seq1 = pF1KB7169.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KB7169/gi568815597f_147807956.tfa (gi568815597f:147807956_148009254), 201299 bp

>pF1KB7169 1299
>gi568815597f:147807956_148009254 (Chr1)

1-1299  (100001-101299)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGACTGGAGTTTCCTGGGGAACATCTTGGAGGAGGTGAATGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGACTGGAGTTTCCTGGGGAACATCTTGGAGGAGGTGAATGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCACCGTCATCGGCAGAGTCTGGCTCACCGTGCTTTTCATCTTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCACCGTCATCGGCAGAGTCTGGCTCACCGTGCTTTTCATCTTCCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTCATCCTTGGCACGGCCGCAGAGTTCGTGTGGGGGGATGAGCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTCATCCTTGGCACGGCCGCAGAGTTCGTGTGGGGGGATGAGCAATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTTCGTGTGCAACACCCAGCAGCCTGGCTGCGAGAACGTCTGCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTTCGTGTGCAACACCCAGCAGCCTGGCTGCGAGAACGTCTGCTACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGGCCTTTCCCATCTCCCACATTCGCCTCTGGGTGCTGCAGATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAGGCCTTTCCCATCTCCCACATTCGCCTCTGGGTGCTGCAGATCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGTCTCCACCCCGTCCCTGATGTACGTGGGGCACGCGGTGCACTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGTCTCCACCCCGTCCCTGATGTACGTGGGGCACGCGGTGCACTACGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCATGGAGGAGAAGCGCAAAAGCCGCGAGGCGGAGGAGCTGGGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCATGGAGGAGAAGCGCAAAAGCCGCGAGGCGGAGGAGCTGGGCCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCGGGGACTAACGGCGGCCCGGACCAGGGCAGCGTCAAGAAGAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCGGGGACTAACGGCGGCCCGGACCAGGGCAGCGTCAAGAAGAGCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCAGCAAAGGCACTAAGAAGTTCCGGCTGGAGGGGACCCTGCTGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCAGCAAAGGCACTAAGAAGTTCCGGCTGGAGGGGACCCTGCTGAGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACATCTGCCACATCATCTTCAAGACCCTCTTTGAAGTGGGCTTCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACATCTGCCACATCATCTTCAAGACCCTCTTTGAAGTGGGCTTCATCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGCCACTACTTCCTGTACGGGTTCCGGATCCTGCCTCTGTACCGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCCACTACTTCCTGTACGGGTTCCGGATCCTGCCTCTGTACCGCTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCGGTGGCCCTGCCCCAATGTGGTGGACTGCTTCGTGTCCCGGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCGGTGGCCCTGCCCCAATGTGGTGGACTGCTTCGTGTCCCGGCCCACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGAAAACCATCTTCATCCTGTTCATGTTGTCTGTGGCCTCTGTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGAAAACCATCTTCATCCTGTTCATGTTGTCTGTGGCCTCTGTGTCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATTCCTCAACGTGATGGAGTTGGGCCACCTGGGCCTGAAGGGGATCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATTCCTCAACGTGATGGAGTTGGGCCACCTGGGCCTGAAGGGGATCCGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGCCTTGAAGAGGCCTGTAGAGCAGCCCCTGGGGGAGATTCCTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTGCCTTGAAGAGGCCTGTAGAGCAGCCCCTGGGGGAGATTCCTGAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCCCTCCACTCCATTGCTGTCTCCTCCATCCAGAAAGCCAAGGGCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCCCTCCACTCCATTGCTGTCTCCTCCATCCAGAAAGCCAAGGGCTATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCTCCTAGAAGAAGAGAAAATCGTTTCCCACTATTTCCCCTTGACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCTCCTAGAAGAAGAGAAAATCGTTTCCCACTATTTCCCCTTGACCGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGGGATGGTGGAGACCAGCCCACTGCCTGCCAAGCCTTTCAATCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGGGATGGTGGAGACCAGCCCACTGCCTGCCAAGCCTTTCAATCAGTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGAGAAGATCAGCACAGGACCCCTGGGGGACTTGTCCCGGGGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGGAGAAGATCAGCACAGGACCCCTGGGGGACTTGTCCCGGGGCTACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGAGACACTGCCTTCCTACGCTCAGGTGGGGGCACAAGAAGTGGAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGAGACACTGCCTTCCTACGCTCAGGTGGGGGCACAAGAAGTGGAGGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGGGCCGCCTGCAGAGGAGGGAGCCGAACCCGAGGTGGGAGAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGGGCCGCCTGCAGAGGAGGGAGCCGAACCCGAGGTGGGAGAGAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGGAAGCAGAGAGGCTGACCACGGAGGAGCAGGAGAAGGTGGCCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGGAAGCAGAGAGGCTGACCACGGAGGAGCAGGAGAAGGTGGCCGTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGAGGGGGAGAAAGTAGAGACCCCCGGAGTGGATAAGGAGGGTGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGAGGGGGAGAAAGTAGAGACCCCCGGAGTGGATAAGGAGGGTGAAAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AAGAGCCGCAGTCGGAGAAGGTGTCAAAGCAAGGGCTGCCAGCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AAGAGCCGCAGTCGGAGAAGGTGTCAAAGCAAGGGCTGCCAGCTGAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ACACCTTCACTCTGTCCAGAGCTGACAACAGATGATGCCAGACCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ACACCTTCACTCTGTCCAGAGCTGACAACAGATGATGCCAGACCCCTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1251 CAGGCTAAGCAAAGCCAGCAGCCGAGCCAGGTCAGACGATCTAACCGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CAGGCTAAGCAAAGCCAGCAGCCGAGCCAGGTCAGACGATCTAACCGTA