seq1 = pF1KB7139.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB7139/gi568815597f_34694214.tfa (gi568815597f:34694214_34895212), 200999 bp

>pF1KB7139 999
>gi568815597f:34694214_34895212 (Chr1)

1-999  (100001-100999)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGACTGGGGCTTCCTGGAGAAGTTGCTGGACCAGGTCCAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGACTGGGGCTTCCTGGAGAAGTTGCTGGACCAGGTCCAGGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGACCGTGGTGGGTAAGATCTGGCTGACGGTGCTCTTCATCTTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGACCGTGGTGGGTAAGATCTGGCTGACGGTGCTCTTCATCTTCCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTCATCCTGGGCCTGGCCGGCGAGTCAGTGTGGGGTGACGAGCAGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100101 TCCTCATCCTGGGCCTGGCCGGCGAGTCAGTGTGGGGTGACGAGCAATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATTTCGAGTGTAACACGGCCCAGCCAGGCTGCACCAACGTCTGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATTTCGAGTGTAACACGGCCCAGCCAGGCTGCACCAACGTCTGCTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGGCCTTCCCCATCTCCCACATCCGCTACTGGGTGCTGCAGTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGGCCTTCCCCATCTCCCACATCCGCTACTGGGTGCTGCAGTTCCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGTCAGCACACCCACCCTGGTCTACCTGGGCCATGTCATTTACCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGTCAGCACACCCACCCTGGTCTACCTGGGCCATGTCATTTACCTGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGCGAGAAGAGCGGCTGCGGCAGAAGGAGGGGGAGCTGCGGGCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGGCGAGAAGAGCGGCTGCGGCAGAAGGAGGGGGAGCTGCGGGCACTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCAAGGACCCACAGGTGGAGCGGGCGCTGGCGGCCGTAGAGCGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCAAGGACCCACAGGTGGAGCGGGCGCTGGCGGCCGTAGAGCGTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCAAGATCTCGGTGGCAGAAGATGGTCGCCTGCGCATCCGCGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCAAGATCTCGGTGGCAGAAGATGGTCGCCTGCGCATCCGCGGAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGATGGGCACCTATGTCGCCAGTGTGCTCTGCAAGAGTGTGCTAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGATGGGCACCTATGTCGCCAGTGTGCTCTGCAAGAGTGTGCTAGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGCTTCCTCTATGGCCAGTGGCGCCTGTACGGCTGGACCATGGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGCTTCCTCTATGGCCAGTGGCGCCTGTACGGCTGGACCATGGAGCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTTTGTGTGCCAGCGAGCACCCTGCCCCTACCTCGTGGACTGCTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTTTGTGTGCCAGCGAGCACCCTGCCCCTACCTCGTGGACTGCTTTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTCGCCCCACGGAGAAGACCATCTTCATCATCTTCATGTTGGTGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTCGCCCCACGGAGAAGACCATCTTCATCATCTTCATGTTGGTGGTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACTCATCTCCCTGGTGCTTAACCTGCTGGAGTTGGTGCACCTGCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACTCATCTCCCTGGTGCTTAACCTGCTGGAGTTGGTGCACCTGCTGTGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCTGCCTCAGCCGGGGGATGAGGGCACGGCAAGGCCAAGACGCACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCTGCCTCAGCCGGGGGATGAGGGCACGGCAAGGCCAAGACGCACCCCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCCAGGGCACCTCCTCAGACCCTTACACGGACCAGGTCTTCTTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACCCAGGGCACCTCCTCAGACCCTTACACGGACCAGGTCTTCTTCTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCCCGTGGGCCAGGGGCCCTCATCCCCACCATGCCCCACCTACAATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCCCGTGGGCCAGGGGCCCTCATCCCCACCATGCCCCACCTACAATGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTCATCCAGTGAGCAGAACTGGGCCAACCTGACCACAGAGGAGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTCATCCAGTGAGCAGAACTGGGCCAACCTGACCACAGAGGAGAGGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCGTCTTCCAGGCCCCCTCTCTTCCTGGACCCACCCCCTCAGAATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCGTCTTCCAGGCCCCCTCTCTTCCTGGACCCACCCCCTCAGAATGGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    951 AAAATCCCCAAGTCGTCCCAGCAGCTCTGCTTCTAAGAAGCAGTATGTA
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AAAACCCCCAAGTCGTCCCAGCAGCTCTGCTTCTAAGAAGCAGTATGTA