seq1 = pF1KB7157.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KB7157/gi568815597r_23774538.tfa (gi568815597r:23774538_23975617), 201080 bp

>pF1KB7157 1080
>gi568815597r:23774538_23975617 (Chr1)

(complement)

1-1080  (100001-101080)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAATGCTGGGTGACAGAGATAGCCAATGGCTCCAAGGATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAATGCTGGGTGACAGAGATAGCCAATGGCTCCAAGGATGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATTCCAACCCTATGAAGGATTACATGATCCTGAGTGGTCCCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATTCCAACCCTATGAAGGATTACATGATCCTGAGTGGTCCCCAGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCTGTTGCTGTGTTGTGCACTCTTCTGGGCCTGCTAAGTGCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCTGTTGCTGTGTTGTGCACTCTTCTGGGCCTGCTAAGTGCCCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACGTGGCTGTGCTCTATCTGATCCTGTCCTCCCACCAACTCCGCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACGTGGCTGTGCTCTATCTGATCCTGTCCTCCCACCAACTCCGCCGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCTCATACCTGTTCATTGGCAGCTTGGCTGGGGCTGACTTCCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCTCATACCTGTTCATTGGCAGCTTGGCTGGGGCTGACTTCCTGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGTGGTCTTTGCATGCAGCTTTGTGAATTTCCATGTTTTCCATGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGTGGTCTTTGCATGCAGCTTTGTGAATTTCCATGTTTTCCATGGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATTCCAAGGCTGTCTTCCTGCTGAAGATTGGCAGCGTGACTATGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATTCCAAGGCTGTCTTCCTGCTGAAGATTGGCAGCGTGACTATGACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACAGCCTCTGTGGGTAGCCTCCTGCTGACCGCCATTGACCGATACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACAGCCTCTGTGGGTAGCCTCCTGCTGACCGCCATTGACCGATACCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCTGCGCTATCCACCTTCCTACAAAGCTCTGCTCACCCGTGGAAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCTGCGCTATCCACCTTCCTACAAAGCTCTGCTCACCCGTGGAAGGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGGTGACCCTGGGCATCATGTGGGTCCTCTCAGCACTAGTCTCCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGGTGACCCTGGGCATCATGTGGGTCCTCTCAGCACTAGTCTCCTACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCCCTCATGGGATGGACTTGCTGTCCCAGGCCCTGCTCTGAGCTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCCCTCATGGGATGGACTTGCTGTCCCAGGCCCTGCTCTGAGCTTTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACTGATCCCCAATGACTACCTGCTGAGCTGGCTCCTGTTCATCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACTGATCCCCAATGACTACCTGCTGAGCTGGCTCCTGTTCATCGCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCTTTTCCGGAATCATCTACACCTATGGGCATGTTCTCTGGAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCTTTTCCGGAATCATCTACACCTATGGGCATGTTCTCTGGAAGGCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCAGCATGTGGCCAGCTTGTCTGGCCACCAGGACAGGCAGGTGCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCAGCATGTGGCCAGCTTGTCTGGCCACCAGGACAGGCAGGTGCCAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGCCCGAATGAGGCTGGATGTGAGGTTGGCCAAGACCCTAGGGCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGCCCGAATGAGGCTGGATGTGAGGTTGGCCAAGACCCTAGGGCTAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTGGCTGTGCTCCTCATCTGTTGGTTCCCAGTGCTGGCCCTCATGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTGGCTGTGCTCCTCATCTGTTGGTTCCCAGTGCTGGCCCTCATGGCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCCTGGCCACTACGCTCAGTGACCAGGTCAAGAAGGCCTTTGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCCTGGCCACTACGCTCAGTGACCAGGTCAAGAAGGCCTTTGCTTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCTCCATGCTGTGCCTCATCAACTCCATGGTCAACCCTGTCATCTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCTCCATGCTGTGCCTCATCAACTCCATGGTCAACCCTGTCATCTATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTACGGAGTGGAGAGATCCGCTCCTCTGCCCATCACTGCCTGGCTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTACGGAGTGGAGAGATCCGCTCCTCTGCCCATCACTGCCTGGCTCACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAAGAAGTGTGTGAGGGGCCTTGGGTCAGAGGCAAAAGAAGAAGCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAAGAAGTGTGTGAGGGGCCTTGGGTCAGAGGCAAAAGAAGAAGCCCCGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GATCCTCAGTCACCGAGACAGAGGCTGATGGGAAAATCACTCCGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GATCCTCAGTCACCGAGACAGAGGCTGATGGGAAAATCACTCCGTGGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :
   1051 GATTCCAGAGATCTAGACCTCTCTGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GATTCCAGAGATCTAGACCTCTCTGATTGC