seq1 = pF1KB7168.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KB7168/gi568815595f_136754461.tfa (gi568815595f:136754461_136955696), 201236 bp

>pF1KB7168 1236
>gi568815595f:136754461_136955696 (Chr3)

1-1236  (100001-101236)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATACTTCTCCCTCCAGAAAATATCCAGTTAAAAAACGGGTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATACTTCTCCCTCCAGAAAATATCCAGTTAAAAAACGGGTGAAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATCCCAACACAGTGATGGTGAAATATACTTCTCATTATCCCCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACATCCCAACACAGTGATGGTGAAATATACTTCTCATTATCCCCAGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGATGATGGATATGAAGAAATCAATGAAGGCTATGGGAATTTTATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100101 GCGATGATGGATATGAAGAAATCAATGAAGGCTATGGAAATTTTATGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAAATCCAAAGAAAGGTCTGCTGAGTGAAATGAAAAAAAAAGGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAAATCCAAAGAAAGGTCTGCTGAGTGAAATGAAAAAAAAAGGGAGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCTTTGGAACCATGGATACCCTACCTCCACCAACAGAAGACCCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTCTTTGGAACCATGGATACCCTACCTCCACCAACAGAAGACCCAATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAATGAGATTGGACAATTCCAGAGCTTTGCAGAAAAAAACATTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAATGAGATTGGACAATTCCAGAGCTTTGCAGAAAAAAACATTTTTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCCGAAAAATGTGGATAGTGCTGTTTGGATCTGCTTTGGCTCATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCCGAAAAATGTGGATAGTGCTGTTTGGATCTGCTTTGGCTCATGGATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTAGCTCTTATCACTAGGCTTGTTTCTGATCGGTCTAAAGTTCCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTAGCTCTTATCACTAGGCTTGTTTCTGATCGGTCTAAAGTTCCATCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TAGAACTGATTTTTATCCGTTCTGTTTTTCAGGTCTTATCTGTGTTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TAGAACTGATTTTTATCCGTTCTGTTTTTCAGGTCTTATCTGTGTTAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGTGTTACTATCAGGAGGCCCCCTTTGGACCCAGTGGATACAGATTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGTGTTACTATCAGGAGGCCCCCTTTGGACCCAGTGGATACAGATTACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTCTTCTTTTATGGTGTATGCAATGTCATTTCTATCACTTGTGCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTCTTCTTTTATGGTGTATGCAATGTCATTTCTATCACTTGTGCTTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CATCATTTTCAATAGTTCCTCCCAGCAATGGGACCACTATGTGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CATCATTTTCAATAGTTCCTCCCAGCAATGGGACCACTATGTGGAGAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACAACTACAGTCTTCAGTGCCATTTTGGCTTTTTTACTCGTAGATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACAACTACAGTCTTCAGTGCCATTTTGGCTTTTTTACTCGTAGATGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATGGCTTATGTTGACATGGCTACAGTTGTTTGCAGCATCTTAGGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATGGCTTATGTTGACATGGCTACAGTTGTTTGCAGCATCTTAGGTGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTCTTGTCATGATCCCAAACATTGTTGATGAAGACAATTCTTTGTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTCTTGTCATGATCCCAAACATTGTTGATGAAGACAATTCTTTGTTAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCTGGAAAGAAGCCTTTGGGTACACCATGACTGTGATGGCTGGACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCTGGAAAGAAGCCTTTGGGTACACCATGACTGTGATGGCTGGACTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACTGCTCTCTCAATGATAGTATACAGATCCATCAAGGAGAAGATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACTGCTCTCTCAATGATAGTATACAGATCCATCAAGGAGAAGATCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTGGACTGCACTGTTTACTTTTGGTTGGACTGGGACAATTTGGGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTGGACTGCACTGTTTACTTTTGGTTGGACTGGGACAATTTGGGGAATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTACTATGTTTATTCTTCAAGAACCCATCATCCCATTAGATGGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCTACTATGTTTATTCTTCAAGAACCCATCATCCCATTAGATGGAGAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTGGAGTTATCTCATTGCTATATGTGTCTGTTCTACTGCAGCATTCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTGGAGTTATCTCATTGCTATATGTGTCTGTTCTACTGCAGCATTCTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGTTTATTATGCCTTGGACAAATTCCATCCAGCTTTGGTTAGCACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGTTTATTATGCCTTGGACAAATTCCATCCAGCTTTGGTTAGCACAGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CAACATTTGGAGATTGTGGTAGCTATGGTCTTGCAGCTTCTCGTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CAACATTTGGAGATTGTGGTAGCTATGGTCTTGCAGCTTCTCGTGCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATATTTCCTAGCATCTATGATGTTTTTGGAGGGGTAATCATTATGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CATATTTCCTAGCATCTATGATGTTTTTGGAGGGGTAATCATTATGATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GTGTTTTTGTCCTTGCTGGCTATAAACTTTACTGGAGGAATTTAAGAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 101151 GTGTTTTTGTCCTTGCTGGCTATAAACTTTACTGGAGGAATTTAAGAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1201 CAGGACTACCAGGAAATACTAGACTCTCCCATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CAGGACTACCAGGAAATACTAGACTCTCCCATTAAA