seq1 = pF1KB7129.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KB7129/gi568815592f_29361770.tfa (gi568815592f:29361770_29562717), 200948 bp

>pF1KB7129 948
>gi568815592f:29361770_29562717 (Chr6)

1-948  (100001-100948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTAACCAAAGCTCCCCCATGGGCTTCCTCCTTCTGGGCTTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTAACCAAAGCTCCCCCATGGGCTTCCTCCTTCTGGGCTTCTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACCCAGCACTGGAAAGGACTCTCTTTGTGGTTGTCTTCACTTCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACACCCAGCACTGGAAAGGACTCTCTTTGTGGTTGTCTTCACTTCCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGACCCTGGTGGGCAACACACTCATCATCCTGCTGTCTGTACTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGACCCTGGTGGGCAACACACTCATCATCCTGCTGTCTGTACTGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAGGCTCCACTCTCCAATGTACTTTTTCCTCTCTGACCTCTCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAGGCTCCACTCTCCAATGTACTTTTTCCTCTCTGACCTCTCCTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACCTCTGCTTTACCACAAGTTGTGTCCCCCAGATGCTGGTCAACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACCTCTGCTTTACCACAAGTTGTGTCCCCCAGATGCTGGTCAACCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGGCCCAAAGAAGACCATCAGCTTCCTGGGATGCTCTGTCCAGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGGCCCAAAGAAGACCATCAGCTTCCTGGGATGCTCTGTCCAGCTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTTCCTGTCCCTGGGGACCACTGAGTGCATCCTCCTGACAGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCTTCCTGTCCCTGGGGACCACTGAGTGCATCCTCCTGACAGTGATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTTGACCGATACGTGGCTGTCTGCCAGCCCCTCCACTATGCCACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTTGACCGATACGTGGCTGTCTGCCAGCCCCTCCACTATGCCACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCACCCCCGCCTGTGCTGGCAGCTGGCATCTGTGGCCTGGGTTATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCACCCCCGCCTGTGCTGGCAGCTGGCATCTGTGGCCTGGGTTATGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGGTTCAATCGATAGTCCAGACACCATCCACCCTCCACTTGCCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGGTTCAATCGATAGTCCAGACACCATCCACCCTCCACTTGCCCTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCCCACCAGCAGATAGATGACTTTTTATGTGAGGTCCCATCTCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCCCACCAGCAGATAGATGACTTTTTATGTGAGGTCCCATCTCTGATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GACTCTCCTGTGGAGATACCTCCTACAATGAAATCCAGTTGGCTGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GACTCTCCTGTGGAGATACCTCCTACAATGAAATCCAGTTGGCTGTGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTGTCATCTTCGTGGTTGTGCCTCTCAGCCTCATCCTTGCCTCTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTGTCATCTTCGTGGTTGTGCCTCTCAGCCTCATCCTTGCCTCTTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCACTGCCCAGGCAGTGCTGAGGATTAACTCTGCCACAGCATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGCCACTGCCCAGGCAGTGCTGAGGATTAACTCTGCCACAGCATGGAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCCTTTGGGACCTGCTCCTCCCATCTCACTGTGGTCACCCTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCCTTTGGGACCTGCTCCTCCCATCTCACTGTGGTCACCCTCTTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCTCAGTCATTGCTGTCTACCTCCAGCCCAAAAATCCGTATGCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCTCAGTCATTGCTGTCTACCTCCAGCCCAAAAATCCGTATGCCCAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGGGGCAAGTTCTTTGGTCTCTTCTATGCAGTGGGCACTCCTTCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAGGGGCAAGTTCTTTGGTCTCTTCTATGCAGTGGGCACTCCTTCACTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCCTCTCGTATACACCCTGAGGAACAAGGAGATAAAGCGAGCACTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCCTCTCGTATACACCCTGAGGAACAAGGAGATAAAGCGAGCACTCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 AGGTTACTAGGGAAGGAAAGAGACTCCAGGGAAAGCTGGAGAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGTTACTAGGGAAGGAAAGAGACTCCAGGGAAAGCTGGAGAGCTGCT