seq1 = pF1KB7163.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KB7163/gi568815597f_236383165.tfa (gi568815597f:236383165_236584328), 201164 bp

>pF1KB7163 1164
>gi568815597f:236383165_236584328 (Chr1)

1-1164  (100001-101164)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTATTCTCAAGATCCATGCCAGGGAGCTCTTTGACTCTCGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTATTCTCAAGATCCATGCCAGGGAGCTCTTTGACTCTCGTGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCACTGTTGAGGTTGATCTCTTCACCTCAGAAGGTCTCTTCAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCACTGTTGAGGTTGATCTCTTCACCTCAGAAGGTCTCTTCAGAGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTGCCCAGTGGTGCTTCAACTGGTATCTATGAGGTCCTAGAGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTGCCCAGTGGTGCTTCAACTGGTATCTATGAGGTCCTAGAGCTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAATGATAAGACTCGCTATATGGGGAAGGGTGTCTCAAAGCCTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACAATGATAAGACTCGCTATATGGGGAAGGGTGTCTCAAAGCCTGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCATCAATAAAACTATTGCACCTGTCCTGGTTAGCAAGAAACTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCATCAATAAAACTATTGCACCTGTCCTGGTTAGCAAGAAACTGAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACAGAACAAGAGAAGATTGACAAACTTATGATAGAGATGGATGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACAGAACAAGAGAAGATTGACAAACTTATGATAGAGATGGATGGAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAAATAAATCTAAATTTGGTGCAAATGCCATTCTGGGAGTGTCCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAAATAAATCTAAATTTGGTGCAAATGCCATTCTGGGAGTGTCCCTCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCTGCAAAGCTAGTGCTGTTGAGAAGGGGGTTCCCCTGTACCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCCTGCAAAGCTAGTGCTGTTGAGAAGGGGGTTCCCCTGTACCACCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGCCGACTTGTCTGGCAACTCCAAAGTCATCTTGCCAGTCCCGGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGCCGACTTGTCTGGCAACTCCAAAGTCATCTTGCCAGTCCCGGTGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATGTCATCAATGGCAGTTCTCATGCTGTCACCAAGCTGGCCATGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AATGTCATCAATGGCAGTTCTCATGCTGTCACCAAGCTGGCCATGCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTCATGGTCCTCCCAGTCGGTGCAGCAAACTTCAGGGAAGCCATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTTCATGGTCCTCCCAGTCGGTGCAGCAAACTTCAGGGAAGCCATGCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGGAGCGGAGGTTTACCACAGCCTGAAGAATGTCATCAAGGAGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGGAGCGGAGGTTTACCACAGCCTGAAGAATGTCATCAAGGAGAAATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGAAAGATGCCACCGGTGTGGGGGATGGAGGCGCGTTTGCTCCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGAAAGATGCCACCGGTGTGGGGGATGGAGGCGCGTTTGCTCCCAACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTGGAGAATAAAGAAGGCCTGGAGCTGCTGAAGACTGCGATTGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTGGAGAATAAAGAAGGCCTGGAGCTGCTGAAGACTGCGATTGGGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGGCTACACTGATAAGGTGATCGTCAGCATGGACGTAGAGGCCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTGGCTACACTGATAAGGTGATCGTCAGCATGGACGTAGAGGCCTCCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTTCAGGTCTGGAAAGTATGACCTGGAATTCAAGTTTCTCGACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTTCAGGTCTGGAAAGTATGACCTGGAATTCAAGTTTCTCGACGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACCAGGTACATCTCACCTGACTGTCTGGCTGACCTGTACAAGTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACCAGGTACATCTCACCTGACTGTCTGGCTGACCTGTACAAGTCCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCAAAAACTACCCAGTGGTGTCTACTGAAGATCCCTTTGACCAGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCAAAAACTACCCAGTGGTGTCTACTGAAGATCCCTTTGACCAGGATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGGGGAGCTTGGCAGAAGTTCACGGCCAGTGCAGGAATCCAGGTAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGGGGAGCTTGGCAGAAGTTCACGGCCAGTGCAGGAATCCAGGTAGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGATGATCTCAGAGTGACCAACCCAAAGAGGACAGCCTCGGCCGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGATGATCTCAGAGTGACCAACCCAAAGAGGACAGCCTCGGCCGTGAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGAAGAAGTGCAACTGCCTCCTGCTCAAAGTGAACCAGATTCGCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGAAGAAGTGCAACTGCCTCCTGCTCAAAGTGAACCAGATTCGCTCTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACTGAGTCCCTTCAGGCGTGCAAGCTGGCCCAGGCCAATGGTTGGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACTGAGTCCCTTCAGGCGTGCAAGCTGGCCCAGGCCAATGGTTGGTGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATGGTGCCTCATCATTCTGGGGAGACTGAAAATACCTTCATCACTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CATGGTGCCTCATCATTCTGGGGAGACTGAAAATACCTTCATCACTGACC

   1150     .    :
   1151 TGGTGGTGGGGCTG
        ||||||||||||||
 101151 TGGTGGTGGGGCTG