGGAGCACACCGGAGGAGCCAACAGCGCCCCCCGCGATTTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGGTCTTT         GGCCTCCAGGTTTATGATGAAACTGAAGTTTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103736 CGGTCTTTGTG...CAGGGCCTCCAGGTTTATGATGAAACTGAAGTTTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTGGGGAAATTCACCTTCGATGTTGAGAAATCGGAGATTCAGACTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104714 TTGGGGAAATTCACCTTCGATGTTGAGAAATCGGAGATTCAGACTTTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCTGCAG         AATGACCCCCCAGCTGCCTTTCCCAAGGTGAAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104764 CCTGCAGGTG...CAGAATGACCCCCCAGCTGCCTTTCCCAAGGTGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCCAGATTCTAAGCAACTGGGGCCACCCCCGTTTCACGTGCTTGTATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104907 TCCAGATTCTAAGCAACTGGGGCCACCCCCGTTTCACGTGCTTGTATCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTCCGTGCCCACGGTGTGCGAACCTCAGAGGGGGCAGAGGGCAGTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104957 GTCCGTGCCCACGGTGTGCGAACCTCAGAGGGGGCAGAGGGCAGTGCACA

   1400     .    :
   1302 GGGGCCCCAT
        ||||||||||
 105007 GGGGCCCCAT