seq1 = pF1KB7156.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KB7156/gi568815595f_148641036.tfa (gi568815595f:148641036_148842112), 201077 bp

>pF1KB7156 1077
>gi568815595f:148641036_148842112 (Chr3)

1-1077  (100001-101077)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCTCAACTCTTCTACTGAAGATGGTATTAAAAGAATCCAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTCTCAACTCTTCTACTGAAGATGGTATTAAAAGAATCCAAGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGTCCCAAAGCTGGAAGGCATAATTACATATTTGTCATGATTCCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGTCCCAAAGCTGGAAGGCATAATTACATATTTGTCATGATTCCTACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATACAGTATCATCTTTGTGGTGGGAATATTTGGAAACAGCTTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATACAGTATCATCTTTGTGGTGGGAATATTTGGAAACAGCTTGGTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAGTCATTTACTTTTATATGAAGCTGAAGACTGTGGCCAGTGTTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATAGTCATTTACTTTTATATGAAGCTGAAGACTGTGGCCAGTGTTTTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTGAATTTAGCACTGGCTGACTTATGCTTTTTACTGACTTTGCCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTGAATTTAGCACTGGCTGACTTATGCTTTTTACTGACTTTGCCACTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGCTGTCTACACAGCTATGGAATACCGCTGGCCCTTTGGCAATTACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGCTGTCTACACAGCTATGGAATACCGCTGGCCCTTTGGCAATTACCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTAAGATTGCTTCAGCCAGCGTCAGTTTCAACCTGTACGCTAGTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTAAGATTGCTTCAGCCAGCGTCAGTTTCAACCTGTACGCTAGTGTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCTACTCACGTGTCTCAGCATTGATCGATACCTGGCTATTGTTCACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTACTCACGTGTCTCAGCATTGATCGATACCTGGCTATTGTTCACCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAAGTCCCGCCTTCGACGCACAATGCTTGTAGCCAAAGTCACCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAAGTCCCGCCTTCGACGCACAATGCTTGTAGCCAAAGTCACCTGCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCATTTGGCTGCTGGCAGGCTTGGCCAGTTTGCCAGCTATAATCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCATTTGGCTGCTGGCAGGCTTGGCCAGTTTGCCAGCTATAATCCATCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAATGTATTTTTCATTGAGAACACCAATATTACAGTTTGTGCTTTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAATGTATTTTTCATTGAGAACACCAATATTACAGTTTGTGCTTTCCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGAGTCCCAAAATTCAACCCTTCCGATAGGGCTGGGCCTGACCAAAAAT
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGAGTCCCAAAATTCAACCCTCCCGATAGGGCTGGGCCTGACCAAAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATACTGGGTTTCCTGTTTCCTTTTCTGATCATTCTTACAAGTTATACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATACTGGGTTTCCTGTTTCCTTTTCTGATCATTCTTACAAGTTATACTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TATTTGGAAGGCCCTAAAGAAGGCTTATGAAATTCAGAAGAACAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TATTTGGAAGGCCCTAAAGAAGGCTTATGAAATTCAGAAGAACAAACCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAAATGATGATATTTTTAAGATAATTATGGCAATTGTGCTTTTCTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GAAATGATGATATTTTTAAGATAATTATGGCAATTGTGCTTTTCTTTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTCCTGGATTCCCCACCAAATATTCACTTTTCTGGATGTATTGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTCCTGGATTCCCCACCAAATATTCACTTTTCTGGATGTATTGATTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACTAGGCATCATACGTGACTGTAGAATTGCAGATATTGTGGACACGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACTAGGCATCATACGTGACTGTAGAATTGCAGATATTGTGGACACGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCCTATCACCATTTGTATAGCTTATTTTAACAATTGCCTGAATCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCCTATCACCATTTGTATAGCTTATTTTAACAATTGCCTGAATCCTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTTTATGGCTTTCTGGGGAAAAAATTTAAAAGATATTTTCTCCAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTTTATGGCTTTCTGGGGAAAAAATTTAAAAGATATTTTCTCCAGCTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AAAATATATTCCCCCAAAAGCCAAATCCCACTCAAACCTTTCAACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AAAATATATTCCCCCAAAAGCCAAATCCCACTCAAACCTTTCAACAAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGAGCACGCTTTCCTACCGCCCCTCAGATAATGTAAGCTCATCCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGAGCACGCTTTCCTACCGCCCCTCAGATAATGTAAGCTCATCCACCAAG

   1050     .    :    .    :    .
   1051 AAGCCTGCACCATGTTTTGAGGTTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAGCCTGCACCATGTTTTGAGGTTGAG